ПРДМ16

ПРДМ16
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2N1I
Идентификаторы
Псевдонимы	PRDM16 , CMD1LL, LVNC8, MEL1, PFM13, домен PR 16, домен PR/SET 16, KMT8F
Внешние идентификаторы	Опустить : 605557 ; МГИ : 1917923 ; Гомологен : 11139 ; Генные карты : PRDM16 ; ОМА : PRDM16 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 1 (human)
End	3,438,621 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 4 (mouse)
End	154,721,330 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	sural nerve; ; retinal pigment epithelium; ; ascending aorta; ; Descending thoracic aorta; ; ventricular zone; ; popliteal artery; ; tibial arteries; ; right coronary artery; ; pancreatic epithelial cell; ; left coronary artery;
	Top expressed in
	hand; ; retinal pigment epithelium; ; ascending aorta; ; Epithelium of choroid plexus; ; aortic valve; ; Rostral migratory stream; ; lateral septal nucleus; ; ciliary body; ; epithelium of stomach; ; lumbar subsegment of spinal cord;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; metal ion binding; sequence-specific DNA binding; SMAD binding; transcription coactivator activity; DNA binding; nucleic acid binding; histone-lysine N-methyltransferase activity; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; histone methyltransferase activity (H3-K9 specific); methyltransferase activity; transferase activity;
Cellular component	transcription repressor complex; nucleus; nucleoplasm; cytosol; aggresome; cytoplasm;
Biological process	positive regulation of brown fat cell differentiation; tongue development; transcription, DNA-templated; regulation of cellular respiration; somatic stem cell population maintenance; neurogenesis; stem cell population maintenance; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; white fat cell differentiation; roof of mouth development; negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway; brown fat cell differentiation; regulation of transcription, DNA-templated; cell differentiation; negative regulation of granulocyte differentiation; positive regulation of transcription, DNA-templated; negative regulation of transcription, DNA-templated; histone lysine methylation; positive regulation of cold-induced thermogenesis; histone H3-K9 methylation; heterochromatin organization; methylation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	63976
	70673
	ENSG00000142611
	ENSMUSG00000039410
	Q9HAZ2
	А2А935
	НМ_022114 ; НМ_199454
	НМ_001177995 ; НМ_001291026 ; НМ_001291029 ; НМ_027504
	НП_071397 ; НП_955533
	НП_001171466 ; НП_001277955 ; НП_001277958 ; НП_081780
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Домен PR, содержащий 16 , также известный как PRDM16 , представляет собой белок , который у человека кодируется PRDM16 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

PRDM16 действует как корегулятор транскрипции, который контролирует развитие бурых адипоцитов в бурой жировой ткани . ^{[ 7 ]} Ранее считалось, что этот корегулятор присутствует только в бурой жировой ткани, но более поздние исследования показали, что PRDM16 высоко экспрессируется в подкожной белой жировой ткани . также и ^{[ 7 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, представляет собой цинковых пальцев фактор транскрипции . ^{[ 6 ]} PRDM16 контролирует судьбу клеток между мышечными и бурыми жировыми клетками. Потеря PRDM16 из предшественников бурого жира вызывает потерю характеристик бурого жира и способствует дифференцировке мышц. ^{[ 8 ]}

Клиническое значение

Реципрокная транслокация t(1;3)(p36;q21) встречается при миелодиспластическом синдроме (МДС) и остром миелолейкозе (ОМЛ). Этот ген расположен вблизи точки разрыва 1p36.3 и, как было показано, специфически экспрессируется в t(1:3)(p36;q21)-положительных МДС/ОМЛ. Белок, кодируемый этим геном, содержит N-концевой PR-домен. Транслокация приводит к сверхэкспрессии укороченной версии этого белка, в которой отсутствует домен PR, который может играть важную роль в патогенезе МДС и ОМЛ. Сообщалось об альтернативных вариантах сплайсированных транскриптов, кодирующих различные изоформы. ^{[ 6 ]}

