ДЛЯ домена

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Домен Pou - N-терминал домена гомеобокса
Домен Pou - N-терминал домена гомеобокса
Идентификаторы
Символ	Для
Пфам	PF00157
ИнтерПро	IPR000327
PROSITE	PDOC00035
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1 октября / SCOPe / СУПФАМ
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

POU (произносится как «pow») — это семейство факторов эукариотических транскрипции , которые имеют хорошо консервативные гомеодомены . ^{[ 1 ]} Домен Pou представляет собой двудольный ДНК-связывающий домен, обнаруженный в этих белках.

Этимология

Аббревиатура POU образована от названий трех транскрипций. факторы:

гипофизарная яма 1 -
белки Oct фактора транскрипции октамера - 1 и Oct-2 (последовательность октамера - ATGCAAAT)
нейронный - транскрипционный фактор Unnc 86 Caenorhabditis elegans .

Разнообразие

домена POU Гены были описаны у столь разных организмов, как Caenorhabditis elegans , Drosophila , Xenopus , рыбки данио и человек, но еще не идентифицированы у растений и грибки .

Сравнение генов домена POU у животных позволяет предположить, что семейство можно разделить на шесть основных классов (POU1-POU6). Pit-1 является частью класса POU1, Oct-1 и Oct-2 являются членами POU2, а Unc-86 является членом POU4 . Шесть классов разошлись на ранних этапах эволюции животных: классы POU1, POU3, POU4 и POU6 развились до появления последнего общего предка губок и эуметазоев , POU2 развился у Bilatera , а POU5, по-видимому, уникален для позвоночных . ^{[ 2 ]}

Существует удивительно высокая степень консервативности аминокислотной последовательности. (37%-42%) гомеодоменов POU к регулятору транскрипции comS, белку компетентности грамположительных прокариот Bacillus subtilis . ^{[ 3 ]} Сродни тому, как POU гомеодомен регуляторы приводят к дифференцировке тканей у многоклеточных животных , это фактор транскрипции имеет решающее значение для дифференциации субпопуляции B. subtilis в состояние генетической компетентности .

Функция

Белки POU представляют собой эукариотические факторы транскрипции, содержащие двудольный ДНК-связывающий домен, называемый доменом POU. Различные члены семейства POU имеют широкий спектр функций, каждая из которых связана с функцией нейроэндокринной системы. ^{[ 4 ]} и развитие организма. ^{[ 5 ]} Некоторые другие гены также регулируются, в том числе гены иммуноглобулина легких и тяжелых цепей (Oct-2), ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} и гены трофических гормонов , такие как те, что касаются пролактина и гормона роста (Pit-1).

Структура

Домен POU представляет собой двудольный домен, состоящий из двух субъединиц, разделенных неконсервативной областью из 15-55 аминокислот. субъединица N-концевая известна как POU-специфичный (POUs) домен ( InterPro : IPR000327 ), тогда как C-концевая субъединица представляет собой гомеобоксный домен ( InterPro : IPR007103 ). Доступны трехмерные структуры комплексов, включающие оба субдомена POU, связанные с ДНК. Оба субдомена содержат структурный мотив « спираль-поворот-спираль », который напрямую связан с двумя компонентами двудольных сайтов связывания ДНК, и оба необходимы для связывания ДНК с высокой аффинностью, специфичной для последовательности. Домен также может участвовать в белок-белковых взаимодействиях. ^{[ 8 ]} Субдомены соединяются гибким линкером . ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]} В белках POU-специфичный домен всегда сопровождается гомеодоменом. Несмотря на отсутствие гомологии последовательностей, 3D-структура POU аналогична 3D-структуре репрессора лямбда бактериофага и других членов семейства HTH_3. ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

Примеры

Гены человека, кодирующие белки, содержащие домен POU и родственные псевдогены, включают:

HDX ;
ПОУ1F1 ;
ПОУ2F1 ; ПОУ2F2 ; ПОУ2F3 ;
ПОУ3F1 ; ПОУ3F2 ; ПОУ3F3 ; ПОУ3F4 ;
ПОУ4F1 ; ПОУ4F2 ; ПОУ4F3 ;
ПОУ5F1 ; ПОУ5F1B ; ПОУ5F1P2 ; ПОУ5F1P3 ; ПОУ5F1P4 ; ПОУ5F1P5 ; ПОУ5F1P6 ; ПОУ5F1P7 ;
ПОУ5F2 ;
ПОУ6F1 ; POU6F2

