Варианты SARS-CoV-2
Часть серии о |
COVID-19 пандемия |
---|
|
Портал COVID-19 |
Варианты коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома ( SARS-CoV-2 ) — это вирусы, которые, хотя и похожи на оригинал, имеют генетические изменения, которые имеют достаточное значение, чтобы заставить вирусологов маркировать их отдельно. SARS-CoV-2 — это вирус, вызывающий коронавирусную болезнь 2019 года (COVID-19). Было заявлено, что некоторые из них имеют особое значение из-за их потенциала повышенной трансмиссивности. [ 1 ] повышенная вирулентность или снижение эффективности вакцин против них. [ 2 ] [ 3 ] Эти варианты способствуют продолжению пандемии COVID-19 .
По состоянию на август 2024 г. [update] ни один вариант не обозначен Всемирной организацией здравоохранения как циркулирующий вызывающий озабоченность вариант , . [ 4 ]
Обзор
Происхождение SARS-CoV-2 не установлено. [ 5 ] Однако появление SARS-CoV-2 могло быть результатом событий рекомбинации между SARS-подобным коронавирусом летучих мышей и коронавирусом панголинов посредством межвидовой передачи. [ 6 ] [ 7 ] Самые ранние доступные геномы вируса SARS-CoV-2 были собраны у пациентов в декабре 2019 года, и китайские исследователи сравнили эти ранние геномы со штаммами коронавируса летучих мышей и панголинов, чтобы оценить предковый тип коронавируса человека; идентифицированный предковый тип генома был обозначен как «S», а его доминантный производный тип был обозначен как «L», чтобы отразить мутантные аминокислотные изменения. Независимо западные исследователи провели аналогичный анализ, но обозначили предковый тип «А» и производный тип «Б». Тип B мутировал в другие типы, включая B.1, который является предком основных глобальных вариантов, вызывающих обеспокоенность, обозначенных в 2021 году ВОЗ как варианты альфа , бета , гамма , дельта и омикрон . [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]
В начале пандемии относительно небольшое количество инфекций (по сравнению с более поздними стадиями пандемии) привело к меньшим возможностям для мутации вирусного генома и, следовательно, к меньшим возможностям для возникновения дифференцированных вариантов. [ 11 ] Поскольку встречаемость вариантов была более редкой, мутации S-белка в области рецептор-связывающего домена (RBD), взаимодействующей с ACE2, также не были частыми. [ 12 ]
Со временем эволюция генома SARS-CoV-2 (посредством случайных мутаций) привела к тому, что мутантные образцы вируса (т. е. генетические варианты), которые оказались более трансмиссивными, были отобраны естественным путем. Примечательно, что варианты Альфа и Дельта оказались более трансмиссивными, чем ранее идентифицированные вирусные штаммы. [ 13 ]
Некоторые варианты SARS-CoV-2 считаются вызывающими беспокойство, поскольку они сохраняют (или даже повышают) свою способность к репликации в условиях растущего популяционного иммунитета. [ 14 ] либо путем выздоровления от инфекции, либо посредством вакцинации. Некоторые из вызывающих беспокойство вариантов демонстрируют мутации в RBD S-белка. [ 15 ]
В следующей таблице представлена информация и относительный риска . уровень [ 16 ] для ныне и ранее циркулирующих вызывающих беспокойство вариантов (ЛОС). [ а ] Интервалы предполагают уровень достоверности или достоверности 95 % , если не указано иное. В настоящее время все оценки являются приблизительными из-за ограниченной доступности данных для исследований. не изменяется Для Альфа, Бета, Гамма и Дельта точность теста . [ 20 ] [ 25 ] а активность нейтрализующих антител сохраняется у некоторых моноклональных антител. [ 18 ] [ 26 ] ПЦР-тесты продолжают выявлять вариант Омикрона. [ 27 ]
Таблица – Варианты SARS-CoV-2
|
---|
Номенклатура
Линии ПАНГО [ 49 ] | Примечания к линиям ПАНГО [ 50 ] | Клады следующего штамма, [ 51 ] 2021 [ 52 ] | GISAID Клады | Известные варианты |
---|---|---|---|---|
А.1–А.6 | 19Б | С | Содержит «эталонную последовательность» WIV04/2019. [ 53 ] | |
Б.3–Б.7 , Б.9 , Б.10 , Б.13–Б.16 | 19А | л | ||
ТО [ б ] | ||||
Б.2 | V | |||
Б.1 | Б.1.5–Б.1.72 | 20А | Г | Lineage B.1 в номенклатурной системе PANGO Lineages; включает Дельту/ |
Б.1.9 , Б.1.13 , Б.1.22 , Б.1.26 , Б.1.37 | ГХ | |||
Б.1.3–Б.1.66 | 20С | Включает Эпсилон/ | ||
20G | Преобладает в США в целом, февраль 21 г. [ 55 ] | |||
20 ч. | Включает бета-версию/ | |||
Б.1.1 | 20Б | ГР | Включает B.1.1.207 [ нужна ссылка ] и Лямбда (линия C.37) [ 56 ] | |
20Д | ||||
20Дж | Включает Гамму/ | |||
20F | ||||
20я | Включает Альфу/ | |||
Б.1.177 | 20E (ЕС1) [ 52 ] | ГВ [ б ] | Получено из 20А [ 52 ] |
Варианты SARS-CoV-2 сгруппированы в соответствии с их происхождением и компонентными мутациями. [ 14 ] Многие организации, в том числе правительства и новостные агентства, в разговорной речи упоминали о вызывающих беспокойство вариантах той страны, в которой они были впервые обнаружены. [ 60 ] [ 61 ] [ 62 ] После нескольких месяцев обсуждений Всемирная организация здравоохранения объявила названия важных штаммов, написанные греческими буквами . 31 мая 2021 года [ 63 ] чтобы на них можно было легко ссылаться простым, легким в произнесении и не стигматизирующим образом. [ 64 ] [ 65 ] Это решение могло быть частично принято из-за критики со стороны правительств по поводу использования названий стран для обозначения вариантов вируса; ВОЗ отметила, что упоминание названий стран может вызвать стигму. [ 66 ] После использования всех букв от Альфы до Му (см. ниже), в ноябре 2021 года ВОЗ пропустила следующие две буквы греческого алфавита, Ню и Си, и использовала Омикрон, что вызвало предположение, что Си был пропущен, чтобы не оскорбить китайского лидера Си Цзиньпина. . [ 67 ] В ВОЗ объяснили, что Ню слишком легко спутать с «новым», а Си — распространённая фамилия . [ 67 ] В случае, если ВОЗ будет использовать весь греческий алфавит, агентство рассмотрело возможность называть будущие варианты в честь созвездий . [ 68 ]
Родословные и клады
Хотя существуют многие тысячи вариантов SARS-CoV-2, [ 69 ] подтипы вируса можно объединить в более крупные группы, такие как линии или клады . [ с ] Три основные, обычно используемые номенклатуры. [ 70 ] были предложены:
- По состоянию на январь 2021 г. [update], GISAID — SARS-CoV-2 обозначается как hCoV-19. [ 50 ] — выделил восемь глобальных клад (S, O, L, V, G, GH, GR и GV). [ 71 ]
- В 2017 году Хэдфилд и др. анонсировала Nextstrain , предназначенную «для отслеживания эволюции патогенов в режиме реального времени». [ 72 ] Позже штамм Nextstrain использовался для отслеживания SARS-CoV-2, идентифицировав 13 основных клад. [ д ] (19A–B, 20A–20J и 21A) по состоянию на июнь 2021 г. [update]. [ 73 ]
- В 2020 году Рамбо и др. Филогенетического присвоения названных линий глобальной вспышки (ПАНГОЛИН) [ 74 ] команда разработчиков программного обеспечения, предложенная в статье [ 49 ] «динамическая номенклатура линий SARS-CoV-2, ориентированная на активно циркулирующие линии вируса и те, которые распространяются в новые места»; [ 70 ] по состоянию на август 2021 г. [update]было обозначено 1340 линий передачи. [ 75 ] [ 76 ]
Каждый национальный институт общественного здравоохранения может также создать свою собственную систему номенклатуры для целей отслеживания конкретных вариантов. Например, Служба общественного здравоохранения Англии обозначила каждый отслеживаемый вариант по году, месяцу и номеру в формате [ГГГГ] [ММ]/[NN] с префиксом «VUI» или «VOC» для варианта, находящегося в стадии расследования, или варианта, вызывающего беспокойство, соответственно. [ 19 ] Сейчас эта система была модифицирована и теперь использует формат [ГГ] [МММ]-[NN], где месяц записывается с помощью трехбуквенного кода. [ 19 ]
Классификация вариантов
Варианты, которые соответствуют одному или нескольким конкретным критериям, рассматриваемым во время пандемии COVID-19, могут быть помечены как «варианты, представляющие интерес» или «варианты, находящиеся на стадии исследования» («VUI») в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. После проверки интересующие варианты /VUI могут быть переименованы в «варианты, вызывающие беспокойство» контролирующими организациями, такими как CDC в США. [ 77 ] [ 78 ] [ 79 ] Сопутствующей категорией является «вариант с высокими последствиями», который используется CDC, если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижается. [ 80 ]
Эталонная последовательность
Поскольку в настоящее время неизвестно, когда произошел индексный случай или «нулевой пациент», выбор эталонной последовательности для данного исследования является относительно произвольным, при этом выбор различных известных исследований варьируется следующим образом:
- Самая ранняя последовательность, Ухань-1 , была получена 24 декабря 2019 года. [ 81 ]
- Одна группа (Судхир Кумар и др.) [ 81 ] широко относится к NCBI эталонному геному (GenBankID:NC_045512; идентификатор GISAID: EPI_ISL_402125), [ 82 ] этот образец был собран 26 декабря 2019 г., [ 83 ] хотя они также использовали эталонный геном WIV04 GISAID (ID: EPI_ISL_402124), [ 84 ] в своих анализах. [ 85 ]
- По данным другого источника (Жукова и др.), последовательность WIV04/2019 , принадлежащая кладе GISAID S/ линии PANGO A/ кладу Nextstrain 19B, считается наиболее точно отражающей последовательность исходного вируса, инфицирующего человека, известного как « нулевая последовательность». [ 53 ] Образец WIV04/2019 был взят у пациента с симптомами заболевания 30 декабря 2019 года и широко используется (особенно теми, кто сотрудничает с GISAID). [ 86 ] в качестве эталонной последовательности . [ 53 ]
Вариант, впервые отобранный и идентифицированный в Ухане, Китай, как полагают исследователи, отличается от генома-прародителя тремя мутациями. [ 81 ] [ 87 ] Впоследствии появилось множество различных линий SARS-CoV-2. [ 75 ]
Критерии известности
Вирусы обычно со временем мутируют, порождая новые варианты. Когда в популяции появляется новый вариант, его можно назвать «новым вариантом». В случае с SARS-CoV-2 новые линии часто отличаются друг от друга всего на несколько нуклеотидов. [ 14 ]
Некоторые из потенциальных последствий появления новых вариантов следующие: [ 42 ] [ 88 ]
- Повышенная трансмиссивность
- Повышенная заболеваемость
- Повышенная смертность
- Возможность уклониться от обнаружения с помощью диагностических тестов.
- Снижение чувствительности к противовирусным препаратам (если и когда такие препараты доступны)
- Снижение чувствительности к нейтрализующим антителам, как терапевтическим (например, плазма выздоравливающих или моноклональные антитела), так и в лабораторных экспериментах.
- Способность уклоняться от естественного иммунитета (например, вызывая повторные инфекции)
- Способность заразить вакцинированных лиц.
- Повышенный риск определенных состояний, таких как мультисистемный воспалительный синдром или длительный COVID .
- Повышенная близость к определенным демографическим или клиническим группам, таким как дети или люди с ослабленным иммунитетом.
Варианты, которые соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «варианты, находящиеся на стадии исследования» или «варианты, представляющие интерес» в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. Основная характеристика интересующего варианта заключается в том, что он демонстрирует доказательства, свидетельствующие о том, что он является причиной увеличения доли случаев или уникальных кластеров вспышек; однако он также должен иметь ограниченную распространенность или распространение на национальном уровне, иначе классификация будет повышена до « варианта, вызывающего обеспокоенность ». [ 19 ] [ 78 ] Если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижается, этот вариант называется «вариантом с высокими последствиями». [ 18 ]
Варианты, вызывающие обеспокоенность (ВОЗ)
По состоянию на 28 июня 2024 г. [update], Всемирная организация здравоохранения не перечислила никаких вызывающих беспокойство вариантов (ЛОС). [ 4 ] Другие организации, такие как CDC в США, обычно определяют свои варианты несколько иначе; например, CDC деэскалировал вариант Дельта 14 апреля 2022 года, [ 18 ] а ВОЗ сделала это 7 июня 2022 года.
ВОЗ регулярно публикует обновления. [ 17 ]
Обзор исторических вариантов, вызывающих озабоченность или находящихся под наблюдением
Омикрон
Родословная B.1.1.529
Вариант Омикрона, известный как линия B.1.1.529, был объявлен Всемирной организацией здравоохранения вариантом, вызывающим обеспокоенность, 26 ноября 2021 года. [ 89 ]
Этот вариант имеет большое количество мутаций , некоторые из которых вызывают беспокойство. Некоторые данные показывают, что этот вариант имеет повышенный риск повторного заражения . В настоящее время проводятся исследования для оценки точного влияния на заразность, смертность и другие факторы. [ 90 ]
Назван Омикрон ВОЗ, [ 89 ] [ 91 ] он был идентифицирован в ноябре 2021 года в Ботсване и Южной Африке ; [ 92 ] один случай был доставлен в Гонконг , [ 93 ] [ 94 ] [ 95 ] один подтвержденный случай был выявлен в Израиле у путешественника, вернувшегося из Малави , [ 96 ] вместе с двумя, вернувшимися из Южной Африки, и одним с Мадагаскара. [ 97 ] Бельгия подтвердила первый выявленный случай заболевания в Европе 26 ноября 2021 года у человека, вернувшегося из Египта 11 ноября. [ 98 ] Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 (INSACOG) в своем бюллетене за январь 2022 года отметил, что Омикрон передается среди населения в Индии, где количество новых случаев растет в геометрической прогрессии. [ 99 ]
БА. сублинии
По данным ВОЗ, по состоянию на февраль 2022 года наиболее распространенными сублиниями Omicron во всем мире были BA.1, BA.1.1 и BA.2. [update]. [ 100 ] BA.2 содержит 28 уникальных генетических изменений, в том числе четыре в шиповатом белке, по сравнению с BA.1, который уже приобрел 60 мутаций со времен предкового штамма Ухань, в том числе 32 в шиповатом белке. [ 101 ] BA.2 более передается, чем BA.1. [ 102 ] К середине марта 2022 года он вызывал большинство случаев заболевания в Англии, а к концу марта BA.2 стал доминирующим в США. [ 103 ] [ 101 ] По состоянию на май 2022 г. [update]подлинии от BA.1 до BA.5, включая всех их потомков, классифицируются ВОЗ как варианты, вызывающие обеспокоенность, [ 94 ] Центр по контролю и профилактике заболеваний, [ 18 ] и ECDC [ 104 ] (последнее исключая BA.3).
Дальнейшие сублинии появятся в 2022 году
В течение 2022 года в разных местах появился ряд новых штаммов, в том числе XBB.1.5, который произошел от штамма XBB компании Omicron. Первый случай XBB в Англии был выявлен в образце, взятом 10 сентября 2022 года, и с тех пор новые случаи были выявлены в большинстве регионов Англии. К концу года на XBB.1.5 приходилось 40,5% новых случаев в США и он был доминирующим штаммом; вызывающий беспокойство вариант BQ.1 наблюдался на уровне 18,3%, а BQ.1.1 представлял собой 26,9% новых случаев, в то время как штамм BA.5 снижался - 3,7%. На этом этапе во многих других странах это было редкостью, например, в Великобритании на него приходилось около 7% новых случаев, согласно данным секвенирования UKHSA. [ 105 ]
22 декабря 2022 года Европейский центр по контролю заболеваний написал в сводке, что на штаммы XBB приходится около 6,5% новых случаев в пяти странах ЕС с достаточным объемом секвенирования или генотипирования для получения оценок. [ 105 ]
В 2023 году появятся дальнейшие подлинии: EG.5 «Эрис», BA.2.86 и JN.1 «Пирола».
В течение 2023 года SARS-CoV-2 продолжал циркулировать среди населения мира и развиваться, при этом в заголовки газет попал ряд новых штаммов. Снижены темпы тестирования, секвенирования и отчетности. [ 106 ]
EG.5 , подвариант XBB.1.9.2 (в некоторых СМИ прозванный «Эридой»). [ 107 ] ) появился в феврале 2023 года. [ 108 ] 6 августа 2023 года Агентство безопасности здравоохранения Великобритании сообщило, что штамм EG.5 стал причиной каждого седьмого нового случая заболевания в Великобритании в третью неделю июля. [ 109 ]
BA.2.86 был впервые обнаружен в образце 24 июля 2023 года и 17 августа 2023 года был обозначен как вариант, находящийся под наблюдением Всемирной организации здравоохранения. [ 110 ]
JN.1 (иногда называемый «Пирола»), подвариант BA.2.86 Omicron, появился в августе 2023 года в Люксембурге. К декабрю 2023 года он был обнаружен в 12 странах, включая Великобританию и США. [ 111 ] [ 112 ] 19 декабря ВОЗ объявила JN.1 представляющим интерес вариантом, независимым от его родительского штамма BA.2.86, но общий риск для здоровья населения был определен как низкий. [ 113 ] Поскольку на JN.1 приходится около 60% случаев заболевания в Сингапуре, в декабре 2023 года Сингапур и Индонезия рекомендовали носить маски в аэропортах. [ 114 ] По оценкам CDC , на этот вариант приходилось 44% случаев в США 22 декабря 2023 года и 62% случаев 5 января 2024 года. [ 115 ]
По состоянию на 9 февраля 2024 г. [update]По оценкам ВОЗ, JN.1 является наиболее распространенным вариантом SARS-CoV-2 (распространенность 70–90% в четырех из шести регионов мира; недостаточно данных в регионах Восточного Средиземноморья и Африки). Ожидалось, что общий уровень популяционного иммунитета и иммунитета от XBB.1.5 бустерных версий вакцины против COVID-19 обеспечит некоторую защиту (перекрестную реактивность) в отношении JN.1. [ 116 ]
В 2024 году появятся следующие подлинии: KP.1.1, KP.2 («FLiRT»), KP.3 («FLuQE»).
В конце апреля 2024 года данные CDC показали, что KP.2 является наиболее распространенным вариантом в США: в четверти всех случаев он опережает JN.1. KP1.1 составил 7 процентов случаев в США. [ 117 ] Эти два варианта известны как варианты FLiRT , поскольку они характеризуются мутацией фенилаланина (F) на лейцин (L) и мутацией аргинина (R) на треонин (Т) в белке-шипе вируса. [ 118 ] К июлю 2024 года потомок FLiRT с дополнительным аминокислотным изменением в белке-шипе Q493E получил названия KP.3 и FluQE и стал основным вариантом в Новом Южном Уэльсе во время австралийской зимы. Первоначальные исследования показали, что изменение Q493E может помочь FluQE более эффективно связываться с клетками человека, чем FLiRT. [ 119 ]
Варианты Омикрона под наблюдением (ВОЗ, 2022/2023 г.)