PRDM16 в BAT

Бурая жировая ткань (БЖТ) окисляет химическую энергию с образованием тепла. Эта тепловая энергия может действовать как защита от переохлаждения и ожирения. ^{[ 7 ]} PRDM16 значительно обогащен бурыми жировыми клетками по сравнению с белыми жировыми клетками и играет роль в этих термогенных процессах в бурой жировой ткани. PRDM16 активирует идентичность бурых жировых клеток и может контролировать определение судьбы бурого жира. Нокаут PRDM16 у мышей показывает потерю характеристик бурых клеток, показывая, что активность PRDM16 важна для определения судьбы бурой жировой ткани. ^{[ 9 ]} Бурые адипоциты состоят из плотно упакованных митохондрий, содержащих разобщающий белок 1 (UCP-1). UCP-1 играет ключевую роль в термогенезе бурых адипоцитов. Присутствие PRDM16 в жировой ткани вызывает значительную активацию термогенных генов, таких как UCP-1 и CIDEA , что приводит к выработке термогенного тепла. ^{[ 7 ]} Понимание и стимуляция термогенных процессов в бурых адипоцитах открывает возможные терапевтические возможности для лечения ожирения . ^{[ 9 ]}

ПРДМ16 в ВАТ

Белая жировая ткань (БЖТ) преимущественно хранит избыточную энергию в виде триглицеридов. ^{[ 7 ]}^{[ 9 ]} Недавние исследования показали, что PRDM16 присутствует в подкожной белой жировой ткани. ^{[ 7 ]} Активность PRDM16 в белой жировой ткани приводит к образованию бурых жироподобных адипоцитов в белой жировой ткани, называемых «бежевыми клетками» (также называемыми клетками Брайта). Эти бежевые клетки имеют фенотип, подобный коричневой жировой ткани, и действуют, включая термогенные процессы, наблюдаемые в BAT. ^{[ 7 ]} У мышей уровни PRDM16 в WAT, особенно в переднем подкожном WAT и пахово-подкожном WAT, составляют примерно 50% от уровня межлопаточного BAT, как по экспрессии белка, так и по количеству мРНК. ^{[ 7 ]} Эта экспрессия происходит преимущественно в зрелых адипоцитах. Трансгенных мышей aP2-PRDM16 использовали в исследовании для наблюдения за эффектами экспрессии PRDM16 в WAT. ^{[ 7 ]} Исследование показало, что присутствие PRDM16 в подкожном WAT приводит к значительному усилению регуляции селективных генов бурого жира UCP-1, CIDEA и PPARGC1A . Эта активация приводит к развитию BAT-подобного фенотипа в белой жировой ткани. Также было показано, что экспрессия PRDM16 защищает от увеличения веса, вызванного диетой с высоким содержанием жиров. ^{[ 7 ]} Эксперимент Сила и др. с трансгенными мышами aP2-PRDM16 и мышами дикого типа показал, что трансгенные мыши, питавшиеся диетой с 60% высоким содержанием жиров, имели значительно меньший набор веса, чем мыши дикого типа на той же диете. Сил и др. определили, что разница в весе не связана с различиями в потреблении пищи, поскольку и трансгенные мыши, и мыши дикого типа ежедневно потребляли одинаковое количество пищи. Скорее, разница в весе возникла из-за более высоких затрат энергии у трансгенных мышей. Другой эксперимент Сила и др. показал, что трансгенные мыши потребляли больший объем кислорода в течение 72 часов, чем мыши дикого типа, демонстрируя больший расход энергии у трансгенных мышей. ^{[ 7 ]} Этот расход энергии, в свою очередь, объясняется способностью PRDM16 усиливать экспрессию генов UCP-1 и CIDEA, что приводит к термогенезу.

Если WAT человека экспрессирует PRDM16, как у мышей, этот WAT может стать потенциальной мишенью для стимуляции расхода энергии и борьбы с ожирением.