Ссылки

^ Филлипс К., Луизи Б. (октябрь 2000 г.). «Виртуоз универсальности: белки POU, которые гибко подстраиваются под размер». Журнал молекулярной биологии . 302 (5): 1023–39. дои : 10.1006/jmbi.2000.4107 . ПМИД 11183772 .
^ Голд, Дэвид А.; Гейтс, Рут Д.; Джейкобс, Дэвид К. (1 декабря 2014 г.). «Раннее распространение и эволюционная динамика генов класса POU» . Молекулярная биология и эволюция . 31 (12): 3136–3147. дои : 10.1093/molbev/msu243 . ISSN 0737-4038 . ПМЦ 4245813 . ПМИД 25261405 .
^ Д'Суза С., Накано М.М., Зубер П. (сентябрь 1994 г.). «Идентификация comS, гена оперона srfA, который регулирует установление генетической компетентности у Bacillus subtilis» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 91 (20): 9397–401. дои : 10.1073/pnas.91.20.9397 . ПМК 44819 . ПМИД 7937777 .
^ Асса-Мунт Н., Мортишир-Смит Р.Дж., Аврора Р., Герр В., Райт П.Е. (апрель 1993 г.). «Структура раствора POU-специфического домена Oct-1 обнаруживает поразительное сходство с ДНК-связывающим доменом репрессора лямбда бактериофага». Клетка . 73 (1): 193–205. дои : 10.1016/0092-8674(93)90171-L . ПМИД 8462099 . S2CID 24276357 .
^ Андерсен Б., Розенфельд М.Г. (февраль 2001 г.). «Факторы домена POU в нейроэндокринной системе: уроки биологии развития дают представление о заболеваниях человека» . Эндокринные обзоры . 22 (1): 2–35. дои : 10.1210/edrv.22.1.0421 . ПМИД 11159814 .
^ Петриняк Б., Штаудт Л.М., Постема CE, МакКормак В.Т., Томпсон CB (февраль 1990 г.). «Характеристика куриных октамер-связывающих белков показывает, что факторы транскрипции гомеобокса, содержащие домен POU, были высококонсервативными в ходе эволюции позвоночных» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (3): 1099–1103. дои : 10.1073/pnas.87.3.1099 . ПМК 53418 . ПМИД 1967834 .
^ Джонсон В.А., Хирш Дж. (февраль 1990 г.). «Связывание белка POU-домена дрозофилы с элементом последовательности, регулирующим экспрессию генов в специфических дофаминергических нейронах». Природа . 343 (6257): 467–470. дои : 10.1038/343467a0 . ПМИД 1967821 . S2CID 9315961 .
^ Матис Дж. М., Симмонс Д. М., Хе X, Суонсон Л. В., Розенфельд М. Г. (июль 1992 г.). «Мозг 4: новый фактор транскрипции домена POU млекопитающих, демонстрирующий ограниченную специфическую для мозга экспрессию» . Журнал ЭМБО . 11 (7): 2551–2561. дои : 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05320.x . ПМК 556730 . ПМИД 1628619 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Филлипс К., Луизи Б. (октябрь 2000 г.). «Виртуоз универсальности: белки POU, которые гибко подстраиваются под размер». Журнал молекулярной биологии . 302 (5): 1023–1039. дои : 10.1006/jmbi.2000.4107 . ПМИД 11183772 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Клемм Дж.Д., Рулд М.А., Аврора Р., Герр В., Пабо Кол.О. (апрель 1994 г.). «Кристаллическая структура домена Oct-1 POU, связанного с октамерным сайтом: распознавание ДНК с помощью привязанных ДНК-связывающих модулей». Клетка . 77 (1): 21–32. дои : 10.1016/0092-8674(94)90231-3 . ПМИД 8156594 . S2CID 36371069 .
^ Джейкобсон Э.М., Ли П., Леон-дель-Рио А., Розенфельд М.Г., Аггарвал А.К. (январь 1997 г.). «Структура домена POU Pit-1, связанного с ДНК в виде димера: неожиданное расположение и гибкость» . Гены и развитие . 11 (2): 198–212. дои : 10.1101/гад.11.2.198 . ПМИД 9009203 .

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR000327.