25 мая 2022 года Всемирная организация здравоохранения ввела новую категорию для потенциально опасных подлиний широко распространенных вызывающих озабоченность вариантов, первоначально называвшуюся линиями ЛОС, находящимися под наблюдением (VOC-LUM). Это решение было принято с учетом того, что в феврале 2022 года более 98% всех секвенированных GISAID образцов принадлежали к семейству Omicron, внутри которого происходила большая часть эволюции вариантов. [ 120 ] К 9 февраля 2023 года категория была переименована в «Варианты Omicron, находящиеся под наблюдением». [ 121 ]
Черная родословная | Клада GISAID | Клада Nextstrain | Связь с циркулирующими ЛОС | Впервые задокументировано | Примечательные особенности |
---|---|---|---|---|---|
БФ.7 | ИГРА | 22Б | Подлиния BA.5 | 2022-01-24 | ВА.5 + С:Р346Т |
БК.1 | ИГРА | 22Е | Подлиния BA.5 | 2022-02-07 | BQ.1 и BQ.1.1: BA.5 + S:R346T, S:K444T, S:N460K |
ВА.2.75 | ИГРА | 22Д | Подлиния BA.2 | 2021-12-31 | BA.2.75: BA.2 + S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:D339H, S:G446S, S:N460K, S:Q493R реверсия |
Гл.1.1 | ИГРА | 22Д | Подлиния BA.2 | 2022-07-20 | BA.2.75 + S:L452R, S:F486S |
XBB | ИГРА | 22F | Рекомбинант подлиний BA.2.10.1 и BA.2.75, т.е. BJ1 и BM.1.1.1, с точкой разрыва в S1. | 2022-08-13 | BA.2+ S:V83A, S:Y144-, S:H146Q, S:Q183E, S:V213E, S:G252V, S:G339H, S:R346T, S:L368I, S:V445P, S:G446S, S :N460K, S:F486S, S:F490S |
ХВВ.1.5 | ИГРА | 23А | Рекомбинант подлиний BA.2.10.1 и BA.2.75, т.е. BJ1 и BM.1.1.1, с точкой разрыва в S1. | 2022-01-05 | XBB+S:F486P |
XBF | ИГРА | Рекомбинант BA.5.2.3 и CJ.1 (сублиния BA.2.75.3) | 2022-07-20 | BA.5 + S:K147E, S:W152R, S:F157L, S:I210V, S:G257S, S:G339H, S:R346T, S:G446S, S:N460K, S:F486P, S:F490S | |
ДЖН.1 | ИГРА | 24А | BA.2.86 сублиния; генетические особенности включают S:L455S | 2023-08-25 | По состоянию на 28 июня 2024 г. [update], классифицированный как VOI; Категория «Омикрон ЛОС» больше не заявлена. [ 4 ] |
Варианты интереса (ВОЗ)
Ниже перечислены представляющие интерес варианты (VOI), признанные Всемирной организацией здравоохранения . [ 17 ] Другие организации, такие как CDC в США, иногда могут использовать немного другой список. [ 18 ]
По состоянию на 15 марта 2023 г. [update], [ 122 ] ВОЗ определяет VOI как вариант «с генетическими изменениями, которые, как прогнозируется или известно, влияют на характеристики вируса, такие как трансмиссивность, вирулентность, уклонение от антител, чувствительность к терапевтическим препаратам и выявляемость», и что он циркулирует больше, чем другие варианты, в более чем одном регионе ВОЗ. до такой степени, что можно предположить глобальный риск для общественного здравоохранения. [ 123 ] Кроме того, в обновлении говорилось, что «VOI будут называться с использованием установленных систем научной номенклатуры, таких как те, которые используются Nextstrain и Pango». [ 123 ]
18 декабря 2023 года ВОЗ включила XBB.1.5, XBB.1.16, EG.5, BA.2.86 и JN.1 в список циркулирующих представляющих интерес вариантов. [ 124 ] Шесть месяцев спустя, по состоянию на 28 июня 2024 г. [update]ВОЗ перечислила только BA.2.86 и JN.1 как циркулирующие представляющие интерес варианты. [ 4 ]
Варианты под наблюдением (ВОЗ)
Ниже перечислены варианты, находящиеся под наблюдением (VUM), признанные ВОЗ. ВУМ определяются как варианты с генетическими изменениями, предположительно влияющими на характеристики вируса, и с некоторыми признаками потенциального риска в будущем, но с неясными доказательствами фенотипического или эпидемиологического воздействия, требующими усиленного мониторинга и повторной оценки после получения новых данных. [ 17 ]
21 ноября 2023 г. ВОЗ включила DV.7, XBB в целом, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2 и XBB.2.3 в список вариантов, находящихся под наблюдением. [ 124 ] По состоянию на 28 июня 2024 г. [update]ВОЗ рассматривала JN.1.7, KP.2, KP.3, JN.1.18 и LB.1 как варианты, находящиеся под наблюдением. [ 4 ]
Ранее циркулирующие и ранее отслеживавшиеся варианты (ВОЗ)
ВОЗ определяет ранее циркулирующий вариант как вариант, который «продемонстрировал, что больше не представляет серьезного дополнительного риска для глобального общественного здравоохранения по сравнению с другими циркулирующими вариантами SARS-CoV-2», но все равно требует мониторинга. [ 94 ]
15 марта 2023 года ВОЗ опубликовала обновленную информацию о системе отслеживания ЛОС, объявив, что греческие буквы будут присваиваться только ЛОС. [ 122 ]
Ранее циркулировавшие вызывающие беспокойство варианты (ЛОС)
Перечисленные ниже варианты ранее считались вызывающими беспокойство вариантами, но были заменены другими вариантами. По состоянию на май 2022 г. [update]ВОЗ перечисляет следующее в разделе «ранее циркулировавшие варианты, вызывающие обеспокоенность»: [ 94 ]
Альфа (родословная B.1.1.7)
Впервые обнаружен в октябре 2020 года во время пандемии COVID-19 в Соединенном Королевстве из образца, взятого в предыдущем месяце в Кенте. [ 125 ] линия B.1.1.7, [ 126 ] обозначенный альфа-вариант , ранее был известен как первый вариант, находящийся на стадии исследования в декабре 2020 года (VUI – 202012/01) ВОЗ как [ 127 ] и позже обозначен как VOC-202012/01. [ 19 ] Он также известен как 20I (V1), [ 28 ] 20И/501Ю.В1 [ 128 ] (ранее 20Б/501Y.В1), [ 42 ] [ 129 ] [ 130 ] или 501Y.V1. [ 131 ] С октября по декабрь 2020 года его распространенность удваивалась каждые 6,5 дней — предполагаемый интервал поколений. [ 132 ] [ 133 ] Это коррелирует со значительным увеличением уровня заражения COVID-19 в Соединенном Королевстве , частично связанным с мутацией N501Y . [ 132 ] Были некоторые свидетельства того, что этот вариант имел повышенную трансмиссивность на 40–80% (при этом большинство оценок лежало примерно между средним и верхним пределом этого диапазона). [ 134 ] [ 135 ] и ранние анализы показали увеличение смертности, [ 136 ] [ 137 ] хотя более поздние работы не обнаружили никаких доказательств повышенной вирулентности. [ 138 ] По состоянию на май 2021 года вариант Альфа был обнаружен примерно в 120 странах. [ 139 ]
16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Альфа и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 140 ] [ 141 ]
B.1.1.7 с E484K
Вариант 21FEB-02 (ранее обозначавшийся как VOC -202102/02), описанный Министерством здравоохранения Англии (PHE) как «B.1.1.7 с E484K». [ 19 ] принадлежит к той же линии в номенклатурной системе Панго, но имеет дополнительную мутацию E484K . было зарегистрировано 39 подтвержденных случаев ЛОС -21FEB-02. По состоянию на 17 марта 2021 года в Великобритании [ 19 ] 4 марта 2021 года ученые сообщили о B.1.1.7 с мутациями E484K в штате Орегон . В одном из 13 проанализированных тестовых образцов была обнаружена эта комбинация, которая, по-видимому, возникла спонтанно и локально, а не была импортирована. [ 142 ] [ 143 ] [ 144 ] Другие названия этого варианта включают B.1.1.7+E484K. [ 145 ] и B.1.1.7 Происхождение с S:E484K. [ 146 ]
Бета (родословная B.1.351)
18 декабря 2020 года вариант 501.V2 , также известный как 501.V2, 20H (V2), [ 28 ] 20H/501Y.V2 [ 128 ] (ранее 20C/501Y.V2), 501Y.V2, [ 147 ] VOC-20DEC-02 (ранее VOC -202012/02) или линия B.1.351, [ 42 ] Впервые был обнаружен в Южной Африке страны , о чем сообщил департамент здравоохранения . [ 148 ] ВОЗ назвала его бета-вариантом. Исследователи и официальные лица сообщили, что распространенность этого варианта выше среди молодых людей без каких-либо заболеваний, и по сравнению с другими вариантами в этих случаях он чаще приводит к серьезным заболеваниям. [ 149 ] [ 150 ] Департамент здравоохранения ЮАР также указал, что этот вариант может стать движущей силой второй волны эпидемии COVID-19 в стране из-за того, что этот вариант распространяется более быстрыми темпами, чем другие более ранние варианты вируса. [ 148 ] [ 149 ]
Ученые отметили, что этот вариант содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека из-за следующих трех мутаций в рецептор-связывающем домене (RBD) шипового гликопротеина вируса: N501Y , [ 148 ] [ 151 ] К417Н и Е484К . [ 152 ] [ 153 ] Мутация N501Y также была обнаружена в Соединенном Королевстве. [ 148 ] [ 154 ]
16 марта 2022 года ВОЗ снизила уровень бета-варианта и его подвариантов до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 140 ] [ 141 ]
Гамма (родословная P.1)
Вариант Гаммы или линия P.1, названная Вариантом беспокойства 21 января 2002 г. [ 19 ] (ранее VOC-202101/02) Службы общественного здравоохранения Англии, [ 19 ] 20Дж (В3) [ 28 ] или 20J/501Y.V3 [ 128 ] от Nextstrain или просто 501Y.V3, [ 131 ] был обнаружен в Токио 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (НИИД). ВОЗ маркирует его как вариант Гамма. Новый вариант впервые был выявлен у четырех человек, прибывших в Токио из бразильского штата Амазонас 2 января 2021 года. [ 155 ] 12 января 2021 года Бразильско-британский CADDE-центр подтвердил 13 местных случаев нового варианта Гамма в тропических лесах Амазонки. [ 156 ] Этот вариант SARS-CoV-2 получил название линии P.1 (хотя он является потомком B.1.1.28, название B.1.1.28.1). [ 20 ] [ 157 ] не разрешен, и поэтому полученное название - P.1) и имеет 17 уникальных аминокислотных изменений, 10 из которых в его белке-шипе, включая три, связанные с мутациями: N501Y , E484K и K417T. [ 156 ] [ 157 ] [ 158 ] [ 159 ] : Рисунок 5
Мутации N501Y и E484K способствуют образованию стабильного комплекса RBD-hACE2, тем самым повышая аффинность связывания RBD с hACE2. Однако мутация K417T препятствует образованию комплекса между RBD и hACE2, что, как было показано, снижает аффинность связывания. [ 1 ]
Новый вариант отсутствовал в пробах, собранных с марта по ноябрь 2020 года в Манаусе , штат Амазонас, но в том же городе он был обнаружен в 42% проб с 15 по 23 декабря 2020 года, за ним следовали 52,2% в течение 15–31 декабря и 85,4% за 1–9 января 2021 г. [ 156 ] Исследование показало, что инфекции, вызванные Гаммой, могут вызывать почти в десять раз большую вирусную нагрузку по сравнению с людьми, инфицированными одной из других линий, выявленных в Бразилии (B.1.1.28 или B.1.195). Гамма также показала в 2,2 раза более высокую трансмиссивность при одинаковой способности заражать как взрослых, так и пожилых людей, что позволяет предположить, что линии P.1 и P.1-подобные более успешно заражают молодых людей независимо от пола. [ 160 ]
Исследование образцов, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года, показало, что вариант Гамма в 1,4–2,2 раза более заразен и способен уклоняться от 25–61% наследственного иммунитета от предыдущих коронавирусных заболеваний, что приводит к возможности повторного заражения после выздоровления от ранее перенесенной инфекции COVID-19. Что касается смертности, заражения Гаммой также оказались на 10–80% более смертоносными. [ 161 ] [ 162 ] [ 163 ]
Исследование показало, что у людей, полностью вакцинированных вакцинами Pfizer или Moderna, значительно снижается эффект нейтрализации Гаммы, хотя фактическое влияние на течение заболевания неясно. Предварительное исследование Фонда Освальдо Круза, опубликованное в начале апреля, показало, что в реальной жизни люди, получившие начальную дозу вакцины Sinovac от Коронавак , имели эффективность примерно 50%. Они ожидали, что эффективность будет выше после второй дозы. По состоянию на июль 2021 года исследование продолжается. [ 164 ]
Предварительные данные двух исследований показывают, что вакцина Oxford-AstraZeneca эффективна против варианта Гамма, хотя точный уровень эффективности еще не установлен. [ 165 ] [ 166 ] Предварительные данные исследования, проведенного Instituto Butantan, показывают, что CoronaVac также эффективен против варианта Gamma, и по состоянию на июль 2021 года его еще предстоит расширить для получения окончательных данных. [ 167 ]
16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Гамма и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 140 ] [ 141 ]
Дельта (родословная B.1.617.2)
Вариант Дельта, также известный как B.1.617.2, G/452R.V3, 21A. [ 28 ] или 21А/С:478К, [ 128 ] был глобально доминирующим вариантом, который распространился как минимум на 185 стран. [ 168 ] Впервые он был обнаружен в Индии . Потомок линии B.1.617, которая также включает исследуемый вариант Каппа, он был впервые обнаружен в октябре 2020 года и с тех пор распространился по всему миру. [ 169 ] [ 170 ] [ 171 ] [ 172 ] [ 173 ] 6 мая 2021 года британские ученые объявили B.1.617.2 (у которого, в частности, отсутствует мутация E484Q) «вызывающим беспокойство вариантом», назвав его VOC-21APR-02, после того как они отметили доказательства того, что он распространяется быстрее, чем исходная версия. вируса и может распространяться быстрее или так же быстро, как Альфа. [ 174 ] [ 21 ] [ 175 ] [ 176 ] Он несет мутации L452R и P681R у Спайка; [ 30 ] в отличие от Каппы, он имеет T478K, но не E484Q.