Примечания

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000142611 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000039410 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Мотидзуки Н., Симидзу С., Нагасава Т., Танака Х., Таниваки М., Ёкота Дж., Моришита К. (ноябрь 2000 г.). «Новый ген MEL1, картированный на 1p36.3, в высокой степени гомологичен гену MDS1/EVI1 и транскрипционно активируется в t(1;3)(p36;q21)-положительных лейкозных клетках». Кровь . 96 (9): 3209–14. дои : 10.1182/blood.V96.9.3209 . ПМИД 11050005 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Ген Энтрез: PR-домен PRDM16, содержащий 16» .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к Патрик Сил, Хизер М. Конро, Дженнифер Эсталл, Шинго Каджимура, Андреа Фронтини, Джефф Ишибаши, Пол Коэн, Саверио Синти, Брюс М. Шпигельман (январь 2011 г.). «Prdm16 определяет термогенную программу подкожной белой жировой ткани у мышей» . Журнал клинических исследований . 121 (1): 96–105. дои : 10.1172/JCI44271 . ПМК 3007155 . ПМИД 21123942 .
^ Сил П., Бьорк Б., Ян В., Каджимура С., Чин С., Куанг С., Скиме А., Девараконда С., Конро Х.М., Эрджюмент-Бромаж Х., Темпст П., Рудницки М.А., Бейер Д.Р., Шпигельман Б.М. (август 2008 г.). «PRDM16 контролирует переключение между бурым жиром и скелетными мышцами» . Природа . 454 (7207): 961–7. Бибкод : 2008Natur.454..961S . дои : 10.1038/nature07182 . ПМЦ 2583329 . ПМИД 18719582 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Патрик Сил, Шинго Кадзимура, Венли Ян, Шерри Чин, Линдси Рохас, Марк Улдри, Женевьева Тавернье, Доминик Ланжен, Брюс М. Шпигельман (июль 2007 г.). «Транскрипционный контроль определения бурого жира с помощью PRDM16» . Клеточный метаболизм . 6 (1): 38–54. дои : 10.1016/j.cmet.2007.06.001 . ПМК 2564846 . ПМИД 17618855 .

Ссылки

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

Каджимура С. (2009). «Инициация переключения миобластов на бурый жир с помощью транскрипционного комплекса PRDM16–C/EBP-β» . Природа . 460 (7259): 1154–1158. Бибкод : 2009Natur.460.1154K . дои : 10.1038/nature08262 . ПМЦ 2754867 . ПМИД 19641492 .

Дальнейшее чтение

Накадзима Д., Окадзаки Н., Ямакава Х. и др. (2003). «Создание готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное курирование 330 клонов кДНК KIAA» . ДНК Рез . 9 (3): 99–106. дои : 10.1093/dnares/9.3.99 . ПМИД 12168954 .
Блумфилд С.Д., Гарсон О.М., Волин Л. и др. (1986). «t(1;3)(p36;q21) при остром нелимфоцитарном лейкозе: новая цитогенетико-клиникопатологическая ассоциация» . Кровь . 66 (6): 1409–13. дои : 10.1182/blood.V66.6.1409.1409 . ПМИД 4063527 .
Секер-Уокер Л.М., Мехта А., Бейн Б. (1996). «Нарушения 3q21 и 3q26 при миелоидных новообразованиях: исследование цитогенетической группы рака Соединенного Королевства». Бр. Дж. Гематол . 91 (2): 490–501. дои : 10.1111/j.1365-2141.1995.tb05329.x . ПМИД 8547101 . S2CID 23922912 .
Мотидзуки Н., Симидзу С., Нагасава Т. и др. (2000). «Новый ген MEL1, картированный на 1p36.3, в высокой степени гомологичен гену MDS1/EVI1 и транскрипционно активируется в t(1;3)(p36;q21)-положительных лейкозных клетках». Кровь . 96 (9): 3209–14. дои : 10.1182/blood.V96.9.3209 . ПМИД 11050005 .
Нагасе Т., Кикуно Р., Хаттори А. и др. (2001). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. XIX. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК головного мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . ДНК Рез . 7 (6): 347–55. дои : 10.1093/dnares/7.6.347 . ПМИД 11214970 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Синь П.Т., Три НК, Нагао Х. и др. (2003). «Точки останова на 1p36.3 у трех пациентов с МДС/ОМЛ (M4) с t(1;3)(p36;q21) встречаются в первом интроне и в 5'-области MEL1». Гены Хромосомы Рак . 36 (3): 313–6. дои : 10.1002/gcc.10176 . ПМИД 12557231 . S2CID 36946681 .
Нишиката И., Сасаки Х., Ига М. и др. (2004). «Новое семейство генов EVI1, MEL1, лишенное PR-домена (MEL1S), экспрессируется в основном при t(1;3)(p36;q21)-позитивном ОМЛ и блокирует миелоидную дифференцировку, индуцированную G-CSF» . Кровь . 102 (9): 3323–32. дои : 10.1182/кровь-2002-12-3944 . ПМИД 12816872 .
Ёсида М., Носака К., Ясунага Дж. и др. (2004). «Аберрантная экспрессия гена MEL1S, выявленная в связи с гипометилированием в клетках Т-клеточного лейкоза взрослых» . Кровь . 103 (7): 2753–60. дои : 10.1182/кровь-2003-07-2482 . HDL : 2433/147510 . ПМИД 14656887 .
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
Лахортига I, Агирре X, Беллони Е и др. (2004). «Молекулярная характеристика at(1;3)(p36;q21) у пациента с МДС. MEL1 широко экспрессируется в нормальных тканях, включая костный мозг, и не сверхэкспрессируется в клетках t(1;3)» . Онкоген . 23 (1): 311–6. дои : 10.1038/sj.onc.1206923 . hdl : 10171/19578 . ПМИД 14712237 .
Отт М.Г., Шмидт М., Шварцвальдер К. и др. (2006). «Коррекция Х-сцепленной хронической гранулематозной болезни с помощью генной терапии, дополненной инсерционной активацией MDS1-EVI1, PRDM16 или SETBP1». Нат. Мед . 12 (4): 401–9. дои : 10.1038/nm1393 . ПМИД 16582916 . S2CID 7601162 .
Стивенс-Кроеф М.Дж., Шенмейкерс Э.Ф., ван Краай М. и др. (2006). «Идентификация укороченных слитых транскриптов RUNX1 и RUNX1-PRDM16 в случае t(1;21)(p36;q22)-положительного ОМЛ, связанного с терапией». Лейкемия . 20 (6): 1187–9. дои : 10.1038/sj.leu.2404210 . ПМИД 16598304 . S2CID 40770542 .
Стифлер М.А., Гранчарова В.П., Севецка М., МакБит Г. (2007). «Раскрытие сетей количественного взаимодействия белков для доменов PDZ мыши с использованием белковых микрочипов» . Дж. Ам. хим. Соц . 128 (17): 5913–22. дои : 10.1021/ja060943h . ПМЦ 2533859 . ПМИД 16637659 .

