Egr1

Egr1
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	4R2A, 4R2C, 4R2D, 4X9J
Идентификаторы
Псевдонимы	Egr1 , at225, g0s30, krox-24, ngfi-a, tis8, zif-268, Znf225, Ранний реакция роста 1
Внешние идентификаторы	Омим : 128990 ; MGI : 95295 ; Гомологен : 56394 ; GeneCards : Egr1 ; OMA : EGR1 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 5 (human)
End	138,469,303 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 18 (mouse)
End	34,998,037 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	gastric mucosa; ; left uterine tube; ; gallbladder; ; saphenous vein; ; vena cava; ; skin of thigh; ; nipple; ; periodontal fiber; ; seminal vesicula; ; renal medulla;
	Top expressed in
	granulocyte; ; prefrontal cortex; ; dorsal striatum; ; cingulate gyrus; ; primary motor cortex; ; visual cortex; ; cumulus cell; ; nucleus accumbens; ; primary visual cortex; ; superior frontal gyrus;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	DNA binding; sequence-specific DNA binding; RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; DNA-binding transcription factor activity; DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; transcription cis-regulatory region binding; metal ion binding; transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding; protein binding; histone acetyltransferase binding; nucleic acid binding; hemi-methylated DNA-binding; double-stranded methylated DNA binding; zinc ion binding; promoter-specific chromatin binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	nucleoplasm; nucleus; cytoplasm;
Biological process	regulation of apoptotic process; cellular response to organic substance; regulation of transcription, DNA-templated; glomerular mesangial cell proliferation; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; response to glucose; transcription by RNA polymerase II; BMP signaling pathway; transcription, DNA-templated; positive regulation of transcription, DNA-templated; response to insulin; interleukin-1-mediated signaling pathway; cellular response to mycophenolic acid; T cell differentiation; type I interferon signaling pathway; positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation; cellular response to gamma radiation; regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia; skeletal muscle cell differentiation; cellular response to heparin; regulation of protein sumoylation; negative regulation of canonical Wnt signaling pathway; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; cellular response to interleukin-8; response to hypoxia; response to ischemia; estrous cycle; positive regulation of hormone biosynthetic process; regulation of progesterone biosynthetic process; regulation of transcription by RNA polymerase II; positive regulation of gene expression; circadian regulation of gene expression; locomotor rhythm; rhythmic process; circadian temperature homeostasis; positive regulation of neuron death; positive regulation of tau-protein kinase activity;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1958
	13653
	ENSG00000120738
	Ensmusg000000384418
	P18146
	P08046
	NM_001964
	NM_007913
	NP_001955
	NP_031939
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

EGR-1 (белок 1-го роста), также известный как ZNF268 (белок цинкового пальца 268) или NGFI-A (индуцированный фактор роста нерва), является белком , который у людей кодируется EGR1 геном .

млекопитающих EGR-1 является фактором транскрипции . Это также называлось Krox-24, TIS8 и Zenk . Первоначально он был обнаружен у мышей .

Функция

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству EGR Cys ₂ его ₂ -типа цинковых белков. Это ядерный белок и функционирует как регулятор транскрипции. Продукты генов -мишеней, которые он активирует, необходимы для дифференцировки и митогенеза . Исследования показывают, что это ген -супрессор опухоли . ^{[ 5 ]}

Он имеет четкую структуру экспрессии в мозге, и было показано, что его индукция связана с нейрональной активностью. Несколько исследований показывают, что это играет роль в нейрональной пластичности . ^{[ 6 ]}

EGR-1 является важным фактором транскрипции в формировании памяти . Он играет важную роль в мозга перепрограммировании нейронов эпигенетическом . EGR-1 рекрутирует белок TET1 , который инициирует путь деметилирования ДНК . ^{[ 7 ]} Удаление метилирования ДНК позволяет активировать нижестоящие гены. EGR-1 вместе с TET1 используется для программирования распределения сайтов метилирования на ДНК мозга во время развития мозга, в обучении и в долгосрочной нейрональной пластичности . Также было обнаружено, что EGR-1 регулирует экспрессию VAMP2 (белок, важный для синаптического экзоцитоза ). ^{[ 8 ]}