3 июня 2021 года Управление общественного здравоохранения Англии сообщило, что двенадцать из 42 смертей от варианта Дельта в Англии были среди полностью вакцинированных, и что он распространялся почти в два раза быстрее, чем вариант Альфа. [ 177 ] Также 11 июня Медицинский центр Футхиллс в Калгари, Канада, сообщил, что половина из 22 случаев заболевания вариантом Дельта произошла среди полностью вакцинированных. [ 178 ]
В июне 2021 года начали появляться сообщения о варианте Дельты с мутацией K417N. [ 179 ] Мутация, также присутствующая в вариантах Бета и Гамма, вызвала обеспокоенность по поводу возможности снижения эффективности вакцин и лечения антителами и увеличения риска повторного заражения. [ 180 ] Вариант, названный Министерством здравоохранения Англии «Дельта с K417N», включает две клады, соответствующие линиям Панго AY.1 и AY.2. [ 181 ] Его прозвали «Дельта плюс». [ 182 ] от «Дельта плюс К417Н». [ 183 ] Название мутации K417N относится к обмену, при котором лизин (K) заменяется аспарагином (N) в положении 417. [ 184 ] 22 июня Министерство здравоохранения и благосостояния семьи Индии объявило вариант COVID-19 «Дельта плюс» вариантом, вызывающим обеспокоенность, после того как в Индии было зарегистрировано 22 случая этого варианта. [ 185 ] После объявления ведущие вирусологи заявили, что данных недостаточно, чтобы назвать этот вариант отдельным вызывающим беспокойство вариантом, указав на небольшое количество изученных пациентов. [ 186 ] В Великобритании в июле 2021 года был выявлен AY.4.2. Помимо упомянутых ранее, он также получил прозвище «Дельта Плюс» из-за дополнительных мутаций Y145H и A222V. Они не уникальны для него, но отличают его от оригинального варианта Delta. [ 187 ]
7 июня 2022 года ВОЗ снизила уровень эскалации варианта Дельта и его подвариантов до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 141 ] [ 188 ]
Ранее циркулирующие интересующие варианты (VOI)
Черная родословная | Клада GISAID | Клада Nextstrain | Самые ранние образцы | Дата ВАС | Дата назначения | Страна отбора проб | Примечания |
---|---|---|---|---|---|---|---|
П.2 | ГР/484К.В2 | 20Б/С.484К | 2020-04 | 2021-07-06 | 2021-08-17 | Zeta variant | |
стр.3 | ГР/1092К.В1 | 21Е | 2021-01 | 2021-07-06 | 2021-08-17 | Тета вариант | |
Б.1.427 Б.1.429 |
ГХ/452Р.В1 | 21С | 2020-03 | 2021-07-06 | 2021-11-09 | Эпсилон вариант | |
Б.1.617.1 | Г/452Р.В3 | 21Б | 2020-10 | 2021-09-20 | Вариант пальто | ||
Б.1.526 | ГХ/253Г.В1 | 21F | 2020-11 | 2021-09-20 | Одна йота вариации | ||
Б.1.525 | Г/484К.В3 | 21Д | 2020-12 | 2021-09-20 | Eta variant | ||
С.37 | GR/452Q.V1 | 21Г | 2020-12 | 2021-06-14 | 2022-03-09 | Лямбда-вариант | |
Б.1.621 | ГХ | 21 час | 2021-01 | 2021-08-30 | 2022-03-09 | Mu variant |
Эпсилон (линии B.1.429, B.1.427, CAL.20C)
Вариант Эпсилон или линия B.1.429, также известная как CAL.20C. [ 189 ] или CA VUI1, [ 190 ] 21С [ 28 ] или 20К/С:452Р, [ 128 ] определяется пятью различными мутациями (I4205V и D1183Y в гене ORF1ab и S13I, W152C, L452R в S-гене белка-шипа), из которых особую озабоченность вызывал L452R (ранее также обнаруженный в других неродственных линиях). [ 55 ] [ 191 ] С 17 марта по 29 июня 2021 года CDC внес B.1.429 и связанный с ним B.1.427 в список «вариантов, вызывающих озабоченность». [ 30 ] [ 192 ] [ 193 ] [ 194 ] По состоянию на июль 2021 года Эпсилон больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес. [ 17 ] как его обогнала Альфа. [ 195 ]
С сентября 2020 года по январь 2021 года заразность была на 19–24% выше, чем у предыдущих вариантов в Калифорнии. Нейтрализация против него антителами от естественных инфекций и прививок была умеренно снижена, [ 196 ] но его по-прежнему можно было обнаружить в большинстве диагностических тестов. [ 197 ]
Эпсилон (CAL.20C) впервые был обнаружен в июле 2020 года исследователями Медицинского центра Сидарс-Синай , Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19 . [ 198 ] Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился в образцах в Калифорнии, но до ноября его численность оставалась очень низкой. [ 199 ] [ 200 ] В ноябре 2020 года на вариант Эпсилон приходилось 36 процентов образцов, собранных в Медицинском центре Сидарс-Синай, а к январю 2021 года на вариант Эпсилон приходилось 50 процентов образцов. [ 191 ] В совместном пресс-релизе Калифорнийского университета в Сан-Франциско , Департамента общественного здравоохранения Калифорнии и Департамента общественного здравоохранения округа Санта-Клара , [ 201 ] вариант также был обнаружен во многих округах Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота этого варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [ 202 ] В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C и на него приходится примерно 36% образцов, в то время как на новый вариант клады 20G приходится около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Однако отметим, что в США в целом по состоянию на январь 2021 года преобладает клада 20G. [ 55 ] После увеличения числа Эпсилонов в Калифорнии этот вариант обнаруживался с разной частотой в большинстве штатов США. Небольшое количество было обнаружено в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. [ 199 ] [ 200 ] После первоначального увеличения его частота с февраля 2021 года быстро упала, поскольку его уступила более передающаяся Альфа . В апреле Эпсилон по-прежнему относительно часто встречался в некоторых частях северной Калифорнии, но он практически исчез с юга штата и так и не смог закрепиться где-либо еще; только 3,2% всех случаев в США были Эпсилон, тогда как более двух третей были Альфа. [ 195 ]
Зета (родословная P.2)
Зета-вариант или линия P.2, сублиния B.1.1.28, подобная Gamma (P.1), была впервые обнаружена в обращении в штате Рио-де-Жанейро ; он содержит мутацию E484K, но не мутации N501Y и K417T. [ 159 ] Он развился независимо в Рио-де-Жанейро, не имея прямого отношения к варианту Гамма из Манауса. [ 156 ] Хотя ранее Зета считалась представляющим интерес вариантом, по состоянию на июль 2021 года ВОЗ больше не считает ее таковой. [ 17 ]
И (линия B.1.525)
Вариант Eta или линия B.1.525, также называемая VUI -21FEB-03. [ 19 ] (ранее VUI-202102/03) Службы общественного здравоохранения Англии (PHE) и ранее известный как UK1188, [ 19 ] 21Д [ 28 ] или 20А/С: 484К, [ 128 ] не несет той же мутации N501Y, что и у Alpha , Beta и Gamma , но несет ту же мутацию E484K, что и у вариантов Gamma, Zeta и Beta, а также несет ту же самую делецию ΔH69/ΔV70 (делецию аминокислот гистидин и валин в положениях 69 и 70), как обнаружено в варианте Alpha, N439K (B.1.141 и B.1.258) и вариант Y453F ( кластер 5 ). [ 203 ] Эта отличается от всех других вариантов наличием как мутации E484K, так и новой мутации F888L (замена фенилаланина (F) на лейцин (L) в домене S2 белка-шипа). По состоянию на 5 марта 2021 года он был обнаружен в 23 странах. [ 204 ] [ 205 ] [ 206 ] Об этом также сообщалось в Майотте , заморском департаменте/регионе Франции. [ 204 ] Первые случаи были выявлены в декабре 2020 года в Великобритании и Нигерии, а по состоянию на 15 февраля 2021 года они встречались с наибольшей частотой среди образцов в последней стране. [ 206 ] По состоянию на 24 февраля в Великобритании было выявлено 56 случаев. [ 19 ] Дания, которая секвенирует все свои случаи COVID-19, обнаружила 113 случаев этого варианта с 14 января по 21 февраля 2021 года, семь из которых были напрямую связаны с зарубежными поездками в Нигерию. [ 205 ]
По состоянию на июль 2021 года британские эксперты изучают это, чтобы определить, насколько это может быть риском. В настоящее время он рассматривается как «вариант, находящийся на стадии расследования», но в ожидании дальнейшего изучения он может стать « вариантом, вызывающим озабоченность ». Рави Гупта из Кембриджского университета заявил в интервью BBC , что линия B.1.525, похоже, имеет «значительные мутации», уже наблюдаемые в некоторых других новых вариантах, а это означает, что их вероятный эффект в некоторой степени более предсказуем. [ 207 ]
Тета (линия P.3)
18 февраля 2021 года Министерство здравоохранения Филиппин подтвердило обнаружение двух мутаций COVID-19 на Центральных Висайских островах после того, как образцы от пациентов были отправлены на секвенирование генома. Позже мутации были названы E484K и N501Y, которые были обнаружены в 37 из 50 образцов, причем обе мутации одновременно встречались в 29 из них. [ 208 ]
13 марта Министерство здравоохранения подтвердило, что мутации представляют собой вариант, обозначенный как линия P.3. [ 209 ] В тот же день был подтвержден первый случай заболевания COVID-19, вызванный вариантом Гамма в стране . 13 марта на Филиппинах было зарегистрировано 98 случаев варианта Тета. [ 210 ] 12 марта было объявлено, что Тета также была обнаружена в Японии. [ 211 ] [ 212 ] 17 марта Великобритания подтвердила свои первые два случая: [ 213 ] где PHE назвал его VUI-21MAR-02. [ 19 ] 30 апреля 2021 года Малайзия выявила 8 случаев варианта Тета в Сараваке. [ 214 ]
По состоянию на июль 2021 года Тета больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес. [ 17 ]
Йота (родословная B.1.526)
В ноябре 2020 года в Нью-Йорке был обнаружен мутантный вариант, получивший название линия B.1.526. [ 215 ] По состоянию на 11 апреля 2021 года этот вариант был обнаружен как минимум в 48 штатах США и 18 странах. В модели, отражающей Эпсилон, Йота изначально смогла достичь относительно высоких уровней в некоторых штатах, но к маю 2021 года ее вытеснили более передающиеся Дельта и Альфа. [ 195 ]
Каппа (родословная B.1.617.1)
Вариант Каппа [ 17 ] является одной из трех подлиний линии B.1.617 . Он также известен как линия B.1.617.1, 21B. [ 28 ] или 21А/С:154К, [ 128 ] и впервые был обнаружен в Индии в декабре 2020 года. [ 216 ] К концу марта 2021 года на долю Каппы приходилось более половины последовательностей, отправленных из Индии. [ 217 ] 1 апреля 2021 года Служба общественного здравоохранения Англии обозначила его как вариант, находящийся на стадии расследования (VUI-21APR-01). [ 29 ] Он имеет заметные мутации L452R, E484Q, P681R. [ 218 ]
Лямбда (линия C.37)
Вариант Lambda, также известный как линия C.37, был впервые обнаружен в Перу в августе 2020 года и был определен ВОЗ как представляющий интерес вариант 14 июня 2021 года. [ 17 ] Он распространился как минимум на 30 стран. [ 219 ] по всему миру и по состоянию на июль 2021 г. [update], неизвестно, является ли он более заразным и устойчивым к вакцинам, чем другие штаммы. [ 220 ] [ 221 ] 16 марта 2022 года ВОЗ снизила уровень эскалации варианта Lambda до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 140 ] [ 141 ]
В (родословная B.1.621)
Вариант Mu, также известный как линия B.1.621, был впервые обнаружен в Колумбии в январе 2021 года и 30 августа 2021 года был определен ВОЗ как представляющий интерес вариант. [ 17 ] Вспышки были в Южной Америке и Европе. [ 222 ] [ 223 ] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Му и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [ 140 ] [ 141 ]
Ранее отслеживаемые варианты (ВОЗ)
Варианты, перечисленные ниже, когда-то входили в список вариантов, находящихся под наблюдением, но были реклассифицированы либо из-за того, что они больше не циркулируют на значительном уровне, либо не оказали существенного влияния на ситуацию, либо из-за научных доказательств того, что вариант не обладает свойствами, вызывающими беспокойство. [ 94 ]
Черная родословная | Клада GISAID | Клада Nextstrain | Самые ранние образцы | Дата ВУМ | Дата назначения | Страна отбора проб |
---|---|---|---|---|---|---|
ВЫКЛ.1 | ГР | 2021-03 | 2021-05-26 | 2021-07-21 | Великобритания | |
АТ.1 | ГР | 2021-01 | 2021-06-09 | 2021-07-21 | Россия | |
Р.1 | ГР | 2021-01 | 2021-04-07 | 2021-11-09 | Япония | |
Б.1.466.2 | ГХ | 2020-11 | 2021-04-28 | 2021-11-09 | Индонезия | |
Б.1.1.519 | ГР | 20Б/С.732А | 2020-11 | 2021-06-02 | 2021-11-09 | Несколько стран |
С.36.3 | ГР | 2021-01 | 2021-06-16 | 2021-11-09 | Несколько стран | |
Б.1.214.2 | Г | 2020-11 | 2021-06-30 | 2021-11-09 | Несколько стран | |
Б.1.1.523 | ГР | 2020-05 | 2021-07-14 | 2021-11-09 | Несколько стран | |
Б.1.619 | Г | 2020-05 | 2021-07-14 | 2021-11-09 | Несколько стран | |
Б.1.620 | Г | 20А/С.126А | 2020-11 | 2021-07-14 | 2021-11-09 | Литва |
Б.1.1.318
АЗ.5 |
ГР | 2021-01 | 2021-06-02 | Англия | ||
С.1.2 | ГР | 2021-05 | 2021-09-01 | ЮАР | ||
Б.1.630 | ГХ | 2021-03 | 2021-10-12 | Доминиканская Республика | ||
Б.1.640 | ГХ/490Р | 2021-09 | 2021-11-22 | Республика Конго | ||
XD | 2022-01 | 2022-03-09 | Франция |
Другие известные варианты
Линия B.1.1.207 была впервые секвенирована в августе 2020 года в Нигерии; [ 224 ] последствия для передачи и вирулентности США внесли его в список как новый вариант неясны, но Центры по контролю заболеваний . [ 42 ] Этот вариант, секвенированный Африканским центром передового опыта в области геномики инфекционных заболеваний в Нигерии, имеет мутацию P681H, общую с вариантом Alpha . У него нет других мутаций с вариантом Альфа, и по состоянию на конец декабря 2020 года на этот вариант приходится около 1% вирусных геномов, секвенированных в Нигерии, хотя эта цифра может возрасти. [ 224 ] По состоянию на май 2021 года линия B.1.1.207 обнаружена в 10 странах. [ 225 ]
Линия B.1.1.317, хотя и не считается вариантом, вызывающим беспокойство , примечательна тем, что Министерство здравоохранения Квинсленда заставило двух человек, находящихся на карантине в отеле в Брисбене , Австралия, пройти дополнительный 5-дневный карантин сверх обязательных 14 дней после его подтверждения. они были заражены этим вариантом. [ 226 ]
Линия B.1.616, выявленная в Бретани , Западная Франция, в начале января 2021 года и обозначенная ВОЗ как «вариант, находящийся на стадии исследования» в марте 2021 года, как сообщается, трудно обнаружить с помощью метода взятия мазков из носоглотки для выявления коронавируса, а также обнаружения Вирус должен полагаться на образцы из нижних дыхательных путей. [ нужна ссылка ]
Линия B.1.618 была впервые выделена в октябре 2020 года. Она имеет общую с несколькими другими вариантами мутацию E484K и продемонстрировала значительное распространение в апреле 2021 года в Западной Бенгалии , Индия. [ 227 ] [ 228 ] По состоянию на 23 апреля 2021 года в базе данных PANGOLIN было обнаружено 135 последовательностей, обнаруженных в Индии, с однозначными номерами в каждой из восьми других стран мира. [ 229 ]
В июле 2021 года ученые сообщили в препринте , который был опубликован в журнале в феврале 2022 года, об обнаружении аномальных неназванных линий SARS-CoV-2 с неизвестным хозяином в результате наблюдения за сточными водами в Нью-Йорке. Они предположили, что «эти линии произошли от невыбранных образцов человеческих инфекций COVID-19 или что они указывают на наличие резервуара, отличного от человека ». [ 230 ] [ 231 ]
Lineage B.1.640.2 (также известный как вариант IHU) [ 232 ] ) был обнаружен в октябре 2021 года исследователями Университетского госпитального института (IHU) в Марселе. [ 233 ] Они обнаружили этот вариант у путешественника, который вернулся во Францию из Камеруна и, как сообщается, заразил 12 человек. [ 234 ] [ 235 ] Линия B.1.640 (ВОЗ) вариантом, находящимся под наблюдением (VUM) . была признана Всемирной организацией здравоохранения , в которую входит B.1.640.2, 22 ноября 2021 года [ 236 ] Однако ВОЗ сообщила, что линия B.1.640.2 распространяется гораздо медленнее, чем вариант Омикрон , и поэтому не вызывает относительно большого беспокойства. [ 235 ] [ 237 ] Согласно препринтному исследованию, линия B.1.640.2 имеет две уже известные белка-шипа мутации – E484K и N501Y – среди всего 46 нуклеотидных замен и 37 делеций. [ 234 ] [ 238 ] [ 239 ]
SARS-CoV-2 В марте 2022 года исследователи сообщили о варианте рекомбинантных вирусов , содержащих элементы Дельта и Омикрон – Дельтакрон (также называемый «Дельтамикрон»). [ 240 ] [ 241 ] [ 242 ] [ 243 ] [ 244 ] Рекомбинация происходит, когда вирус объединяет части родственного вируса с его генетической последовательностью при сборке своих копий. Неясно, был ли Дельтакрон, о котором не следует путать с «Дельтакроном», о котором сообщалось в январе, хотя первое обнаружение было также в январе. [ 244 ] [ 245 ] – сможет ли конкурировать с «Омикроном» и не нанесет ли это вред здоровью. [ 246 ]
В июле 2023 года профессор Лоуренс Янг, вирусолог из Уорикского университета, объявил о супермутированном варианте Дельта из мазка индонезийского случая со 113 уникальными мутациями, 37 из которых затрагивают шиповый белок. [ 247 ]
Заметные миссенс-мутации
У SARS-CoV-2 наблюдался ряд миссенс-мутаций .
от 69-70
Название мутации del 69-70 или 69-70 del или другие подобные обозначения относятся к удалению аминокислоты в положениях с 69 по 70. Мутация обнаружена в варианте Альфа и может привести к «всплеску» мутации. «неспособность гена-мишени» и привести к ложноотрицательному результату в ПЦР-тесте на вирус. [ 248 ]
РСИЛТПГД246-253Н
В противном случае, называемые del 246-252 или другие подобные выражения, они относятся к удалению аминокислоты из положения 246-252 в N-концевом домене белка-шипа, сопровождаемому заменой аспарагиновой кислоты (D ) в положении 253 для аспарагина (N). [ 249 ] [ 250 ]
Мутация с делецией 7 аминокислот в настоящее время описывается как уникальная для варианта Lambda и считается одной из причин повышенной способности штамма избегать действия нейтрализующих антител, согласно препринту. [ 251 ]
Н440К
Название мутации N440K относится к обмену, при котором аспарагин (N) заменяется лизином (K) в положении 440. [ 252 ]
В клеточных культурах наблюдалось, что эта мутация в 10 раз более инфекционна по сравнению с ранее широко распространенным штаммом A2a (замена A97V в последовательности RdRP) и в 1000 раз более инфекционна с менее распространенным штаммом A3i (замена D614G в Spike и замена a и P323L в RdRP). ). [ 253 ] Он был причастен к быстрому всплеску случаев заболевания COVID-19 в Индии в мае 2021 года. [ 254 ] В Индии наибольшая доля мутировавших вариантов N440K, за ней следуют США и Германия. [ 255 ]
Г446В
Название мутации, G446V, относится к обмену, при котором глицин (G) заменяется на валин (V) в положении 446. [ 252 ]
Мутация, обнаруженная в Японии среди прибывающих, начиная с мая, и среди 33 образцов от лиц, связанных с Олимпийскими играми в Токио в 2020 году и Паралимпийскими играми в Токио в 2020 году , как сообщается, может влиять на аффинность множественных моноклональных антител , хотя ее клиническое воздействие против об использовании лекарств на основе антител еще предстоит узнать. [ 256 ]
L452R
Название мутации, L452R, относится к обмену, при котором лейцин (L) заменяется аргинином (R) в положении 452. [ 252 ]
L452R встречается как в вариантах Дельта, так и в Каппа, которые впервые были распространены в Индии, но с тех пор распространились по всему миру. L452R является соответствующей мутацией в этом штамме, которая усиливает способность связывания рецептора ACE2 и может уменьшить прикрепление стимулированных вакциной антител к этому измененному белку-шипу.