Внешние ссылки

PRDM16+белок+человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000142611 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000039410 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11050005-5] Мотидзуки Н., Симидзу С., Нагасава Т., Танака Х., Таниваки М., Ёкота Дж., Моришита К. (ноябрь 2000 г.). «Новый ген MEL1, картированный на 1p36.3, в высокой степени гомологичен гену MDS1/EVI1 и транскрипционно активируется в t(1;3)(p36;q21)-положительных лейкозных клетках». Кровь . 96 (9): 3209–14. дои : 10.1182/blood.V96.9.3209 . ПМИД 11050005 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б ^с «Ген Энтрез: PR-домен PRDM16, содержащий 16» .

[prdm16-7] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я ^дж ^к Патрик Сил, Хизер М. Конро, Дженнифер Эсталл, Шинго Каджимура, Андреа Фронтини, Джефф Ишибаши, Пол Коэн, Саверио Синти, Брюс М. Шпигельман (январь 2011 г.). «Prdm16 определяет термогенную программу подкожной белой жировой ткани у мышей» . Журнал клинических исследований . 121 (1): 96–105. дои : 10.1172/JCI44271 . ПМК 3007155 . ПМИД 21123942 .

[pmid18719582-8] Сил П., Бьорк Б., Ян В., Каджимура С., Чин С., Куанг С., Скиме А., Девараконда С., Конро Х.М., Эрджюмент-Бромаж Х., Темпст П., Рудницки М.А., Бейер Д.Р., Шпигельман Б.М. (август 2008 г.). «PRDM16 контролирует переключение между бурым жиром и скелетными мышцами» . Природа . 454 (7207): 961–7. Бибкод : 2008Natur.454..961S . дои : 10.1038/nature07182 . ПМЦ 2583329 . ПМИД 18719582 .

[transcriptional-9] Jump up to: ^а ^б ^с Патрик Сил, Шинго Кадзимура, Венли Ян, Шерри Чин, Линдси Рохас, Марк Улдри, Женевьева Тавернье, Доминик Ланжен, Брюс М. Шпигельман (июль 2007 г.). «Транскрипционный контроль определения бурого жира с помощью PRDM16» . Клеточный метаболизм . 6 (1): 38–54. дои : 10.1016/j.cmet.2007.06.001 . ПМК 2564846 . ПМИД 17618855 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]