Семейство генов SOX

SOXE, N-терминал
SOXE, N-терминал
Идентификаторы
Символ	Сокс_Н
Пфам	ПФ12444
ИнтерПро	ИПР022151
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Подсемейство SOXB, C-терминал рядом с коробкой HMG
Подсемейство SOXB, C-терминал рядом с коробкой HMG
Идентификаторы
Символ	SOXp
Пфам	ПФ12336
ИнтерПро	ИПР022097
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

SOXF, C-конец, 9aaTAD
Идентификаторы
Символ	SOX_C
ИнтерПро	ИПР021934
PROSITE	ПС51516

SOXF, центральный

Идентификаторы

Символ

Sox17_18_one

Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

SOX Гены ( SRY родственные гены HMG-бокса ) кодируют семейство транскрипционных факторов , которые связываются с малой бороздкой ДНК . , и принадлежат к суперсемейству генов, характеризующихся гомологичной последовательностью, называемой HMG-бокс (для группы с высокой подвижностью) ). Этот блок HMG представляет собой ДНК-связывающий домен , который высоко консервативен у эукариотических видов. Гомологи были идентифицированы у насекомых, нематод, амфибий, рептилий, птиц и ряда млекопитающих. лишь несколько аминокислот Однако коробки HMG могут быть очень разнообразными по своей природе, и между видами сохраняется .

Гены Sox определяются как содержащие блок HMG гена, участвующего в определении пола, называемого SRY , который находится на Y-хромосоме . У человека и мышей присутствует 20 генов SOX, а у дрозофилы - 8. Почти все гены Sox демонстрируют по крайней мере 50% аминокислотное сходство с блоком HMG у Sry. Семейство разделено на подгруппы в соответствии с гомологией внутри домена HMG и других структурных мотивов, а также в соответствии с функциональными анализами. ^[1]

Семья Сокс, важная для развития, не имеет единой функции, и многие члены обладают способностью регулировать несколько различных аспектов развития. Хотя многие гены Sox участвуют в определении пола, некоторые из них также важны в таких процессах, как развитие нейронов . Например, Sox2 и Sox3 участвуют в переходе эпителиальных гранулярных клеток мозжечка в мигрирующее состояние. Sox 2 также является фактором транскрипции, обеспечивающим поддержание плюрипотентности как в ранних эмбрионах, так и в ES-клетках. ^[2] Затем гранулярные клетки дифференцируются в гранулярные нейроны, причем в этом процессе участвует Sox11. ^[3] Считается, что некоторые гены Sox могут быть полезны при ранней диагностике опухолей головного мозга у детей благодаря последовательной экспрессии в мозжечке, что делает их мишенью для серьезных исследований.

Белки Sox связываются с последовательностью WWCAAW и подобными последовательностями ( W=A или T ). Они обладают слабой специфичностью связывания и необычно низким сродством к ДНК. Гены Sox связаны с группой генов Tcf/Lef1 , которые также содержат группу с высокой подвижностью, специфичную для последовательности, и имеют аналогичную специфичность последовательности (примерно TWWCAAAG). ^[4]

Группы

Гены Sox подразделяются на группы. Гены Sox из разных групп имеют мало общего за пределами ДНК-связывающего домена. У мыши и человека членами групп являются: ^[5]

Соха: SRY
SoxB1: SOX1 , SOX2 , SOX3
SoxB2: SOX14 , SOX21
SoxC: SOX4 , SOX11 , SOX12
SoxD: SOX5 , SOX6 , SOX13
SoxE: SOX8 , SOX9 , SOX10
SoxF: SOX7 , SOX17 , SOX18
SoxG: SOX15
СоксХ: SOX30