L452R, как показывают некоторые исследования, может даже сделать коронавирус устойчивым к Т-клеткам , которые необходимы для нацеливания и уничтожения инфицированных вирусом клеток. Они отличаются от антител, которые блокируют частицы коронавируса и предотвращают его распространение. [ 170 ]
Y453F
Название мутации, Y453F, относится к обмену, при котором тирозин (Y) заменяется на фенилаланин (F) в положении 453. Было обнаружено, что мутация потенциально связана с распространением SARS-CoV-2 среди норок в Нидерландах. в 2020 году. [ 257 ]
S477G/Н
В нескольких исследованиях с помощью биоинформатических и статистических методов была идентифицирована очень гибкая область в рецепторсвязывающем домене (RBD) SARS-CoV-2, начиная с остатка 475 и продолжаясь до остатка 485. Университет Граца [ 258 ] и биотехнологическая компания Иннофор [ 259 ] В недавней публикации показали, что в структурном отношении позиция S477 демонстрирует наибольшую гибкость среди них. [ 260 ]
В то же время S477 до сих пор является наиболее часто заменяемым аминокислотным остатком в RBD мутантов SARS-CoV-2. С помощью молекулярно-динамического моделирования RBD во время процесса связывания с hACE2 было показано, что как S477G, так и S477N усиливают связывание шипа SARS-COV-2 с рецептором hACE2. Разработчик вакцины BioNTech [ 261 ] в препринте, опубликованном в феврале 2021 года, упомянул этот аминокислотный обмен как важный для разработки будущей вакцины. [ 262 ]
E484Q
Название мутации, E484Q, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется глютамином (Q) в положении 484. [ 252 ]
Вариант Каппа , циркулирующий в Индии, имеет E484Q. Эти варианты изначально (но ошибочно) назывались «двойными мутантами». [ 263 ] E484Q может усиливать способность связывания рецептора ACE2 и снижать способность стимулированных вакциной антител прикрепляться к этому измененному белку-шипу. [ 170 ]
Е484К
Название мутации, E484K, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется лизином (K) в положении 484. [ 252 ] Его прозвали «Иеек». [ 264 ]
Сообщалось, что E484K представляет собой мутацию бегства (т. е. мутацию, которая улучшает способность вируса уклоняться от иммунной системы хозяина). [ 265 ] [ 266 ] ) по крайней мере от одной формы моноклональных антител против SARS-CoV-2, что указывает на «возможное изменение антигенности ». [ 267 ] Вариант Гамма (линия P.1), [ 156 ] вариант Зета (линия P.2, также известная как линия B.1.1.28.2) [ 159 ] и бета-вариант (501.V2) демонстрирует эту мутацию. [ 267 ] Также было обнаружено ограниченное количество геномов линии B.1.1.7 с мутацией E484K. [ 268 ] Сообщается, что моноклональные антитела и антитела, полученные из сыворотки крови, в 10–60 раз менее эффективны в нейтрализации вируса, несущего мутацию E484K. [ 269 ] [ 270 ] 2 февраля 2021 года ученые-медики Соединенного Королевства сообщили об обнаружении E484K в 11 образцах (из 214 000 образцов) — мутации, которая может поставить под угрозу текущую эффективность вакцины. [ 271 ] [ 272 ]
F490S
F490S обозначает замену фенилаланина (F) на серин (S) в аминокислотном положении 490. [ 273 ]
Это одна из мутаций, обнаруженных в Lambda, и она связана со снижением восприимчивости к антителам, вырабатываемым теми, кто был инфицирован другими штаммами, а это означает, что лечение антителами против людей, инфицированных штаммами, несущими такую мутацию, будет менее эффективным. [ 274 ]
N501Y
N501Y обозначает замену аспарагина (N) на тирозин (Y) в аминокислотном положении 501. [ 275 ] N501Y получила прозвище «Нелли». [ 264 ]
По мнению PHE, это изменение увеличивает аффинность связывания из-за его положения внутри спайкового гликопротеина , домена, связывающего рецептор который связывает ACE2 в клетках человека; данные также подтверждают гипотезу об увеличении аффинности связывания в результате этого изменения. [ 43 ] Моделирование молекулярного взаимодействия и расчеты свободной энергии связывания показали, что мутация N501Y имеет самую высокую аффинность связывания в интересующих вариантах RBD с hACE2. [ 1 ] Варианты с N501Y включают Gamma, [ 267 ] [ 156 ] Альфа (VOC 20DEC-01), Бета и COH.20G/501Y (идентифицированы в Колумбусе, штат Огайо ). [ 1 ] Последний стал доминирующей формой вируса в Колумбусе в конце декабря 2020 года и в январе и, похоже, развивался независимо от других вариантов. [ 276 ] [ 277 ]
Н501С
N501S обозначает замену аспарагина (N) на серин (S) в аминокислотном положении 501. [ 278 ]
По состоянию на сентябрь 2021 года во всем мире зарегистрировано 8 случаев заражения пациентов вариантом Дельта с мутацией N501S. Поскольку эта мутация считается мутацией, похожей на N501Y, предполагается, что она имеет характеристики, аналогичные мутации N501Y, которая, как полагают, увеличивает инфекционность вируса, однако точный эффект пока неизвестен. [ 279 ]
Д614Г
D614G — это миссенс-мутация, которая влияет на белок-шип SARS-CoV-2. С самого начала появления этой мутации в Восточном Китае в начале 2020 года частота этой мутации в глобальной вирусной популяции увеличилась на ранних этапах пандемии. [ 281 ] G ( глицин ) быстро заменил D ( аспарагиновую кислоту ) в позиции 614 в Европе, хотя и медленнее в Китае и остальной части Восточной Азии, что подтверждает гипотезу о том, что G увеличивает скорость передачи, что согласуется с более высокими титрами вируса и инфекционностью in vitro. . [ 53 ] Исследователи с помощью инструмента PANGOLIN назвали эту мутацию «Дуг». [ 264 ]
В июле 2020 года сообщалось, что доминирующей формой в пандемии стал более заразный вариант SARS-CoV-2 D614G. [ 282 ] [ 283 ] [ 284 ] [ 285 ] PHE подтвердил, что мутация D614G оказывает «умеренное влияние на трансмиссивность» и отслеживается на международном уровне. [ 275 ] [ 286 ]
Глобальная распространенность D614G коррелирует с распространенностью потери обоняния ( аносмии ) как симптома COVID-19, что, возможно, опосредовано более высоким связыванием RBD с рецептором ACE2 или более высокой стабильностью белка и, следовательно, более высокой инфекционностью обонятельного эпителия . [ 287 ]
Варианты, содержащие мутацию D614G, обнаружены в кладе G по данным GISAID. [ 53 ] и клада B.1 с помощью инструмента PANGOLIN . [ 53 ]
К677П/Х
Название мутации Q677P/H относится к обмену, при котором глутамин (Q) заменяется пролином (P) или гистидином (H) в положении 677. [ 252 ] Существует несколько подлиний, содержащих мутацию Q677P; шесть из них, которые также содержат различные комбинации других мутаций, называются названиями птиц. Например, один из замеченных раньше известен как «Пеликан», а самый распространенный из них по состоянию на начало 2021 года предварительно назывался «Робин 1». [ 288 ]
По состоянию на конец 2020 года о мутации сообщалось в нескольких линиях, циркулирующих внутри Соединенных Штатов, а также в некоторых линиях за пределами страны. «Пеликан» был впервые обнаружен в Орегоне, а по состоянию на начало 2021 года «Робин 1» часто обнаруживался на Среднем Западе США , в то время как другая сублиния Q667H, «Робин 2», обнаруживалась в основном на юго-востоке США. [ 288 ] Частота регистрации таких мутаций увеличилась с конца 2020 года до начала 2021 года. [ 289 ]
P681H
Название мутации P681H относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется гистидином (H) в положении 681. [ 280 ]
В январе 2021 года ученые сообщили в препринте , что мутация P681H, характерная особенность альфа-варианта и линии B.1.1.207 (выявленной в Нигерии), демонстрирует значительный экспоненциальный рост частоты во всем мире, что соответствует тенденции ожидается в нижней части логистической кривой. Это можно сравнить с тенденцией широко распространенного сейчас во всем мире D614G. [ 280 ] [ 290 ]
P681R
Название мутации P681R относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется аргинином (R) в положении 681. [ 252 ]
Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 ( INSACOG ) обнаружил, что помимо двух мутаций E484Q и L452R, существует еще третья значимая мутация, P681R в линии B.1.617. Все три мутации связаны с белком-шипом, рабочей частью коронавируса, которая связывается с рецепторными клетками организма. [ 170 ]
А701В
Согласно первоначальным сообщениям СМИ, Малайзии 23 декабря 2020 года Министерство здравоохранения объявило, что оно обнаружило мутацию в геноме SARS-CoV-2, которую они обозначили как A701B(так в оригинале), среди 60 образцов, собранных в кластере Бентенг Лахад Дату в Сабах . Мутация была охарактеризована как похожая на ту, которая была недавно обнаружена в Южной Африке, Австралии и Нидерландах, хотя было неясно, была ли эта мутация более заразной или агрессивной. [ нужны разъяснения ] чем раньше. [ 291 ] Правительство провинции Сулу на соседних Филиппинах временно приостановило поездки в Сабах в ответ на обнаружение «A701B» из-за неуверенности в природе мутации. [ 292 ]
25 декабря 2020 года Министерство здравоохранения Малайзии описало мутацию A701V как циркулирующую и присутствующую в 85% случаев (D614G присутствовала в 100% случаев) в Малайзии. [ 293 ] [ 294 ] В этих отчетах также упоминались образцы, собранные в скоплении Бентенг Лахад Дату. [ 293 ] [ 294 ] Текст объявления был дословно воспроизведен на странице в Facebook Нура Хишама Абдуллы , генерального директора здравоохранения Малайзии, которого цитировали в некоторых новостных статьях. [ 294 ]
Мутация A701V приводит к замене аминокислоты аланина (A) на валин (V) в положении 701 в белке-шипе. Во всем мире Южная Африка, Австралия, Нидерланды и Англия также сообщили об A701V примерно в то же время, что и Малайзия. [ 293 ] В GISAID распространенность этой мутации составляет около 0,18%. случаев. [ 293 ]
14 апреля 2021 года Министерство здравоохранения Малайзии сообщило, что третья волна, начавшаяся в Сабахе, включала внедрение вариантов с мутациями D614G и A701V. [ 295 ]
Рекомбинантные варианты
Британское правительство сообщило о ряде рекомбинантных вариантов SARS-CoV-2. [ 296 ] Этим рекомбинантным линиям были присвоены идентификаторы линий Pango XD, XE и XF. [ 297 ]
XE представляет собой рекомбинантную линию линий Pango BA.1 и BA.2. [ 298 ] По состоянию на март 2022 г. [update] Считалось, что XE имеет темпы роста на 9,8% выше, чем BA.2. [ 296 ]
Дифференциальная эффективность вакцин
Взаимодействие между вирусом SARS-CoV-2 и его человеческими хозяевами изначально было естественным, но затем начало меняться из-за растущей доступности вакцин, наблюдаемой в 2021 году. [ 299 ] Потенциальное появление варианта SARS-CoV-2, умеренно или полностью устойчивого к реакции антител, вызываемой вакцинами против COVID-19, может потребовать модификации вакцин. [ 300 ] Появление вакциноустойчивых вариантов более вероятно среди высоковакцинированного населения с неконтролируемой передачей. [ 301 ]
США По состоянию на февраль 2021 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов считало, что все вакцины, одобренные FDA, остаются эффективными в защите от циркулирующих штаммов SARS-CoV-2. [ 300 ]
Уклонение от иммунитета по вариантам
Корректировка вакцинации
В июне 2022 года компании Pfizer и Moderna разработали бивалентные вакцины для защиты от дикого типа SARS-CoV-2 и варианта Omicron. Бивалентные вакцины хорошо переносятся и обеспечивают иммунитет к Омикрону, превосходящий предыдущие мРНК-вакцины. [ 309 ] США В сентябре 2022 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) разрешило использование бивалентных вакцин в США. [ 310 ] [ 311 ] [ 312 ]
В июне 2023 года FDA рекомендовало производителям обновить состав вакцин против COVID-19 для использования в США на 2023–2024 годы, сделав его моновалентной вакциной против COVID-19 с использованием линии XBB.1.5 варианта Омикрон. [ 313 ] [ 314 ] В июне 2024 года FDA рекомендовало производителям обновить состав вакцин против COVID-19 для использования в США на 2024–2025 годы, сделав его моновалентной вакциной против COVID-19 с использованием линии JN.1. [ 315 ]Данные и методы
Современное секвенирование ДНК , если оно доступно, может обеспечить быстрое обнаружение (иногда называемое «обнаружением в реальном времени») генетических вариантов, которые появляются у патогенов во время вспышек заболеваний. [ 316 ] С помощью программного обеспечения для визуализации филогенетического дерева записи последовательностей генома можно группировать в группы идентичных геномов, содержащих один и тот же набор мутаций. Каждая группа представляет собой «вариант», «кладу» или «линию», и сравнение последовательностей позволяет сделать вывод об эволюционном пути вируса. Для SARS-CoV-2 до марта 2021 года в результате молекулярно-эпидемиологических исследований по всему миру было создано более 330 000 вирусных геномных последовательностей. [ 317 ]
Обнаружение и оценка новых вариантов
26 января 2021 года британское правительство заявило, что поделится своими возможностями в области геномного секвенирования с другими странами, чтобы увеличить скорость геномного секвенирования и отслеживать новые варианты, и объявило о «Новой платформе оценки вариантов». [ 318 ] По состоянию на январь 2021 г. [update]Более половины всего геномного секвенирования COVID-19 было проведено в Великобритании. [ 319 ]
Было продемонстрировано, что надзор за сточными водами является одним из методов обнаружения вариантов SARS-CoV-2. [ 231 ] и отслеживать их рост для изучения соответствующей динамики продолжающейся инфекции. [ 320 ] [ 321 ] [ 322 ]
Тестирование
Можно ли надежно использовать одну или несколько мутаций, видимых в тестах RT-PCR, для идентификации варианта, зависит от распространенности других вариантов, циркулирующих в настоящее время в той же популяции. [ 323 ] [ 324 ]
Мутация | Альфа | Бета | Гамма | Дельта | Омикрон |
---|---|---|---|---|---|
Д69–70 [ и ] | |||||
ins214EPE [ ж ] | |||||
С371Л/С373П [ ж ] | |||||
N501Y | |||||
Е484К | |||||
Е484А [ ж ] | |||||
L452R | |||||
nsp6:Δ106–108 |
Теория инкубации множественных мутировавших вариантов
Исследователи предположили, что множественные мутации могут возникнуть в ходе персистирующей инфекции у пациентов с ослабленным иммунитетом , особенно когда у вируса развиваются ускользающие мутации под давлением отбора антител или лечения реконвалесцентной плазмой . [ 326 ] [ 327 ] при этом одни и те же делеции поверхностных антигенов неоднократно рецидивировали у разных пациентов. [ 328 ]
Межвидовая передача
Существует риск того, что COVID-19 может передаваться от людей к другим популяциям животных и может сочетаться с другими вирусами животных, создавая еще больше вариантов, опасных для человека. [ 329 ] Обратное распространение зооноза может стать резервуаром для мутирующих вариантов, которые передаются обратно к человеку – еще один возможный источник вызывающих беспокойство вариантов, помимо людей с ослабленным иммунитетом. [ 330 ]
Кластер 5
В начале ноября 2020 года кластер 5 , также называемый Датским государственным институтом сыворотки (SSI) пиком ΔFVI, [ 331 ] был обнаружен в Северной Ютландии , Дания. Считается, что он передался от норок человеку через норковые фермы . 4 ноября 2020 года было объявлено, что популяция норки в Дании будет уничтожена , чтобы предотвратить возможное распространение этой мутации и снизить риск возникновения новых мутаций. Карантин и ограничения на поездки были введены в семи муниципалитетах Северной Ютландии, чтобы предотвратить распространение мутации, которая может поставить под угрозу национальные или международные меры реагирования на пандемию COVID-19 . К 5 ноября 2020 года было выявлено около 214 случаев заболевания людей, связанных с норками. [ 332 ]
В ВОЗ заявили, что кластер 5 имеет «умеренно сниженную чувствительность к нейтрализующим антителам». [ 333 ] SSI предупредила, что мутация может снизить эффект разрабатываемых вакцин против COVID-19 , хотя вряд ли сделает их бесполезными. После изоляции и массового тестирования SSI объявила 19 ноября 2020 года, что кластер 5, по всей вероятности, вымер. [ 334 ] По состоянию на 1 февраля 2021 года авторы рецензируемой статьи , все из которых были представителями SSI, пришли к выводу, что кластер 5 не циркулирует в человеческой популяции. [ 335 ]
См. также
- SARS-CoV-2 вариант Омикрона
- GX P2V представляет собой мутантный штамм COVID-19, смертельный для мышей, гуманизированных hACE2.
- RaTG13 , второй наиболее близкий из известных родственников SARS-CoV-2.
- Предотвращение пандемий § Надзор и картографирование
- Разговорные названия вариантов COVID-19
- Вакцина против COVID-19 § Эффективность
Примечания
- ^ На основе различных трекеров. [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] и периодические отчеты. [ 22 ] [ 23 ] [ 24 ]
- ^ Перейти обратно: а б В другом источнике GISAID называет набор из 7 клад без клады O, но включая кладу GV. [ 59 ]
- ^ По данным ВОЗ, «линии или клады могут быть определены на основе вирусов, имеющих филогенетически определенного общего предка». [ 70 ]
- ^ По состоянию на январь 2021 г. [update], чтобы считаться кладой в системе Nextstrain, должен быть соблюден хотя бы один из следующих критериев (цитата из источника): [ 52 ]
- Клада достигает >20% глобальной частоты в течение 2 или более месяцев.
- Клада достигает >30% региональной частоты в течение 2 или более месяцев.
- Признан VOC («вариант, вызывающий озабоченность») (в настоящее время [6 января 2021 г.] применяется к 501Y.V1 и 501Y.V2).
- ^ Вызывает сбой цели гена S (SGTF) в TaqPath.
- ^ Перейти обратно: а б с Обнаруживается с помощью анализа TIB MolBiol с использованием метода кривой плавления.
Ссылки
- ^ Перейти обратно: а б с д Шаххоссейни Н., Бабуадзе Г.Г., Вонг Дж., Кобингер Г.П. (апрель 2021 г.). «Сигнатуры мутаций и стыковка in silico новых вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2» . Микроорганизмы . 9 (5): 926. doi : 10.3390/microorganisms9050926 . ПМЦ 8146828 . ПМИД 33925854 . S2CID 233460887 .
- ^ «Варианты и мутации коронавируса: объяснение науки» . Новости Би-би-си . 6 января 2021 года. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
- ^ Купфершмидт К. (15 января 2021 г.). «Новые варианты коронавируса могут вызвать больше повторных инфекций, поэтому потребуются обновленные вакцины» . Наука . дои : 10.1126/science.abg6028 . S2CID 234141081 . Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 28 июня 2024 г., Викиданные Q127328784 , заархивировано из оригинала 10 июля 2024 г.
- ^ «Происхождение коронавирусов» . NIH.gov . Национальные институты здравоохранения США. 16 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 21 января 2023 года . Проверено 3 февраля 2023 г.
На сегодняшний день происхождение SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19, не установлено.
- ^ Шаххоссейни Н., Вонг Дж., Кобингер Г.П., Чиникар С. (июнь 2021 г.). «Передача SARS-CoV-2 в результате рекомбинации» . Джин сообщает . 23 : 101045. doi : 10.1016/j.genrep.2021.101045 . ПМЦ 7884226 . ПМИД 33615041 .
- ^ «Взлет и падение гипотезы лабораторной утечки о происхождении SARS-CoV-2 | Научная медицина» . сайт sciencebasedmedicine.org . 1 августа 2022 г. Проверено 4 ноября 2022 г.
- ^ Тан Х, Ву С, Ли Х, Сун Ю (3 марта 2020 г.). «О происхождении и продолжающейся эволюции SARS-CoV-2» . Национальный научный обзор . 7 (6): 1012–1023. дои : 10.1093/nsr/nwaa036 . ПМЦ 7107875 . ПМИД 34676127 . (Ошибка: doi : 10.1093/nsr/nwaa036 , Часы втягивания )
- ^ Форстер П., Форстер Л., Ренфрю С., Форстер М. (8 апреля 2020 г.). «Филогенетический сетевой анализ геномов SARS-CoV-2» . Труды Национальной академии наук . 117 (17): 9241–9243. Бибкод : 2020PNAS..117.9241F . дои : 10.1073/pnas.2004999117 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 7196762 . ПМИД 32269081 .
- ^ Рамбо А., Холмс Э.К., О.Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (15 июля 2020 г.). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. дои : 10.1038/s41564-020-0770-5 . ПМЦ 7610519 . ПМИД 32669681 .
- ^ Трегонинг Дж.С., Флайт К.Е., Хайэм С.Л., Ван З., Пирс Б.Ф. (9 августа 2021 г.). «Прогресс в разработке вакцины против COVID-19: вирусы, вакцины и варианты в сравнении с эффективностью, действенностью и бегством» . Обзоры природы Иммунология . 21 (10): 626–636. дои : 10.1038/s41577-021-00592-1 . ПМЦ 8351583 . ПМИД 34373623 .
- ^ Пиплани С., Сингх П.К., Винклер Д.А., Петровский Н. (декабрь 2021 г.). «In silico сравнение сродства связывания спайкового белка SARS-CoV-2 с ACE2 у разных видов и последствий для происхождения вируса» . Научные отчеты . 11 (1): 13063. Бибкод : 2021NatSR..1113063P . дои : 10.1038/s41598-021-92388-5 . ПМЦ 8225877 . ПМИД 34168168 .
- ^ Галлахер Дж. (12 июня 2021 г.). «Covid: есть ли предел тому, насколько худшие варианты могут стать?» . Би-би-си . Архивировано из оригинала 15 июня 2021 года . Проверено 12 июня 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Тао К., Цзоу П.Л., Нухин Дж., Гупта Р.К., де Оливейра Т., Косаковский пруд С.Л. и др. (17 сентября 2021 г.). «Биологическое и клиническое значение новых вариантов SARS-CoV-2» . Обзоры природы Генетика . 22 (12): 757–773. дои : 10.1038/s41576-021-00408-x . ПМЦ 8447121 . ПМИД 34535792 .
- ^ Хенди М., Кауфман С., Понга М. (декабрь 2021 г.). «Молекулярные стратегии связывания антител и избавления от SARS-CoV-2 и его мутаций» . Научные отчеты . 11 (1): 21735. Бибкод : 2021NatSR..1121735H . дои : 10.1038/s41598-021-01081-0 . ПМЦ 8571385 . ПМИД 34741079 .