[pmid11183772-1] Филлипс К., Луизи Б. (октябрь 2000 г.). «Виртуоз универсальности: белки POU, которые гибко подстраиваются под размер». Журнал молекулярной биологии . 302 (5): 1023–39. дои : 10.1006/jmbi.2000.4107 . ПМИД 11183772 .

[2] Голд, Дэвид А.; Гейтс, Рут Д.; Джейкобс, Дэвид К. (1 декабря 2014 г.). «Раннее распространение и эволюционная динамика генов класса POU» . Молекулярная биология и эволюция . 31 (12): 3136–3147. дои : 10.1093/molbev/msu243 . ISSN 0737-4038 . ПМЦ 4245813 . ПМИД 25261405 .

[pmid7937777-3] Д'Суза С., Накано М.М., Зубер П. (сентябрь 1994 г.). «Идентификация comS, гена оперона srfA, который регулирует установление генетической компетентности у Bacillus subtilis» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 91 (20): 9397–401. дои : 10.1073/pnas.91.20.9397 . ПМК 44819 . ПМИД 7937777 .

[PUB00000889-4] Асса-Мунт Н., Мортишир-Смит Р.Дж., Аврора Р., Герр В., Райт П.Е. (апрель 1993 г.). «Структура раствора POU-специфического домена Oct-1 обнаруживает поразительное сходство с ДНК-связывающим доменом репрессора лямбда бактериофага». Клетка . 73 (1): 193–205. дои : 10.1016/0092-8674(93)90171-L . ПМИД 8462099 . S2CID 24276357 .

[PUB00007263-5] Андерсен Б., Розенфельд М.Г. (февраль 2001 г.). «Факторы домена POU в нейроэндокринной системе: уроки биологии развития дают представление о заболеваниях человека» . Эндокринные обзоры . 22 (1): 2–35. дои : 10.1210/edrv.22.1.0421 . ПМИД 11159814 .

[PUB00004699-6] Петриняк Б., Штаудт Л.М., Постема CE, МакКормак В.Т., Томпсон CB (февраль 1990 г.). «Характеристика куриных октамер-связывающих белков показывает, что факторы транскрипции гомеобокса, содержащие домен POU, были высококонсервативными в ходе эволюции позвоночных» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (3): 1099–1103. дои : 10.1073/pnas.87.3.1099 . ПМК 53418 . ПМИД 1967834 .

[PUB00004053-7] Джонсон В.А., Хирш Дж. (февраль 1990 г.). «Связывание белка POU-домена дрозофилы с элементом последовательности, регулирующим экспрессию генов в специфических дофаминергических нейронах». Природа . 343 (6257): 467–470. дои : 10.1038/343467a0 . ПМИД 1967821 . S2CID 9315961 .

[PUB00001223-8] Матис Дж. М., Симмонс Д. М., Хе X, Суонсон Л. В., Розенфельд М. Г. (июль 1992 г.). «Мозг 4: новый фактор транскрипции домена POU млекопитающих, демонстрирующий ограниченную специфическую для мозга экспрессию» . Журнал ЭМБО . 11 (7): 2551–2561. дои : 10.1002/j.1460-2075.1992.tb05320.x . ПМК 556730 . ПМИД 1628619 .

[PUB00007264-9] Перейти обратно: ^а ^б Филлипс К., Луизи Б. (октябрь 2000 г.). «Виртуоз универсальности: белки POU, которые гибко подстраиваются под размер». Журнал молекулярной биологии . 302 (5): 1023–1039. дои : 10.1006/jmbi.2000.4107 . ПМИД 11183772 .

[PUB00000905-10] Перейти обратно: ^а ^б Клемм Дж.Д., Рулд М.А., Аврора Р., Герр В., Пабо Кол.О. (апрель 1994 г.). «Кристаллическая структура домена Oct-1 POU, связанного с октамерным сайтом: распознавание ДНК с помощью привязанных ДНК-связывающих модулей». Клетка . 77 (1): 21–32. дои : 10.1016/0092-8674(94)90231-3 . ПМИД 8156594 . S2CID 36371069 .

[PUB00007265-11] Джейкобсон Э.М., Ли П., Леон-дель-Рио А., Розенфельд М.Г., Аггарвал А.К. (январь 1997 г.). «Структура домена POU Pit-1, связанного с ДНК в виде димера: неожиданное расположение и гибкость» . Гены и развитие . 11 (2): 198–212. дои : 10.1101/гад.11.2.198 . ПМИД 9009203 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]