См. также

Ссылки

^ Боулз, Дж; Шеперс Г; Купман П. (ноябрь 2000 г.). «Филогения семейства SOX факторов транскрипции развития на основе последовательностей и структурных показателей» . Дев. Биол . 227 (2): 239–55. дои : 10.1006/dbio.2000.9883 . ПМИД 11071752 .
^ Такахаси, Кадзутоши; Яманака, Шинья (25 августа 2006 г.). «Индукция плюрипотентных стволовых клеток из культур эмбриональных и взрослых фибробластов мышей с помощью определенных факторов» . Клетка . 126 (4): 663–676. дои : 10.1016/j.cell.2006.07.024 . hdl : 2433/159777 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 16904174 .
^ Рекс, М; Церковь, Р; Тойнтон, К; Ичихаши, РМ; Мохтар, С; Уваного, Д; Шарп, ПТ; Скоттинг, П.Дж. (март 1998 г.). «Развитие гранулярных клеток в мозжечке сопровождается изменениями в экспрессии гена Sox». Молекулярные исследования мозга . 55 (1): 28–34. дои : 10.1016/S0169-328X(97)00354-9 . ПМИД 9645957 .
^ Лефевр В., Думитриу Б., Пензо-Мендес А., Хан Ю., Паллави Б. (2007). «Контроль судьбы клеток и дифференцировки с помощью Sry-родственных факторов транскрипции бокса группы высокой подвижности (Sox)» . Межд. Дж. Биохим. Клеточная Биол . 39 (12): 2195–214. doi : 10.1016/j.biocel.2007.05.019 . ПМК 2080623 . ПМИД 17625949 .
^ Гут С.И., Вегнер М. (октябрь 2008 г.). «Имея обе стороны: функция белка Sox между сохранением и инновациями» . Клетка. Мол. Наука о жизни . 65 (19): 3000–18. дои : 10.1007/s00018-008-8138-7 . ПМЦ 11131603 . ПМИД 18516494 . S2CID 8943181 .

Вегнер, М. (март 1999 г.). «С головы до ног: многочисленные аспекты белков Sox» . Нуклеиновые кислоты Рез. 27 (6): 1409–1420. дои : 10.1093/нар/27.6.1409 . ПМК 148332 . ПМИД 10037800 .

Райт, Э.М.; Снопек Б; Купман П. (февраль 1993 г.). «Семь новых членов семейства генов Sox проявились во время развития мыши» . Нуклеиновые кислоты Рез . 21 (3): 744. doi : 10.1093/nar/21.3.744 . ПМК 309180 . ПМИД 8441686 .

Внешние ссылки

CDD NCBI: cd01388 (SOX-TCF_HMG-box); человеческие белки

[1] Боулз, Дж; Шеперс Г; Купман П. (ноябрь 2000 г.). «Филогения семейства SOX факторов транскрипции развития на основе последовательностей и структурных показателей» . Дев. Биол . 227 (2): 239–55. дои : 10.1006/dbio.2000.9883 . ПМИД 11071752 .

[2] Такахаси, Кадзутоши; Яманака, Шинья (25 августа 2006 г.). «Индукция плюрипотентных стволовых клеток из культур эмбриональных и взрослых фибробластов мышей с помощью определенных факторов» . Клетка . 126 (4): 663–676. дои : 10.1016/j.cell.2006.07.024 . hdl : 2433/159777 . ISSN 0092-8674 . ПМИД 16904174 .

[3] Рекс, М; Церковь, Р; Тойнтон, К; Ичихаши, РМ; Мохтар, С; Уваного, Д; Шарп, ПТ; Скоттинг, П.Дж. (март 1998 г.). «Развитие гранулярных клеток в мозжечке сопровождается изменениями в экспрессии гена Sox». Молекулярные исследования мозга . 55 (1): 28–34. дои : 10.1016/S0169-328X(97)00354-9 . ПМИД 9645957 .

[4] Лефевр В., Думитриу Б., Пензо-Мендес А., Хан Ю., Паллави Б. (2007). «Контроль судьбы клеток и дифференцировки с помощью Sry-родственных факторов транскрипции бокса группы высокой подвижности (Sox)» . Межд. Дж. Биохим. Клеточная Биол . 39 (12): 2195–214. doi : 10.1016/j.biocel.2007.05.019 . ПМК 2080623 . ПМИД 17625949 .

[5] Гут С.И., Вегнер М. (октябрь 2008 г.). «Имея обе стороны: функция белка Sox между сохранением и инновациями» . Клетка. Мол. Наука о жизни . 65 (19): 3000–18. дои : 10.1007/s00018-008-8138-7 . ПМЦ 11131603 . ПМИД 18516494 . S2CID 8943181 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]