- ^ «Варианты SARS-CoV-2: система оценки риска» (PDF) . GOV.UK. Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии. 22 мая 2021 г. GOV-8426. Архивировано (PDF) из оригинала 27 мая 2021 года . Проверено 22 июня 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 22 июня 2021 г. Часто обновляется.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 11 февраля 2020 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г. Часто обновляется.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м «Варианты: распределение данных случаев» . Общественное здравоохранение Англии . Государственная цифровая служба . Архивировано из оригинала 7 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г. Часто обновляется. Данные за 19 мая 2021 года включены в обновление от 2 июля 2021 года.
- ^ Перейти обратно: а б с д и «Живые доказательства – варианты SARS-CoV-2» . Агентство клинических инноваций. nsw.gov.au. Министерство здравоохранения (Новый Южный Уэльс) . 23 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 22 марта 2021 г. Часто обновляется.
- ^ Перейти обратно: а б с «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство» . ECDC.eu. Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г. Часто обновляется.
- ^ «Отчеты о ситуации с коронавирусом (COVID-19)» . кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 26 января 2020 года . Проверено 14 июня 2021 г. Часто обновляется.
- ^ «Исследование вариантов SARS-CoV-2: технические брифинги» . GOV.UK. Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии . Проверено 18 ноября 2021 г. Часто обновляется.
- ^ «Исследование вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2: оценка риска вариантов» . GOV.UK. Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 19 июня 2021 г. Часто обновляется.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 – 20 июля 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 20 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 23 июля 2021 года . Проверено 24 июля 2021 г.
- ^ Планас Д., Вейер Д., Байдалюк А., Старополи И., Гивель-Бенхассин Ф., Раджа М.М. и др. (27 мая 2021 г.). «Снижение чувствительности инфекционного варианта SARS-CoV-2 B.1.617.2 к моноклональным антителам и сывороткам выздоравливающих и вакцинированных лиц». bioRxiv 10.1101/2021.05.26.445838 .
- ^ Перейти обратно: а б «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения. 26 ноября 2021 г. Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 – 22 июня 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 22 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 10 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 7 мая 2021 г. GOV-8226. Архивировано (PDF) из оригинала 8 мая 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 29 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 19 февраля 2021 г. Часто обновляется.
- ^ Перейти обратно: а б с д Кэмпбелл Ф., Арчер Б., Лоренсон-Шафер Х., Джиннай Ю., Конингс Ф., Батра Н. и др. (июнь 2021 г.). «Повышенная заразность и глобальное распространение вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 по состоянию на июнь 2021 года» . Евронаблюдение . 26 (24): 2100509. doi : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509 . ПМЦ 8212592 . ПМИД 34142653 .
- ^ Шейх А., Макменамин Дж., Тейлор Б., Робертсон С. (июнь 2021 г.). «SARS-CoV-2 Delta VOC в Шотландии: демография, риск госпитализации и эффективность вакцины» . Ланцет . 397 (10293): 2461–2462. дои : 10.1016/S0140-6736(21)01358-1 . ПМК 8201647 . ПМИД 34139198 .
- ^ Перейти обратно: а б «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, Технический брифинг 21» (PDF) . Общественное здравоохранение Англии . 20 августа 2021 г. с. 16 и 22. Архивировано (PDF) из оригинала 29 августа 2021 года . Проверено 29 августа 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б Оценка риска для варианта Дельта SARS-CoV-2 (PDF) (Оценка). Общественное здравоохранение Англии. 23 июля 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 25 июля 2021 г. . Проверено 24 июля 2021 г.
- ^ Ядав П.Д., Сапкал Г.Н., Абрахам П., Элла Р., Дешпанде Г., Патил Д.Ю. и др. (май 2021 г.). «Нейтрализация исследуемого варианта B.1.617 сыворотками вакцинированных BBV152». Клинические инфекционные болезни . 74 (ciab411). Издательство Оксфордского университета: 366–368. bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101 . дои : 10.1093/cid/ciab411 . ПМИД 33961693 .
- ^ Каллауэй Э (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса заставляет ученых насторожиться» . Природа . 600 (7887): 21. Бибкод : 2021Natur.600...21C . дои : 10.1038/d41586-021-03552-w . ПМИД 34824381 . S2CID 244660616 .
- ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 29 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 26 ноября 2021 г. GOV-10481. Архивировано (PDF) из оригинала 27 ноября 2021 года . Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Оценка риска для варианта SARS-CoV-2 Омикрон (PDF) (Оценка). Общественное здравоохранение Англии. 22 декабря 2021 г. GOV-10869 . Проверено 23 декабря 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б Найберг Т., Фергюсон Н.М., Нэш С.Г., Вебстер Х.Х., Флаксман С., Эндрюс Н. и др. (16 марта 2022 г.). «Сравнительный анализ рисков госпитализации и смерти, связанных с вариантами омикрон (B.1.1.529) и дельта (B.1.617.2) SARS-CoV-2 в Англии: когортное исследование» . Ланцет . 399 (10332): 1303–1312. дои : 10.1016/S0140-6736(22)00462-7 . ISSN 0140-6736 . ПМЦ 8926413 . ПМИД 35305296 .
- ^ Рамбо А., Ломан Н., Пибус О., Барклай В., Барретт Дж., Карабелли А. и др. (18 декабря 2020 г.). «Предварительная геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определяемой новым набором шиповых мутаций» . Вирусологический . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 14 июня 2021 г.
- ^ Исследование нового варианта SARS-COV-2, технический брифинг 1 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 21 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2021 г. . Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г «Новые варианты SARS-CoV-2» . CDC.gov (научный обзор). Центры по контролю и профилактике заболеваний. 28 января 2021 года. Архивировано из оригинала 15 мая 2021 года . Проверено 4 января 2021 г. В данной статье использован текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
- ^ Перейти обратно: а б Чанд и др. (2020) , с. 6. Потенциальное воздействие шипованного варианта N501Y.
- ^ Найберг Т., Тухиг К.А., Харрис Р.Дж., Симан С.Р., Фланнаган Дж., Аллен Х. и др. (июнь 2021 г.). «Риск госпитализации пациентов с SARS-CoV-2 варианта B.1.1.7: когортный анализ» . БМЖ . 373 : n1412. arXiv : 2104.05560 . дои : 10.1136/bmj.n1412 . ПМК 8204098 . ПМИД 34130987 . S2CID 235187479 .
- ^ «В Великобритании выявлены подтвержденные случаи вариантов COVID-19» . GOV.UK. Общественное здравоохранение Англии. 15 января 2021 года. Архивировано из оригинала 7 мая 2021 года . Проверено 5 марта 2021 г.
- ^ Хорби П., Барклай В., Гупта Р., Хантли С. (27 января 2021 г.). Документ НЕРВТАГ: примечание к варианту П.1 (Примечание). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Хорби П., Барклай В., Хантли С. (13 января 2021 г.). Документ NERVTAG: краткое описание вариантов SARS-CoV-2 (примечание). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Эта таблица представляет собой адаптацию и расширение Alm et al. , рисунок 1.
- ^ Перейти обратно: а б Рамбо А., Холмс Э.К., О'Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (ноябрь 2020 г.). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. дои : 10.1038/s41564-020-0770-5 . ПМЦ 7610519 . ПМИД 32669681 . S2CID 220544096 . Цитируется в Alm et al.
- ^ Перейти обратно: а б Алм Э., Броберг Э.К., Коннор Т., Ходкрофт Э.Б., Комиссаров А.Б., Маурер-Стро С. и др. (Лаборатории секвенирования Европейского региона ВОЗ и группа GISAID EpiCoV) (август 2020 г.). «Географическое и временное распределение клад SARS-CoV-2 в Европейском регионе ВОЗ, с января по июнь 2020 г.» . Евронаблюдение . 25 (32). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410 . ПМЦ 7427299 . ПМИД 32794443 .
- ^ «Nextclade» (Что такое клады?) . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 19 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д Бедфорд Т., Ходкрофт Б., Неер Р.А. (6 января 2021 г.). «Обновленная стратегия наименования клад Nextstrain SARS-CoV-2» . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 18 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Жукова А., Блассель Л., Лемуан Ф., Морель М., Возница Ж., Гаскуэль О. (ноябрь 2020 г.). «Происхождение, эволюция и глобальное распространение SARS-CoV-2» . Comptes Rendus Biologies . 344 :57–75. дои : 10.5802/crbiol.29 . ПМИД 33274614 .
- ^ «Геномная эпидемиология нового коронавируса – глобальная подвыборка (отфильтровано до B.1.617)» . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 13 июля 2021 года . Проверено 5 мая 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д Чжан В., Дэвис Б., Чен С.С., Мартинес Дж.С., Пламмер Дж.Т., Вейл Э. (2021). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии» . ДЖАМА . 325 (13): 1324–1326. дои : 10.1001/jama.2021.1612 . ISSN 0098-7484 . ПМЦ 7879386 . ПМИД 33571356 . Проверено 2 октября 2021 г.
- ^ Что такое клады? clades.nextstrain.org , по состоянию на 29 ноября 2021 г.
- ^ «Линии ПАНГО-Линия B.1.1.28» . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 24 февраля 2021 года . Проверено 4 февраля 2021 г. [ не удалось пройти проверку ]
- ^ «Вариант: 20J/501Y.V3» . сайт covariants.org . 1 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 23 марта 2021 года . Проверено 6 апреля 2021 г.
- ^ «кладовое дерево (из «Номенклатура клад и родословных»)» . ГИСАИД . 4 июля 2020 года. Архивировано из оригинала 9 января 2021 года . Проверено 7 января 2021 г.
- ^ «Не называйте это «британским вариантом». Используйте правильное имя: B.1.1.7" . СТАТ . 9 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года . Проверено 12 февраля 2021 г.
- ^ Фланаган Р. (2 февраля 2021 г.). «Почему ВОЗ не называет это «британским вариантом», и вам тоже не следует этого делать» . Новости КТВ . Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 12 февраля 2021 г.
- ^ Список источников, использующих имена, относящиеся к стране, в которой варианты были впервые идентифицированы, см., например, в Talk:South African Covid-вариант и Talk:UK Coronavirusvariant .
- ^ «Сегодня @ВОЗ объявляет о новых, простых в произнесении ярлыках для #SARSCoV2: варианты, вызывающие обеспокоенность (VOC) и интерес (VOI)» . Архивировано из оригинала 7 июля 2021 года . Проверено 7 июля 2021 г.
- ^ Брансвелл Х. (31 мая 2021 г.). «Игра в названия вариантов коронавируса стала немного проще» . Стат Новости . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 года . Проверено 28 июня 2021 г.
- ^ Всемирная организация здравоохранения (15 января 2021 г.). «Заявление о шестом заседании Комитета по чрезвычайной ситуации Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи с пандемией коронавирусной болезни (COVID-19)» . Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 года . Проверено 18 января 2021 г.
- ^ «Covid: ВОЗ переименовывает Великобританию и другие варианты греческими буквами» . Новости Би-би-си . 31 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 31 мая 2021 года . Проверено 7 июля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «ВОЗ пропустила две буквы греческого алфавита при названии варианта коронавируса» . Ассошиэйтед Пресс . 27 ноября 2021 г.
- ^ «Новые варианты COVID могут быть названы в честь созвездий, как только греческий алфавит будет израсходован» . Небесные новости. 8 августа 2021 г. Проверено 30 ноября 2021 г.
- ^ Кояма Т., Платт Д., Парида Л. (июль 2020 г.). «Вариантный анализ геномов SARS-CoV-2» . Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. дои : 10.2471/BLT.20.253591 . ПМЦ 7375210 . ПМИД 32742035 .
Всего мы обнаружили 65776 вариантов, из них 5775 различных.
- ^ Перейти обратно: а б с Штаб-квартира ВОЗ (8 января 2021 г.). «3.6 Соображения по наименованию и номенклатуре вирусов». Геномное секвенирование SARS-CoV-2 в целях общественного здравоохранения: временное руководство, 8 января 2021 г. Всемирная организация здравоохранения. п. 6. Архивировано из оригинала 23 января 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
- ^ «Глобальная филогения, обновленная Nextstrain» . ГИСАИД. 18 января 2021 года. Архивировано из оригинала 20 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
- ^ Хэдфилд Дж., Мегилл С., Белл С.М., Хаддлстон Дж., Поттер Б., Каллендер С. и др. (декабрь 2018 г.). Келсо Дж. (ред.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени» . Биоинформатика . 34 (23): 4121–4123. doi : 10.1093/биоинформатика/bty407 . ПМК 6247931 . ПМИД 29790939 .
- ^ «Nextstrain COVID-19» . Следующий штамм . Архивировано из оригинала 21 января 2021 года . Проверено 1 июня 2021 г.
- ^ «cov-lineages/pangolin: пакет программного обеспечения для отнесения последовательностей генома SARS-CoV-2 к глобальным линиям» . Гитхаб. Архивировано из оригинала 15 февраля 2021 года . Проверено 2 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Описания родословных» . cov-lineages.org . Команда Панго . Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года . Проверено 24 декабря 2020 г.
- ^ Рамбо А., Холмс Э.К., О'Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (март 2021 г.). «Приложение: Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии» . Природная микробиология . 6 (3): 415. дои : 10.1038/s41564-021-00872-5 . ПМЦ 7845574 . ПМИД 33514928 .
- ^ «Варианты: распределение данных случаев» . GOV.UK. 28 января 2021 г. На конференции «Различия между вызывающим беспокойство вариантом и исследуемым вариантом» . Проверено 19 февраля 2021 г.
Варианты SARS-CoV-2, если считается, что они обладают эпидемиологическими, иммунологическими или патогенными свойствами, подлежат официальному расследованию. На этом этапе им присваивается обозначение «Вариант на стадии расследования» (VUI) с указанием года, месяца и номера. После оценки риска соответствующим экспертным комитетом им может быть присвоен статус «Вариант, вызывающий беспокойство» (VOC).
- ^ Перейти обратно: а б Гриффитс Э., Таннер Дж., Нокс Н., Сяо В., Ван Домселар Дж. (15 января 2021 г.). Временные рекомендации CanCOGeN по наименованию, идентификации и сообщению о вызывающих беспокойство вариантах SARS-CoV-2 (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) (Отчет). 1.0. Архивировано (PDF) из оригинала 17 апреля 2021 года.
- ^ Исследование вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 в Англии. Технический брифинг 6, 13 февраля 2021 г. (см. раздел: Номенклатура вариантов в Великобритании, стр. 3) assets.publishing.service.gov.uk , по состоянию на 27 февраля 2021 г.
- ^ CDC (11 февраля 2020 г.). «Случаи, данные и наблюдение» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 16 марта 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Кумар С., Тао К., Уивер С., Сандерфорд М., Карабалло-Ортис М.А., Шарма С. и др. (май 2021 г.). «Эволюционный портрет прародителя SARS-CoV-2 и его доминирующих ответвлений в пандемии COVID-19» . Молекулярная биология и эволюция . 38 (8): 3046–3059. дои : 10.1093/molbev/msab118 . ПМЦ 8135569 . ПМИД 33942847 .
- ^ Ву Ф, Чжао С, Ю Б, Чен ЮМ, Ван В, Сун ЗГ и др. (март 2020 г.). «Новый коронавирус связан с респираторным заболеванием человека в Китае» . Природа . 579 (7798): 265–269. Бибкод : 2020Natur.579..265W . дои : 10.1038/s41586-020-2008-3 . ПМК 7094943 . ПМИД 32015508 .
- ^ Кьяра М., Хорнер Д.С., Гисси С., Песоле Дж. (май 2021 г.). «Сравнительная геномика показывает раннее появление и неравномерное пространственно-временное распространение SARS-CoV-2» . Молекулярная биология и эволюция . 38 (6): 2547–2565. дои : 10.1093/molbev/msab049 . ПМЦ 7928790 . ПМИД 33605421 .
- ^ Чжоу П. , Ян С.Л., Ван С.Г., Ху Б., Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей» . Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z . дои : 10.1038/s41586-020-2012-7 . ПМК 7095418 . ПМИД 32015507 .
- ^ Окада П., Буатхонг Р., Фуйгун С., Танадачакул Т., Парнмен С., Вонгбут В. и др. (февраль 2020 г.). COVID-19) среди путешественников из Ухани в Таиланд, январь «Ранние модели передачи коронавирусной болезни 2019 года ( Евронаблюдение . 25 (8). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097 . ПМК 7055038 . ПМИД 32127124 .
- ^ «Официальная эталонная последовательность hCoV-19» . www.gisaid.org . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Проверено 14 мая 2021 г.
- ^ «Предок уханьского штамма SARS-CoV-2 циркулировал в конце октября 2019 года» . Новости Медицинские . Архивировано из оригинала 24 июля 2021 года . Проверено 10 мая 2020 г.
Ссылка в журнале: Кумар, С. и др. (2021). Эволюционный портрет...
- ^ Участник IDSA «COVID «Мегавариант» и восемь критериев шаблона для оценки всех вариантов» . Наука говорит: Global ID News . 2 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 21 апреля 2021 года . Проверено 20 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ Каллауэй Э (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса заставляет ученых насторожиться» . Природа . 600 (7887): 21. Бибкод : 2021Natur.600...21C . дои : 10.1038/d41586-021-03552-w . ПМИД 34824381 . S2CID 244660616 .
- ^ Фернандо М.Дж. «Мировые эксперты проводят специальное совещание по тревожному новому варианту COVID-19 в Южной Африке: последние новости» . США сегодня .
- ^ «outbreak.info» . вспышка.информация . Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ Covid: новый сильно мутировавший вариант B.1.1.529 в Южной Африке вызывает обеспокоенность , 25 ноября 2021 г., BBC News, по состоянию на 25 ноября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 . www.who.int , по состоянию на 26 мая 2022 г. Часто обновляется.
- ^ Уайтсайд П. (30 ноября 2021 г.). «COVID-19: Как распространение Омикрона от нулевого пациента распространилось по всему миру» . Небесные новости . Проверено 3 января 2022 г.
- ^ @BNODesk (26 ноября 2021 г.). «Заявление министерства здравоохранения Израиля, сообщающее об 1 подтвержденном случае нового варианта коронавируса B.1.1.529» ( твит ) . Проверено 26 ноября 2021 г. - через Twitter .
- ^ 14:30 4 проверенных на новый вариант были обнаружены в Израиле, премьер-министр проведет пресс-конференцию с переводом: "...В стране подтверждено 4 проверенных на новый вариант..." , m.ynet.co , по состоянию на 26 ноября 2021 г.
- ^ «Бельгия выявила первый случай нового варианта COVID-19 в Европе» . Рейтер . 26 ноября 2021 г. Проверено 26 ноября 2021 г.
- ^ «ЕЖЕНЕДЕЛЬНЫЙ БЮЛЛЕТЕНЬ ИНСАКОГ» (PDF) . dbtindia.gov.in . 10 января 2022 г. Проверено 24 января 2022 г.
- ^ «Заявление о сублинии Омикрона ВА.2» . www.who.int . Проверено 4 апреля 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Шмидт К. «Что мы знаем о варианте BA.2 компании Omicron на данный момент» . Научный американец . Проверено 4 апреля 2022 г.
- ^ «Инфекция Covid снова растет по всей Великобритании – ONS» . Новости Би-би-си . 11 марта 2022 г.
- ^ Джессика Рендалл (29 марта 2022 г.). «BA.2 теперь является доминирующим вариантом COVID в США, как показывают данные CDC» .
- ^ ECDC (12 мая 2022 г.). «Изменения в списке вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2, вариантов, представляющих интерес, и вариантов, находящихся под наблюдением» (PDF) .
- ^ Перейти обратно: а б Питер Рассел (6 января 2023 г.). «Омикрон XBB.1.5: что мы знаем на данный момент?» . Проверено 8 января 2023 г.
- ^ «Обновление распространенности последовательности генома SARS-CoV-2 и темпов роста: 8 ноября 2023 г.» . GOV.UK. 6 декабря 2023 г. Проверено 21 декабря 2023 г.
- ^ Джонсон А. «Что мы знаем о варианте Covid «Эрис» EG.5: доминирующий штамм, вызывающий рост заболеваемости» . Форбс . Проверено 11 августа 2023 г.
- ^ «cov-lineages.org» . Проверено 11 августа 2023 г.
- ^ Мундасад С. (10 августа 2023 г.). «Что мы знаем о варианте Covid EG.5, получившем название «Эрис» » . Новости Би-би-си . Би-би-си . Проверено 10 августа 2023 г.
- ^ «Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 (выпуск 156, опубликовано 17 августа 2023 г.)» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 17 августа 2023 г. Проверено 30 августа 2023 г.
- ^ «Covid: все, что мы знаем о новом потомке Омикрона на фоне роста зимнего гриппа» . Независимый . 8 декабря 2023 г. Проверено 16 декабря 2023 г.
- ^ Бартель А., Грау Дж. Х., Битцегейо Дж., Вербер Д., Линцнер Н., Шумахер В. и др. (10 января 2024 г.). «Своевременный мониторинг фрагментов РНК SARS-CoV-2 в сточных водах показывает появление JN.1 (BA.2.86.1.1, клада 23I) в Берлине, Германия» . Вирусы . 16 (1): 102. дои : 10.3390/v16010102 . ISSN 1999-4915 . ПМЦ 10818819 . ПМИД 38257802 .
- ^ «Первоначальная оценка рисков JN.1, 19 декабря 2023 г.» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 19 декабря 2023 г. Проверено 11 января 2024 г.
- ^ «Возвращение маски? Сингапур и Индонезия возвращают ограничения на фоне резкого роста случаев Covid» . мята . 14 декабря 2023 г. Проверено 16 декабря 2023 г.
- ^ «Активность COVID-19 возрастает, поскольку распространенность варианта JN.1 продолжает расти» . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 5 января 2024 г. Проверено 11 января 2024 г.
- ^ Обновленная оценка риска JN.1, 9 января 2023 г. [неверно указана дата] (PDF) , Всемирная организация здравоохранения , 9 февраля 2024 г., Викиданные Q124477897 , заархивировано (PDF) из оригинала 10 февраля 2024 г.
- ^ Левентис Лургос А (9 мая 2024 г.). «Новые варианты COVID 'FLiRT' распространяются по всей стране. Эксперты здравоохранения Чикаго призывают к своевременной вакцинации» . Yahoo Новости . Проверено 14 мая 2024 г. - через Chicago Tribune .
- ^ Ки С. (20 мая 2024 г.). «Новые варианты COVID, распространяющиеся в США, называются FLiRT. Но почему?" . СЕГОДНЯ.com . Проверено 29 мая 2024 г.
- ^ Натан Бартлетт (9 июля 2024 г.). «От FLiRT до FluQE: что нужно знать о последних растущих вариантах COVID» . Разговор . Викиданные Q127329080 . Архивировано из оригинала 10 июля 2024 года.
- ^ Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 29 мая 2022 г., Викиданные Q127329189 , заархивировано из оригинала 29 мая 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 11 февраля 2023 г., Викиданные Q127329489 , заархивировано из оригинала 11 февраля 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Заявление об обновлении рабочих определений ВОЗ и системы отслеживания вызывающих озабоченность и представляющих интерес вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 29 декабря 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Обновленные рабочие определения и основные действия для вариантов SARSCoV2» . www.who.int . Проверено 29 декабря 2023 г.
- ^ Перейти обратно: а б Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 , Всемирная организация здравоохранения , 20 декабря 2023 г., Викиданные Q127328911 , заархивировано из оригинала 20 декабря 2023 г.
- ^ «Covid: Ирландия, Италия, Бельгия и Нидерланды запрещают полеты из Великобритании» . Новости Би-би-си . 20 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
- ^ Чанд М., Хопкинс С., Дабрера Г., Ачисон С., Барклай В., Фергюсон Н. и др. (21 декабря 2020 г.). Исследование нового варианта SARS-COV-2: вызывающий беспокойство вариант 202012/01 (PDF) (отчет). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано (PDF) оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
- ^ «PHE исследует новый штамм COVID-19» . Общественное здравоохранение Англии (PHE). 14 декабря 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Еженедельный эпидемиологический обзор по COVID-19 за 8 июня 2021 г. (Ситуационный отчет). Всемирная организация здравоохранения. 8 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 15 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
- ^ Рамбо А., Ломан Н., Пибус О., Барклай В., Барретт Дж., Карабелли А. и др. (2020). Предварительная геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определяемой новым набором шиповых мутаций (Отчет). Написано от имени Консорциума геномики COVID-19 Великобритании. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
- ^ Купфершмидт К. (20 декабря 2020 г.). «Мутантный коронавирус в Соединенном Королевстве вызывает тревогу, но его важность остается неясной» . Научный журнал . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 21 декабря 2020 г. .
- ^ Перейти обратно: а б Кольер Д.А., Де Марко А., Феррейра И.А., Мэн Б., Датир Р.П., Уоллс А.С. и др. (май 2021 г.). «Чувствительность SARS-CoV-2 B.1.1.7 к мРНК антител, индуцированных вакциной» . Природа (Опубликовано). 593 (7857): 136–141. дои : 10.1038/s41586-021-03412-7 . ПМЦ 7899479 . ПМИД 33706364 .
Поэтому мы создали псевдовирусы, несущие шиповые мутации B.1.1.7 с дополнительной заменой E484K или без нее, и протестировали их против сывороток, полученных после первой и второй дозы мРНК-вакцины BNT162b2, а также против сывороток выздоравливающих. После второй дозы вакцины мы наблюдали значительную потерю нейтрализующей активности псевдовируса со спайковыми мутациями B.1.1.7 и E484K (рис. 3г, д). Среднее кратное изменение для варианта B.1.1.7 с шипами, содержащего E484K, составило 6,7 по сравнению с 1,9 для варианта B.1.1.7 по сравнению с белком с шипами дикого типа (рис. 3a–c и расширенные данные, рис. 5). ). Аналогичным образом, когда мы протестировали панель сывороток выздоравливающих с диапазоном титров нейтрализации (рис. 1f, g и расширенные данные, рис. 5), мы наблюдали дополнительную потерю активности против мутантного спайка B.1.1.7 с E484K, с кратностью изменение на 11,4 по сравнению с шиповидным белком дикого типа (рис. 3f, g и расширенные данные, рис. 5).
- ^ Перейти обратно: а б «Новые данные о ВУИ-202012/01 и обзор оценки риска для здоровья населения» . Центр знаний . 15 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 25 декабря 2020 г.
- ^ «Витрина COG-UK» . 18 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 14 июня 2021 года . Проверено 25 декабря 2020 г. - через YouTube.
- ^ Дэвис Н.Г., Эбботт С., Барнард Р.К., Джарвис С.И., Кучарски А.Дж., Мандей Дж.Д. и др. (апрель 2021 г.). «Оценочная трансмиссивность и влияние SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии» . Наука . 372 (6538): eabg3055. дои : 10.1126/science.abg3055 . ПМЦ 8128288 . ПМИД 33658326 .
- ^ Волц Э., Мишра С., Чанд М., Барретт Дж.К., Джонсон Р., Гейдельберг Л. и др. (май 2021 г.). «Оценка трансмиссивности SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии» . Природа . 593 (7858): 266–269. Бибкод : 2021Природа.593..266В . дои : 10.1038/s41586-021-03470-x . hdl : 10044/1/87474 . ПМИД 33767447 .
- ^ Хорби П., Хантли С., Дэвис Н., Эдмундс Дж., Фергюсон Н., Медли Г. и др. (11 февраля 2021 г.). «Документ NERVTAG о вызывающем обеспокоенность варианте COVID-19 B.1.1.7: Обновленная примечание NERVTAG о серьезности B.1.1.7 (11 февраля 2021 г.)» (PDF) . GOV.UK. Архивировано (PDF) из оригинала 13 апреля 2021 года . Проверено 26 февраля 2021 г.
- ^ Галлахер Дж. (22 января 2021 г.). «Коронавирус: британский вариант «может быть более смертоносным» » . Новости Би-би-си . Архивировано из оригинала 23 мая 2021 года . Проверено 22 января 2021 г.
- ^ Фрэмптон Д., Рэмплинг Т., Кросс А., Бейли Х., Хини Дж., Байотт М. и др. (апрель 2021 г.). «Геномные характеристики и клинический эффект новой линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: полногеномное секвенирование и когортное исследование на базе больницы» . «Ланцет». Инфекционные болезни . 21 (9): 1246–1256. дои : 10.1016/S1473-3099(21)00170-5 . ПМК 8041359 . ПМИД 33857406 .
- ^ «Линия ПАНГО Lineage B.1.1.7» . cov-lineages.org . 15 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 16 марта 2022 г.)» . www.who.int . 16 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 17 марта 2022 года . Проверено 17 марта 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 7 марта 2022 г.)» . www.who.int . 7 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 15 марта 2022 года . Проверено 21 мая 2022 г.
- ^ Мандавилли А (5 марта 2021 г.). «В Орегоне ученые обнаружили вариант вируса с тревожной мутацией. В единственном образце генетики обнаружили версию коронавируса, впервые выявленную в Великобритании, с мутацией, первоначально зарегистрированной в Южной Африке» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 6 марта 2021 года . Проверено 6 марта 2021 г.
- ^ Чен Р.Э., Чжан Х., Кейс Дж.Б., Винклер Э.С., Лю Ю., ВанБларган Л.А. и др. (апрель 2021 г.). «Устойчивость вариантов SARS-CoV-2 к нейтрализации моноклональными и поликлональными антителами, полученными из сыворотки» . Природная медицина . 27 (4): 717–726. дои : 10.1038/s41591-021-01294-w . ПМЦ 8058618 . PMID 33664494 .
- ^ «B.1.1.7 Происхождение с отчетом S:E484K» . вспышка.информация . 5 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 7 марта 2021 года . Проверено 7 марта 2021 г.
- ^ Мустафа А.М., Бьянко С., Дену Л., Ахмед А., Нейде Б., Эверетт Дж. и др. (21 апреля 2021 г.). «Сравнительный анализ новых изолятов B.1.1.7+E484K SARS-CoV-2 из Пенсильвании». bioRxiv 10.1101/2021.04.21.440801 .
- ^ «B.1.1.7 Происхождение с отчетом S:E484K» . вспышка.информация . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Проверено 28 мая 2021 г.
- ^ Риск, связанный с распространением новых вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 в ЕС/ЕЭЗ – первое обновление (оценка риска). Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 2 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 марта 2021 года . Проверено 22 марта 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Южная Африка объявляет о новом варианте коронавируса» . Нью-Йорк Таймс . 18 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
- ^ Перейти обратно: а б Роутон Л., Беарак М. (18 декабря 2020 г.). «Коронавирус в Южной Африке: вторая волна, вызванная новым штаммом, подростковыми «фестивалями ярости» » . Вашингтон Пост . Архивировано из оригинала 27 декабря 2020 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
- ^ Мхизе З. (18 декабря 2020 г.). «Обновленная информация о Covid-19 (18 декабря 2020 г.)» (пресс-релиз). ЮАР. Южноафриканский онлайн-портал о COVID-19. Архивировано из оригинала 4 мая 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
Наши врачи также предупредили нас, что ситуация изменилась и что молодые, ранее здоровые люди теперь серьезно заболевают.
- ^ Абдул Карим СС (19 декабря 2020 г.). «Вторая волна Covid-19 в Южной Африке: трансмиссивность и вариант 501.V2, 11-й слайд» . www.scribd.com. Архивировано из оригинала 6 января 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
- ^ Лоу Д. (22 декабря 2020 г.). «Новые мутации» . В Трубопроводе . Американская ассоциация содействия развитию науки . Архивировано из оригинала 29 января 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
Здесь я должен отметить, что в Южной Африке существует еще один штамм, вызывающий аналогичные опасения. У этого человека есть восемь мутаций в белке Spike, три из которых (K417N, E484K и N501Y) могут иметь некоторую функциональную роль.
- ^ «Заявление Рабочей группы ВОЗ по моделям животных COVID-19 (WHO-COM) о новых вариантах SARS-CoV-2 в Великобритании и Южной Африке» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 22 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 мая 2021 г. . Проверено 23 декабря 2020 г.
- ^ «Новая комбинация мутаций в сайте связывания спайковых рецепторов» (пресс-релиз). ГИСАИД . 21 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
- ^ «Япония обнаружила новый вариант коронавируса у путешественников из Бразилии» . Япония сегодня . Япония. 11 января 2021 года. Архивировано из оригинала 11 января 2021 года . Проверено 14 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж Фариа Н.Р., Кларо И.М., Кандидо Д., Мойзес Франко Л.А., Андраде П.С., Колетти Т.М. и др. (12 января 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Манаусе: предварительные результаты» . Геномная сеть CADDE. вирусологический сайт . Архивировано из оригинала 20 мая 2021 года . Проверено 23 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «П.1» . cov-lineages.org . Команда Панго . 1 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 7 марта 2021 г.
- ^ «Отчет COG-UK о мутациях SARS-CoV-2 Spike, представляющих интерес в Великобритании» (PDF) . www.cogconsortium.uk . Британский консорциум по геномике Covid-19. 15 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 16 апреля 2021 г. . Проверено 25 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Волох CM, да Силва Франсиско Р., де Алмейда Л.Г., Кардозу СС, Брустолини О.Дж., Гербер А.Л. и др. (март 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия» . Журнал вирусологии . 95 (10). дои : 10.1128/jvi.00119-21 . ПМЦ 8139668 . ПМИД 33649194 .
- ^ Насименто V, Соуза V (25 февраля 2021 г.). «Эпидемия COVID-19 в бразильском штате Амазонас была вызвана длительным существованием эндемичных линий SARS-CoV-2 и недавним появлением нового вызывающего обеспокоенность варианта P.1» . Исследовательская площадь . дои : 10.21203/rs.3.rs-275494/v1 . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года . Проверено 2 марта 2021 г.
- ^ Фариа Н.Р., Меллан Т.А., Уиттакер С., Кларо И.М., Кандидо Д.Д., Мишра С. и др. (май 2021 г.). «Геномика и эпидемиология линии P.1 SARS-CoV-2 в Манаусе, Бразилия» . Наука . 372 (6544): 815–821. Бибкод : 2021Sci...372..815F . дои : 10.1126/science.abh2644 . ISSN 0036-8075 . ПМЦ 8139423 . ПМИД 33853970 .
В этой вероятной области пространства параметров P.1 может быть в 1,7–2,4 раза более передающимся (50% BCI, 2,0 медиана, с 99% апостериорной вероятностью >1), чем местные линии, не относящиеся к P1, и может уклоняться от 21 до 2,0. 46% (50% BCI, 32% медиана, с апостериорной вероятностью 95% возможности уклониться как минимум от 10%) защитного иммунитета, вызванного предыдущим инфицированием линиями, отличными от P.1, что соответствует от 54 до 79% (50% BCI, медиана 68%) перекрестного иммунитета... По нашим оценкам, вероятность заражения в 1,2–1,9 раза выше (50% ИМК, медиана 1,5, 90% апостериорная вероятность >1), что приведет к смертности в период после появления P.1 по сравнению с предыдущим, хотя апостериорные оценки этого относительный риск также коррелирует с предполагаемым перекрестным иммунитетом. В более широком смысле, недавняя эпидемия в Манаусе создала нагрузку на городскую систему здравоохранения, что привело к недостаточному доступу к медицинской помощи. Поэтому мы не можем определить, связано ли предполагаемое увеличение относительного риска смертности с инфекцией P.1, стрессом в системе здравоохранения Манауса или с тем и другим. Необходимы детальные клинические исследования инфекций P.1.
- ^ Андреони М., Лондоньо Э., Касадо Л. (3 марта 2021 г.). «Кризис Covid в Бразилии является предупреждением для всего мира, говорят ученые: в Бразилии наблюдается рекордное количество смертей и распространение более заразного варианта коронавируса, который может вызвать повторное заражение» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
- ^ Циммер С (1 марта 2021 г.). «Вариант вируса в Бразилии заразил многих, кто уже выздоровел от Covid-19. Первые подробные исследования так называемого варианта P.1 показывают, как он опустошил бразильский город. Теперь ученые хотят знать, что он будет делать в других местах» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
- ^ София Моутинью (4 мая 2021 г.). «Китайская вакцина против COVID-19 обеспечивает защиту в пораженной вирусом инфекции Бразилии» . Наука . дои : 10.1126/science.abi9414 . S2CID 234804602 . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
- ^ Гайер Р. (5 марта 2021 г.). «Эксклюзив: Оксфордское исследование показывает, что AstraZeneca эффективна против бразильского варианта, - сообщает источник» . Рейтер . Рио-де-Жанейро. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 года . Проверено 9 марта 2021 г.
- ^ «Эксклюзив: Оксфордское исследование показывает, что AstraZeneca эффективна против бразильского варианта, - сообщает источник» . Рейтер . Рио-де-Жанейро. 8 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 г. Проверено 9 марта 2021 г.
- ^ Симойнс Э., Гайер Р. (8 марта 2021 г.). « CoronaVac и Oxford эффективны против варианта Манауса, говорят лаборатории». UOL Notícias (на португальском языке). Рейтер Бразилия. Архивировано из оригинала 8 марта 2021 года . Проверено 9 марта 2021 г.
- ^ «Глобально доминирующий штамм Covid Delta теперь распространился в 185 странах: ВОЗ» . 22 сентября 2021 г.
- ^ «Линии ПАНГО» . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 3 июня 2021 года . Проверено 18 апреля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д Коши Дж. (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617» . Индус . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Проверено 10 апреля 2021 г.
- ^ «Вторая волна, вызванная вариантами вируса в Индии, совпала с резким увеличением числа зараженных самолетов, приземлившихся в Канаде» . Торонто Сан . 10 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 2 июня 2021 года . Проверено 10 апреля 2021 г.
- ^ «Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19» . Всемирная организация здравоохранения . 11 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 11 мая 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г.
- ^ «Штамм COVID, впервые обнаруженный в Индии, обнаружен на 53 территориях: ВОЗ» . www.aljazeera.com . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 27 мая 2021 г.
- ^ Мишра С., Миндерманн С., Шарма М., Уиттакер С., Меллан Т.А., Уилтон Т. и др. (1 сентября 2021 г.). «Изменение состава линий SARS-CoV-2 и появление варианта Дельта в Англии» . Электронная клиническая медицина . / j.eclinm.2021.101064 дои : 10.1016 . ISSN 2589-5370 . ПМЦ 8349999 . ПМИД 34401689 .
- ^ «Британские учёные предупреждают об индийском варианте коронавируса» . Рейтер . 7 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 22 мая 2021 г. Проверено 7 мая 2021 г.
- ^ "реакция эксперта на то, что ВУИ-21АПР-02/Б.1.617.2 классифицируется PHE как вызывающий беспокойство вариант" . Научный медиацентр . 7 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 13 июля 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
- ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 14 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 3 июня 2021 г. GOV-8530. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
- ^ Пирсон Х., Пуллен Л., Дао С. (11 июня 2021 г.). «AHS раскрывает данные о вакцинации при вспышке варианта COVID-19 Delta в больнице Калгари» . Глобальные новости . Архивировано из оригинала 12 июня 2021 года . Проверено 12 июня 2021 г.
- ^ Шраер Р. (4 июня 2021 г.). « Непальский вариант»: какая мутация мешает поездкам в Португалию из зеленого списка?» . Новости Би-би-си . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г.
- ^ Ачарья Б., Джамкхандикар С. (23 июня 2021 г.). «Объяснитель: что такое дельта-вариант коронавируса с мутацией K417N?» . Рейтер . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
- ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 17 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 25 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) оригинала 25 июня 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
- ^ Шарма М. (14 июня 2021 г.). «Идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2 «Дельта Плюс»; вот что нам известно на данный момент» . Индия сегодня . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 года . Проверено 16 июня 2021 г.
- ^ Катлер С. (18 июня 2021 г.). « Непальский вариант: что мы узнали на данный момент» . Разговор . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г.
- ^ Тан Дж.В., Оливер Т. (2021). «Внедрение южноафриканского варианта SARS-CoV-2 501Y.V2 в Великобританию» . Журнал инфекции . 82 (4): e8–e10. дои : 10.1016/j.jinf.2021.01.007 . ПМЦ 7813514 . ПМИД 33472093 .
- ^ «Индия заявляет, что новый вариант COVID вызывает беспокойство» . Рейтер . Бангалор. 22 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
- ^ Бисвас С. (23 июня 2021 г.). «Дельта плюс: ученые говорят, что слишком рано говорить о риске варианта Covid-19» . Новости Би-би-си . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
- ^ Робертс М. (19 октября 2021 г.). «Covid-19: новая мутация варианта Дельта находится под пристальным наблюдением в Великобритании» . www.bbc.co.uk. Проверено 19 октября 2021 г.
- ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . 7 июня 2022 года. Архивировано из оригинала 22 июня 2022 года . Проверено 23 июня 2022 г.
- ^ «Штамм COVID-19 из Южной Калифорнии быстро расширяет глобальный охват» . Cedars-Sinai Отдел новостей . Лос-Анджелес . 11 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
- ^ Латиф А.А., Маллен Дж.Л., Алкузвени М., Цуенг Г., Кано М., Хааг Э. и др. (Центр биологии вирусных систем). «Отчет о происхождении B.1.429» . вспышка.информация . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Проверено 28 мая 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Новый калифорнийский вариант может вызвать там всплеск вируса, как предполагает исследование» . Нью-Йорк Таймс . 19 января 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 20 января 2021 г.
- ^ Азад А (17 марта 2021 г.). «Штаммы коронавируса, впервые обнаруженные в Калифорнии, официально являются «вариантами, вызывающими беспокойство», — заявили в CDC» . CNN . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
- ^ Шен X, Тан Х, Паджон Р, Смит Дж, Гленн ГМ, Ши В и др. (июнь 2021 г.). «Нейтрализация SARS-CoV-2 вариантов B.1.429 и B.1.351» . Медицинский журнал Новой Англии . 384 (24): 2352–2354. дои : 10.1056/NEJMc2103740 . ПМЦ 8063884 . ПМИД 33826819 .
- ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2: обновлено 23 июня 2021 г.» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 23 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года.
- ^ Перейти обратно: а б с Циммер С, Мандавилли А (14 мая 2021 г.). «Как Соединённые Штаты на данный момент победили варианты» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 16 мая 2021 года . Проверено 17 мая 2021 г.
- ^ Вадман М. (23 февраля 2021 г.). «Штамм калифорнийского коронавируса может быть более заразным и смертельным» . науки Новости . дои : 10.1126/science.abh2101 . Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
- ^ Хо С (28 февраля 2021 г.). «Работают ли тесты на коронавирус на вариантах?» . Хроники Сан-Франциско . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Проверено 24 июня 2021 г.
- ^ «Местный штамм COVID-19 обнаружен более чем у трети пациентов Лос-Анджелеса» . новости мудрые (пресс-релиз). Калифорния: Медицинский центр Сидарс-Синай. 19 января 2021 года. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Б.1.429» . Группа Рамбо, Эдинбургский университет . Родословная ПАНГО. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Отчет о происхождении B.1.429» . Исследование Скриппса . Вспышка.info. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ^ «Вариант COVID-19, впервые обнаруженный в других странах и штатах, теперь чаще встречается в Калифорнии» . Департамент общественного здравоохранения Калифорнии . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 30 января 2021 г.
- ^ Вайзе Э., Вайнтрауб К. «Новые штаммы COVID, быстро распространяющиеся по США, требуют тщательного наблюдения, говорят ученые» . США сегодня . Архивировано из оригинала 4 марта 2021 года . Проверено 30 января 2021 г.
- ^ «Дельта-ПЦР-тест» [Дельта-ПЦР-тест] (на датском языке). Статенский институт сывороток. 25 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 года . Проверено 27 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Варианты GISAID hCOV19 (см. пункт меню «G/484K.V3 (B.1.525)»)» . ГИСАИД . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 4 марта 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Статус рассмотрения вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании» [Статус разработки вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании] (на датском языке). Статенский институт сывороток. 27 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 27 августа 2021 года . Проверено 27 февраля 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Отчет о международном происхождении B.1.525» . cov-lineages.org . Команда Панго . 19 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ^ Робертс М. (16 февраля 2021 г.). «Еще один новый вариант коронавируса замечен в Великобритании» . Новости Би-би-си . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
- ^ «Министерство здравоохранения подтверждает обнаружение двух мутаций SARS-CoV-2 в регионе 7» . Новости АБС-ЦБН . 18 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 мая 2021 года . Проверено 13 марта 2021 г.
- ^ Сантос Э (13 марта 2021 г.). «Министерство здравоохранения сообщает о «уникальном» варианте COVID-19 для PH, это первый случай бразильского варианта» . CNN Филиппины . Архивировано из оригинала 16 марта 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
- ^ «Министерство здравоохранения подтверждает новый вариант COVID-19, впервые обнаруженный при ЛГ, первый случай бразильского варианта» . Новости АБС-ЦБН . 13 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 2 мая 2021 г. Проверено 13 марта 2021 г.
- ^ "РН обнаружила новый вариант COVID-19 раньше, чем Япония, - уточняет эксперт" . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 17 марта 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
- ^ «Япония обнаружила новый вариант коронавируса у путешественника, прибывшего из PH» . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 16 марта 2021 года . Проверено 21 марта 2021 г.
- ^ «Великобритания сообщает о двух случаях варианта COVID-19, впервые обнаруженного на Филиппинах» . АБС-КБН . 17 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 18 марта 2021 года . Проверено 21 марта 2021 г.
- ^ «Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, зарегистрированный на Филиппинах» . 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 30 апреля 2021 г.
- ^ Мандавилли А (24 февраля 2021 г.). «Новый вариант коронавируса распространяется в Нью-Йорке, сообщают исследователи» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 26 апреля 2021 года . Проверено 22 апреля 2021 г.
- ^ Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 – 27 апреля 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 27 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 14 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
- ^ Ле Пейдж М (4 июня 2021 г.). «Индийский вариант Covid-19 (B.1.617)» . Новый учёный . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ Нуки П., Ньюи С. (16 апреля 2021 г.). «Прибытие в Индию «двойной мутации» усугубляет различные проблемы, но угроза остается неясной» . Телеграф . ISSN 0307-1235 . Архивировано из оригинала 21 июня 2021 года . Проверено 17 апреля 2021 г.
- ^ «Коронавирус Covid 19: в Австралии обнаружен ультраконтагиозный вариант лямбда» . Вестник Новой Зеландии . 6 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
- ^ «COVID-19: вариант Лямбда может быть более устойчивым к вакцинам, чем другие штаммы» . Вион . 6 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
- ^ «Лямбда-вариант: какой новый штамм Covid обнаружен в Великобритании?» . Независимый . 6 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
- ^ «Что такое Му-вариант COVID-19?» . www.abc.net.au. 1 сентября 2021 года. Архивировано из оригинала 1 сентября 2021 года . Проверено 1 сентября 2021 г.
- ^ О'Нил Л. (3 сентября 2021 г.). «Му: все, что вам нужно знать о новом интересующем варианте коронавируса» . Разговор . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Обнаружение варианта шиповидного белка P681H SARS-CoV-2 в Нигерии» . Вирусологический . 23 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 года . Проверено 1 января 2021 г.
- ^ «Линия Б.1.1.207» . cov-lineages.org . Команда Панго . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Проверено 11 марта 2021 г.
- ^ «Путешественникам из Квинсленда продлили карантин в отеле после обнаружения российского варианта коронавируса» . www.abc.net.au. 3 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
- ^ Коши Дж. (21 апреля 2021 г.). «Новый вариант коронавируса обнаружен в Западной Бенгалии» . www.thehindu.com . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
- ^ «Что представляет собой новый «тройной мутантный вариант» вируса Covid-19, обнаруженный в Бенгалии? Насколько он плох?» . www.indiatoday.in . 22 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
- ^ «Линии ПАНГО Lineage B.1.618» . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
- ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах Нью-Йорка» . Университет Миссури . Проверено 10 марта 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Смит Д.С., Трухильо М., Грегори Д.А., Чунг К., Гао А., Грэм М. и др. (3 февраля 2022 г.). «Отслеживание загадочных линий SARS-CoV-2, обнаруженных в сточных водах Нью-Йорка» . Природные коммуникации . 13 (1): 635. Бибкод : 2022NatCo..13..635S . дои : 10.1038/s41467-022-28246-3 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 8813986 . ПМИД 35115523 .
- ^ Браун Э (4 января 2022 г.). «Что мы знаем о варианте COVID B.1.640.2 IHU с 46 мутациями» . Newsweek . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
- ^ Фрейнд А (7 января 2022 г.). «Коронавирус: эксперты в области здравоохранения не встревожены вариантом, выявленным во Франции» . Немецкая волна . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Проверено 8 января 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Фрейнд А (4 января 2022 г.). «Новый вариант коронавируса выявлен во Франции» . Немецкая волна . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Бенгальский S (5 января 2022 г.). «Вариант, обнаруженный во Франции, не вызывает беспокойства, — говорят в ВОЗ» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Архивировано из оригинала 6 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
- ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . Архивировано из оригинала 25 ноября 2021 года . Проверено 5 января 2022 г.
- ^ Кобб Э (6 января 2022 г.). « Вариант коронавируса IHU «на нашем радаре», но не является угрозой, заявляет Всемирная организация здравоохранения» . Новости CBS . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Проверено 8 января 2022 г.
- ^ Чатурведи А (4 января 2022 г.). «Новый вариант Covid-19 IHU, обнаруженный во Франции, имеет больше мутаций, чем Omicron» . Индостан Таймс . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
- ^ «COVID-19: новый вариант B.1.640.2 обнаружен во Франции – исследование» . «Джерузалем Пост» . Архивировано из оригинала 4 января 2022 года . Проверено 4 января 2022 г.
- ^ «Что такое вариант Covid Дельтакрон и где он был обнаружен?» . Хранитель . 11 марта 2022 г. Проверено 18 апреля 2022 г.
- ^ Лапид Н. (9 марта 2022 г.). «Идентифицирован вариант, сочетающий в себе Дельту и Омикрон; собаки чуют вирус с высокой точностью» . Рейтер . Проверено 18 апреля 2022 г.
- ^ «COVID-19, Украина и другие глобальные чрезвычайные ситуации в области здравоохранения, стенограмма виртуальной пресс-конференции — 16 марта 2022 г.» . www.who.int . Проверено 24 апреля 2022 г.
- ^ Снайдер М. «Возможно, существует новый вариант COVID, Дельтакрон. Вот что мы о нем знаем» . США СЕГОДНЯ . Проверено 24 апреля 2022 г.
- ^ Перейти обратно: а б Колсон П., Фурнье П.Е., Делерс Дж., Миллион М., Бедотто М., Хухамди Л. и др. (16 марта 2022 г.). «Культивирование и идентификация SARS-CoV-2 «Дельтамикрон» в кластере из трех случаев на юге Франции». стр. 3739–3749. medRxiv 10.1101/2022.03.03.22271812v2 .
- ^ «Дельта (AY.4) и BA.1 рекомбинантные во Франции/Дании [~30 сек, изолированы/пассированы в Веро] · Проблема № 444 · cov-lineages/pango-обозначение» . Гитхаб . Проверено 24 апреля 2022 г.
- ^ О'Нил Л. (21 марта 2022 г.). «Дельтакрон: что на данный момент ученые знают об этом новом гибридном коронавирусе» . Разговор . Проверено 18 апреля 2022 г.
- ^ Сундаравелу А (28 июля 2023 г.). «Ученые обнаружили у пациентов «самый мутировавший» и «самый крайний» вариант Covid» . Метро Новости . Проверено 28 июля 2023 г.
- ^ «Что такое новая мутация коронавируса | Японская медицинская лабораторная лаборатория» [Что такое новая мутация коронавируса | Японская медицинская лаборатория]. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 года .
- ^ «Вариант: 21G (Лямбда)» . Коварианты . Архивировано из оригинала 21 июля 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ Фрэнк Даймонд (7 августа 2021 г.). «Больше данных указывают на потенциальную летальность лямбда-варианта» . Инфекционный контроль сегодня . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ Кимура И., Косуги Ю., Ву Дж., Ямасоба Д., Бутлертанака Э.П., Танака Ю.Л. и др. (2021). «Вариант SARS-CoV-2 Lambda демонстрирует более высокую инфекционность и иммунную устойчивость» . Отчеты по ячейкам . 38 (2): 110218. bioRxiv 10.1101/2021.07.28.454085 . дои : 10.1016/j.celrep.2021.110218 . hdl : 2433/267436 . ПМЦ 8683271 . ПМИД 34968415 . S2CID 236520241 . Архивировано из оригинала 16 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г Гринвуд М. (15 января 2021 г.). «Какие мутации SARS-CoV-2 вызывают беспокойство?» . Новости Медицинские науки о жизни . Архивировано из оригинала 16 января 2021 года . Проверено 16 января 2021 г.
- ^ Тандель Д., Гупта Д., Сах В., Харшан К.Х. (30 апреля 2021 г.). «Вариант SARS-CoV-2 N440K обладает более высокой инфекционной пригодностью». bioRxiv 10.1101/2021.04.30.441434 .
- ^ Бхаттачарджи С. (3 мая 2021 г.). «COVID-19 | Штамм AP как минимум в 15 раз более вирулентный» . Индус . Архивировано из оригинала 10 мая 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
- ^ «Вариант N440k Covid: мутант N440K в 10 раз более заразен, чем родительский штамм | Хайдарабадские новости» . Таймс оф Индия . 2 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 30 августа 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ 2 «Новые мутантные штаммы нового коронавируса (SARS-CoV-2). Обеспокоенность по поводу увеличения инфекции и трансмиссивности, а также изменений антигенности (Отчет 13)» . ) Обеспокоенность по поводу повышенной инфекционности и трансмиссивности, а также изменений антигенности (13-й отчет)] . оригинал 3 сентября 2021 г. Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ «Мутации шипа предположительно связаны со вспышкой заболевания на датских норковых фермах» . ГИСАИД . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ «Университет Граца» . www.uni-graz.at . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Проверено 22 февраля 2021 г.
- ^ «Коронавирус SARS-CoV-2 (ранее известный как Уханьский коронавирус и 2019-nCoV) – что мы можем выяснить на структурном уровне биоинформатики» . Иннофор . 23 января 2020 г. Проверено 22 февраля 2021 г.
- ^ Сингх А., Стейнкельнер Г., Кёхл К., Грубер К., Грубер CC (февраль 2021 г.). «Серин 477 играет решающую роль во взаимодействии белка-шипа SARS-CoV-2 с человеческим рецептором ACE2» . Научные отчеты . 11 (1): 4320. Бибкод : 2021NatSR..11.4320S . дои : 10.1038/s41598-021-83761-5 . ПМК 7900180 . ПМИД 33619331 .
- ^ «BioNTech: Мы стремимся индивидуализировать лекарство от рака» . БиоНТек . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 22 февраля 2021 г.
- ^ Шроерс Б., Гудимелла Р., Букур Т., Рослер Т., Лоуэр М., Шахин У. (4 февраля 2021 г.). «Крупномасштабный анализ мутантов спайк-гликопротеина SARS-CoV-2 демонстрирует необходимость постоянного скрининга вирусных изолятов». bioRxiv 10.1101/2021.02.04.429765 .
- ^ «Люди говорят о варианте «двойного мутанта» в Индии. Что это значит?» . ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ ЯДЕРНЫЙ РЕАКТОР . Архивировано из оригинала 27 апреля 2021 года . Проверено 27 апреля 2021 г.
...с научной точки зрения термин «двойной мутант» не имеет смысла, говорит Андерсен. «SARS-CoV-2 постоянно мутирует. Поэтому повсюду много двойных мутантов. Индийский вариант действительно не следует так называть».
- ^ Перейти обратно: а б с Мандавилли А., Мюллер Б. (2 марта 2021 г.). «Почему варианты вирусов имеют такие странные названия» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Проверено 2 марта 2021 г.
- ^ «ускользающая мутация» . ВИЧ i-Base . 11 октября 2012 г. Архивировано из оригинала 9 мая 2021 г. . Проверено 19 февраля 2021 г.
- ^ Wise J (февраль 2021 г.). «Covid-19: мутация E484K и риски, которые она представляет» . БМЖ . 372 : n359. дои : 10.1136/bmj.n359 . ПМИД 33547053 . S2CID 231821685 .
- ^ Перейти обратно: а б с «Краткий отчет: Новый вариант штамма SARS-CoV-2 выявлен у путешественников из Бразилии» (PDF) (пресс-релиз). Япония: НИИД (Национальный институт инфекционных заболеваний). 12 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 января 2021 г. . Проверено 14 января 2021 г.
- ^ Исследование нового варианта SARS-CoV-2 202012/01, технический брифинг 5 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 2 февраля 2021 г. GW-1905. Архивировано (PDF) из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
- ^ Грини А.Дж., Лоес А.Н., Кроуфорд К.Х., Старр Т.Н., Мэлоун К.Д., Чу Х.И. и др. (март 2021 г.). «Комплексное картирование мутаций в домене, связывающем рецептор SARS-CoV-2, которые влияют на распознавание поликлональными антителами плазмы человека» . Клетка-хозяин и микроб . 29 (3): 463–476.e6. дои : 10.1016/j.chom.2021.02.003 . ПМЦ 7869748 . ПМИД 33592168 .
- ^ Купфершмидт К. (январь 2021 г.). «Новые мутации вызывают призрак «убегания иммунитета» » . Наука . 371 (6527): 329–330. Бибкод : 2021Sci...371..329K . дои : 10.1126/science.371.6527.329 . ПМИД 33479129 .
- ^ Реттнер Р. (2 февраля 2021 г.). «Вариант британского коронавируса развивает мутацию, уклоняющуюся от вакцинации. В нескольких случаях вариант британского коронавируса развивал мутацию под названием E484K, которая может повлиять на эффективность вакцины» . Живая наука . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
- ^ Ахенбах Дж., Бут В. (2 февраля 2021 г.). «Тревожная мутация коронавируса обнаружена в британском варианте и в некоторых образцах из США» . Вашингтон Пост . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
- ^ составляет одну пятую?] « Лямбда-штамм» приземлился на Олимпийских играх в Токио, и эффект вакцины Goo News . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 года .
- ^ «Вариант Лямбда: более заразен и может ли избежать вакцинации? Объясняет вирусолог» . Разговор . 21 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б Обновленная информация COG-UK о мутациях SARS-CoV-2 Spike, представляющих особый интерес: отчет 1 (PDF) (отчет). Британский консорциум по геномике COVID-19 (COG-UK). 20 декабря 2020 г. с. 7. Архивировано из оригинала (PDF) 25 декабря 2020 года . Проверено 31 декабря 2020 г.
- ^ «Исследователи обнаружили новый вариант вируса COVID-19 в Колумбусе, штат Огайо» . wexnermedical.osu.edu . 13 января 2021 года. Архивировано из оригинала 15 января 2021 года . Проверено 16 января 2021 г.
- ^ Ту Х, Авенариус М.Р., Кубатко Л., Хант М., Пан Х, Ру П и др. (26 января 2021 г.). «Отличные закономерности появления вариантов пиков SARS-CoV-2, включая N501Y, в клинических образцах в Колумбусе, штат Огайо». bioRxiv 10.1101/2021.01.12.426407 .
- ^ «Обнаружение нового мутанта «штамм Дельта». Влияние на инфекционность неизвестно» . NHK News . 31 августа 2021 г. Архивировано из оригинала 1 сентября 2021 г. Проверено 2 сентября 2021 г.
- ^ «Подтвержденный случай заражения населения (первый случай в Японии) новым штаммом Delta (штамм B.1.617.2) с мутацией N501S» — 8-й отчет проекта по анализу полного генома нового коронавируса Университета медицины и стоматологии — «Подтвержден случай внебольничная инфекция (первый случай в Японии) нового дельта-штамма (штамм B.1.617.2) с мутацией N501S» - Медицинско-стоматологический университет «Новый коронавирус» 8-й отчет проекта геномного анализа-] (PDF) . Архивировано (PDF) из оригинала 30 августа 2021 г. Проверено 2 сентября 2021 г. .
- ^ Перейти обратно: а б с д Maison DP, Ching LL, Shikuma CM, Nerurkar VR (январь 2021 г.). «Генетические характеристики и филогения последовательности гена S длиной 969 п.н. SARS-CoV-2 с Гавайских островов раскрывают возникшую во всем мире мутацию P681H». bioRxiv 10.1101/2021.01.06.425497 . Доступно под лицензией CC BY 4.0. Архивировано 16 октября 2017 г. на Wayback Machine .
- ^ Шраер Р. (18 июля 2020 г.). «Коронавирус: мутации делают его более заразным?» . Новости Би-би-си . Архивировано из оригинала 30 декабря 2020 года . Проверено 3 января 2021 г.
- ^ «Новый, более заразный штамм COVID-19 теперь доминирует в глобальных случаях заражения вирусом: исследование» . www.medicalxpress.com . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 года . Проверено 16 августа 2020 г. .
- ^ Корбер Б., Фишер В.М., Гнанакаран С., Юн Х., Тейлер Дж., Абфальтерер В. и др. (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19» . Клетка . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . ПМЦ 7332439 . ПМИД 32697968 .
- ^ Хоу Ю.Дж., Чиба С., Хафманн П., Эре С., Курода М., Диннон К.Х. и др. (декабрь 2020 г.). «Вариант SARS-CoV-2 D614G демонстрирует эффективную репликацию ex vivo и передачу in vivo» . Наука . 370 (6523): 1464–1468. Бибкод : 2020Sci...370.1464H . дои : 10.1126/science.abe8499 . ПМЦ 7775736 . ПМИД 33184236 .
возникшая замена Asp614→Gly (D614G) в шиповом гликопротеине штаммов SARS-CoV-2, которая в настоящее время является наиболее распространенной формой во всем мире.
- ^ Волц Э.М., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Прайс А., Йоргенсен Д., О'Тул А. и др. (4 августа 2020 г.). «Оценка влияния мутации D614G SARS-CoV-2 Spike на трансмиссивность и патогенность» . Клетка . 184 (1): 64–75.e11. дои : 10.1016/j.cell.2020.11.020 . hdl : 10044/1/84079 . ПМК 7674007 . PMID 33275900 .
- ^ Бутовт Р., Билинска К., Фон Бартельд К.С. (октябрь 2020 г.). «Хемосенсорная дисфункция при COVID-19: интеграция генетических и эпидемиологических данных в вариант шипового белка D614G как способствующий фактор» . ACS Химическая нейронаука . 11 (20): 3180–3184. дои : 10.1021/acschemneuro.0c00596 . ПМЦ 7581292 . ПМИД 32997488 .
- ^ Перейти обратно: а б Ходкрофт Э.Б., Домман Д.Б., Снайдер Д.Д., Огунтуйо К.Ю., Ван Дист М., Денсмор К.Х. и др. (21 февраля 2021 г.). «Появление в конце 2020 года нескольких линий белков Spike SARS-CoV-2, затрагивающих положение аминокислоты 677». medRxiv 10.1101/2021.02.12.21251658 .
- ^ «Исследование выявило 7 новых выявленных вариантов COVID-19, циркулирующих в Соединенных Штатах» . ABC11 Роли-Дарем . 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
- ^ «Исследование показывает, что мутация P681H становится глобально распространенной среди последовательностей SARS-CoV-2» . Новости-Medical.net . 10 января 2021 года. Архивировано из оригинала 14 февраля 2021 года . Проверено 11 февраля 2021 г.
- ^ «Малайзия выявила новый штамм Covid-19, аналогичный штамму, обнаруженному в трех других странах» . «Стрейтс Таймс» . 23 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 23 декабря 2020 года . Проверено 10 января 2021 г.
Тан Шри, доктор Нур Хишам Абдулла, сказал, что до сих пор неизвестно, является ли штамм, получивший название мутация «A701B», более заразным, чем обычно.
- ^ «Дутерте говорит, что Сулу обращается за помощью после того, как в соседнем Сабахе, Малайзия, обнаружен новый вариант COVID-19» . Новости ГМА . 27 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 3 января 2021 года . Проверено 10 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с д «Текущая ситуация и информация о мутации белка Spike Covid-19 в Малайзии» . Кементериан Кесихатан Малайзия – Covid-19 Малайзия . 25 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 года . Проверено 15 января 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б с «Мутация A701V COVID-19 распространяется на кластеры третьей волны» . focusmalaysia.my . 25 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Проверено 13 мая 2021 г.
- ^ «Варианты проблем (VOC), B.1.524, B.1.525, южноафриканский B.1.351, STRAIN D614G, A701V, B1.1.7» . covid-19.moh.gov.my . 14 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
- ^ Перейти обратно: а б «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии: Технический брифинг 39» (PDF) . gov.uk. Агентство безопасности здравоохранения Великобритании. 25 марта 2022 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 апреля 2022 г. . Проверено 6 апреля 2022 г.
- ^ «Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19: выпуск 84, опубликовано 22 марта 2022 г.» (PDF) . кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. 2 марта 2022 г. Проверено 6 апреля 2022 г.
- ^ «Cov-Lineages» . cov-lineages.org . Проверено 6 апреля 2022 г.
- ^ Буриони Р., Тополь Е.Ю. (июнь 2021 г.). «Достиг ли SARS-CoV-2 пика физической формы?» . Природная медицина . 27 (8): 1323–24. дои : 10.1038/s41591-021-01421-7 . ПМИД 34155413 .
- ^ Перейти обратно: а б Офис комиссара (23 февраля 2021 г.). «Обновление о коронавирусе (COVID-19): FDA выпускает правила, помогающие разработчикам медицинской продукции работать с вариантами вируса» . США Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) . Проверено 7 марта 2021 г.
- ^ Релла С.А., Куликова Ю.А., Дермицакис Э.Т., Кондрашов Ф.А. (30 июля 2021 г.). «Степень передачи SARS-CoV-2 и вакцинация влияют на судьбу штаммов, устойчивых к вакцинам» . Научные отчеты . 11 (1): 15729. doi : 10.1038/s41598-021-95025-3 . ISSN 2045-2322 . ПМЦ 8324827 . ПМИД 34330988 .
- ^ Ван Р., Чен Дж., Вэй Г.В. (декабрь 2021 г.). «Механизмы эволюции SARS-CoV-2, выявляющие мутации, устойчивые к вакцинам, в Европе и Америке» (PDF) . Журнал физической химии . 12 (49): 11850–11857. doi : 10.1021/acs.jpclett.1c03380 . ПМЦ 8672435 . ПМИД 34873910 . Архивировано (PDF) из оригинала 18 декабря 2021 года . Проверено 27 января 2022 г.
- ^ «Результаты исследования показывают, что распространение Омикрона можно объяснить уклончивостью иммунитета, а не увеличением заразности» . Новости-Medical.net . 5 января 2022 года. Архивировано из оригинала 21 января 2022 года . Проверено 17 января 2022 г.
- ^ Цао Ю, Ван Дж, Цзянь Ф, Сяо Т, Сун В, Исимайи А и др. (февраль 2022 г.). «Омикрон ускользает от большинства существующих антител, нейтрализующих SARS-CoV-2» . Природа . 602 (7898): 657–663. дои : 10.1038/d41586-021-03796-6 . ПМЦ 8866119 . ПМИД 35016194 . S2CID 245455422 .
- ^ Лю Л., Икетани С., Го Й., Чан Дж.Ф., Ван М., Лю Л. и др. (февраль 2022 г.). «Поразительное уклонение от антител, проявленное вариантом Омикрон SARS-CoV-2» . Природа . 602 (7898): 676–681. дои : 10.1038/d41586-021-03826-3 . ПМИД 35016198 . S2CID 245462866 .
- ^ Мохсин М., Махмуд С. (май 2022 г.). «Вызывающий обеспокоенность вариант Omicron SARS-CoV-2: обзор его заразности, уклонения от иммунитета, повторного заражения и тяжести» . Лекарство . 101 (19): e29165. дои : 10.1097/MD.0000000000029165 . ПМЦ 9276130 . ПМИД 35583528 . S2CID 248858919 .
- ^ «Как скоро после заражения COVID-19 вы сможете заразиться снова?» . Новости АВС . 2 мая 2022 года. Архивировано из оригинала 9 июля 2022 года . Проверено 24 июня 2022 г.
- ^ «Вариант Омикрон: что нужно знать» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 20 декабря 2021 года. Архивировано из оригинала 27 января 2022 года . Проверено 27 января 2022 г.
- ^ Шин Д.Х., Смит Д.М., Чой Дж.Ю. (2022). «Вариант Омикрон SARS-CoV-2, вызывающий беспокойство: все, что вы хотели знать об Омикроне, но боялись спросить» . Медицинский журнал Йонсей . 63 (11): 977–983. дои : 10.3349/ymj.2022.0383 . ПМЦ 9629902 . ПМИД 36303305 .
- ^ «Бустерная вакцина против COVID-19» . США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA). 27 сентября 2022 года. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
- ^ «Современные вакцины против COVID-19» . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . 7 октября 2022 года. Архивировано из оригинала 7 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
- ^ «Вакцины Pfizer-BioNTech против COVID-19» . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . 3 октября 2022 года. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
- ^ «Обновленные вакцины против COVID-19 для использования в США, начиная с осени 2023 года» . США Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) . 15 июня 2023 года. Архивировано из оригинала 17 июня 2023 года . Проверено 16 июня 2023 г. В данной статье использован текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
- ^ Рекомендации по формуле вакцин против COVID-19 на 2023–2024 годы в США (PDF) (Отчет). США Управление по контролю за продуктами и лекарствами (FDA). 16 июня 2023 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2023 года . Проверено 16 июня 2023 г.
- ^ «Обновленные вакцины против COVID-19 для использования в США, начиная с осени 2024 года» . США Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов (FDA) . 5 июня 2024 года. Архивировано из оригинала 18 июня 2024 года . Проверено 19 июня 2024 г. В данной статье использован текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
- ^ Юрковецкий Л., Ван Х, Паскаль К.Е., Томкинс-Тинч С., Ньялиле Т.П., Ван Ю. и др. (октябрь 2020 г.). «Структурный и функциональный анализ варианта шипованного белка D614G SARS-CoV-2» . Клетка . 183 (3): 739–751.e8. дои : 10.1016/j.cell.2020.09.032 . ПМК 7492024 . ПМИД 32991842 .
- ^ Томсон ЕС, Розен Л.Е., Шепард Дж.Г., Спрэафико Р., да Силва Филипе А., Войцеховский Дж.А. и др. (март 2021 г.). «Циркулирующие варианты N439K с шипами SARS-CoV-2 сохраняют физическую форму, уклоняясь при этом от иммунитета, опосредованного антителами» . Клетка . 184 (5): 1171–1187.e20. дои : 10.1016/j.cell.2021.01.037 . ПМЦ 7843029 . ПМИД 33621484 .
- ^ Смаут А (26 января 2021 г.). «Британия поможет другим странам отслеживать варианты коронавируса» . Рейтер . Архивировано из оригинала 26 января 2021 года . Проверено 27 января 2021 г.
- ^ Доннелли Л. (26 января 2021 г.). «Великобритания поможет секвенировать мутации Covid по всему миру, чтобы найти новые опасные варианты» . Телеграф . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Проверено 28 января 2021 г.
- ^ Галани А., Аализаде Р., Костакис М., Марку А., Алигизакис Н., Литрас Т. и др. (январь 2022 г.). «Данные наблюдения за сточными водами SARS-CoV-2 могут предсказать количество госпитализаций и госпитализаций в отделения интенсивной терапии» . Наука об общей окружающей среде . 804 : 150151. Бибкод : 2022ScTEn.80450151G . doi : 10.1016/j.scitotenv.2021.150151 . ПМК 8421077 . ПМИД 34623953 .
- ^ Баайенс Дж.А., Зулли А., Отт И.М., Петроне М.Е., Альперт Т., Фовер Дж.Р. и др. (2 сентября 2021 г.). «Вариантная оценка распространенности SARS-CoV-2 в сточных водах с использованием количественного определения RNA-Seq». medRxiv 10.1101/2021.08.31.21262938 .
- ^ Хейнен Л., Эльсинга Г., Грааф М.Д., Моленкамп Р., Купманс М.П., Медема Г. (26 марта 2021 г.). «Капельная цифровая RT-PCR для обнаружения вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах». medRxiv 10.1101/2021.03.25.21254324v1 .
- ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-CoV-2 . Европейский центр профилактики и контроля заболеваний, Всемирная организация здравоохранения (технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 3 марта 2021 г. Диагностический скрининг известных ЛОС.
- ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 15 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 11 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Проверено 15 июня 2021 г.
- ^ Оценка дальнейшего появления и потенциального воздействия вызывающего озабоченность варианта SARS-CoV-2 Omicron в контексте продолжающейся передачи вызывающего беспокойство варианта Delta в ЕС/ЕЭЗ, 18-е обновление (Технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 15 декабря 2021 г. Приложения 1 и 2.
- ^ Купфершмидт К. (23 декабря 2020 г.). «Вариант для Великобритании привлекает внимание к роли пациентов с ослабленным иммунитетом в пандемии COVID-19» . Наука . дои : 10.1126/science.abg2911 . S2CID 234378594 . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Проверено 25 февраля 2021 г.
- ^ Сазерленд С. (23 февраля 2021 г.). «Варианты COVID могут возникнуть у людей с ослабленной иммунной системой» . Научный американец . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 25 февраля 2021 г.
- ^ Маккарти К.Р., Ренник Л.Дж., Намбулли С., Робинсон-Маккарти Л.Р., Бейн В.Г., Хайдар Г. и др. (март 2021 г.). «Периодические делеции в спайковом гликопротеине SARS-CoV-2 приводят к высвобождению антител» . Наука . 371 (6534): 1139–1142. Бибкод : 2021Sci...371.1139M . дои : 10.1126/science.abf6950 . ПМЦ 7971772 . ПМИД 33536258 .
- ^ Грин СТ, Клади Л (26 января 2021 г.). «Covid-19 и эволюционное давление – можем ли мы предсказать, какие генетические опасности скрываются за горизонтом?» . БМЖ : n230. Архивировано из оригинала 8 июня 2021 года . Проверено 8 июня 2021 г.
- ^ Джейкобс А. (2 ноября 2021 г.). «Широко распространенная коронавирусная инфекция обнаружена у оленей в Айове, говорится в новом исследовании» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 года . Проверено 12 декабря 2021 г.
Исследователи и сторонние эксперты охарактеризовали результаты исследования как тревожное событие в ходе пандемии. Широкое распространение инфекции среди наиболее распространенных видов диких животных Северной Америки может еще больше затруднить искоренение возбудителя, особенно если они станут резервуаром мутаций, которые в конечном итоге перекинутся обратно на людей. [...] они предупреждают охотников на оленей и других лиц, занимающихся оленями, о необходимости принятия мер предосторожности во избежание передачи инфекции. [...] Если бы вирус стал эндемичным для диких животных, таких как олени, он мог бы со временем развиться и стать более вирулентным, а затем заразить людей новым штаммом, способным уклониться от нынешнего набора вакцин.
- ^ Лассоньер Р., Фонагер Дж., Расмуссен М., Фрише А., Странд С., Расмуссен Т. и др. (10 ноября 2020 г.). Спайковые мутации SARS-CoV-2, возникающие у датской норки, их распространение на человека и данные нейтрализации ( Препринт ). Статенский институт сывороток . Архивировано из оригинала 10 ноября 2020 года . Проверено 11 ноября 2020 г.
- ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2, связанных с норками» (PDF) . ECDC.eu. Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 12 ноября 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 8 января 2021 г. . Проверено 12 ноября 2020 г.
- ^ «Вариантный штамм SARS-CoV-2, связанный с норками – Дания» . ВОЗ Новости о вспышках болезней . 6 ноября 2020 г. Архивировано из оригинала 12 ноября 2020 г. . Проверено 19 марта 2021 г.
- ^ Кевани С., Карстенсен Т. (19 ноября 2020 г.). «Датский вариант норки Covid, скорее всего, вымер», но спорная выбраковка продолжается» . Хранитель . Архивировано из оригинала 24 апреля 2021 года . Проверено 19 апреля 2021 г.
- ^ Ларсен Х.Д., Фонагер Дж., Ломхолт Ф.К., Далби Т., Бенедетти Г., Кристенсен Б. и др. (февраль 2021 г.). «Предварительный отчет о вспышке SARS-CoV-2 среди норок и норковых фермеров, связанной с распространением среди населения, Дания, июнь-ноябрь 2020 г.» . Евронаблюдение . 26 (5). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.5.210009 . ПМЦ 7863232 . ПМИД 33541485 .
Дальнейшее чтение
- Краузе П.Р., Флеминг Т.Р., Лонгини И.М., Пето Р., Бриан С., Хейманн Д.Л. и др. (июль 2021 г.). «Варианты и вакцины против SARS-CoV-2» . Медицинский журнал Новой Англии . 385 (2): 179–186. дои : 10.1056/NEJMsr2105280 . ПМЦ 8262623 . ПМИД 34161052 .
- Корум Дж., Циммер С. (18 января 2021 г.). «Внутри варианта коронавируса B.1.1.7» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 20 января 2021 года . Проверено 1 февраля 2021 г.