Помимо его функции в нервной системе, существуют значительные доказательства того, что EGR-1 вместе с его паралогом EGR-2 индуцируется при фиброзных заболеваниях, имеет ключевые функции в фибриногенезе и необходим для экспериментально индуцированного фиброза у мышей. ^{[ 9 ]}

Это также может быть вовлечено в функцию яичников ^{[ 10 ]}

Структура

ДНК-связывающий домен EGR-1 состоит из трех доменов цинкового пальца Cys ₂ его ₂ типа. Аминокислотная структура домена цинкового пальца EGR-1 приведена в этой таблице с использованием одноразового аминокислотного кода. Пальцы от 1 до 3 обозначены F1 - F3. Числа относятся к остаткам (аминокислотам) альфа -спирали (нет нуля). Остатки, помеченные «X», не являются частью цинковых пальцев, а скорее служат, чтобы соединить их все вместе.


																				-1	1	2	3	4	5	6	7	8	9			х	х	х	х	х
F1	М	А	И	И	Ведущий	П	И	А	В	П	V	И	С	В	Дюймовый	Ведущий	Ведущий	Фон	С	Ведущий	С	Дюймовый	И	Л	Т	Ведущий	ЧАС	я	Ведущий	я	ЧАС	Т	Глин	Q.	K	П
F2							Фон	Q.	В	Ведущий	я	-	-	В	М	Ведущий	Не	Фон	С	Ведущий	С	Дюймовый	ЧАС	Л	Т	Т	ЧАС	я	Ведущий	Т	ЧАС	Т	Глин	И	K	П
f3							Фон	А	В	Дюймовый	я	-	-	В	Глин	Ведущий	K	Фон	А	Ведущий	С	Дюймовый	И	Ведущий	K	Ведущий	ЧАС	Т	K	я	ЧАС	Л	Ведущий	Q.	K	Дюймовый

Аминокислотный ключ: аланин (ALA, A), аргинин (Arg, R), аспарагин (ASN, N), аспартациновая кислота (ASP, D), цистеин (Cys, c), глутаминовая кислота (Glu, E), глутамин ( Gln, q), глицин (Gly, g), гистидин (His, H), изолецин (Ile, I), лейцин (leu, l), лизин (Lys, k), метионин (Met, m), фенилаланин (Phe , F), пролин (pro, p), серин (ser, s), треонин (Thr, t), триптофан (Trp, W), тирозин (Tyr, Y), валин (val, v)

Кристаллическая структура ДНК, связанной с доменом цинкового пальца EGR-1, была решена в 1991 году, что значительно помогало ранним исследованиям в ДНК-связывающих доменах цинковых пальцев. ^{[ 11 ]}

Белок EGR-1 человека содержит (в необработанной форме) 543 аминокислоты с молекулярной массой 57,5 кДа , а ген расположен на хромосоме 5 .

Специфичность связывания ДНК

EGR-1 связывает последовательность ДНК 5'-GCG TGG GCG-3 '(и похожие такие, как 5'-GCG GGG GCG-3'). ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]} Положение F1 6 связывает 5 'г (первое количество базовых слева); Положение 3 F1 ко второму базу (C); Положение F1 -1 связывается с третьей позицией (G); Положение F2 6 до четвертого базы (T); и так далее.

Взаимодействия

Было показано, что EGR-1 взаимодействует :

Смотрите также

Цинковый палец

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000120738 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000038418 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Ген Entrez: EGR1 Ранний рост реакции 1» .
^ Клапска Е., Качмарек Л (ноябрь 2004 г.). «Ген для нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: ZIF268/EGR-1/NGFI-A/KROX-24/TIS8/ZENK?». Прогресс в нейробиологии . 74 (4): 183–211. doi : 10.1016/j.pneurobio.2004.05.007 . PMID 15556287 . S2CID 39251786 .
^ Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun Ma, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H. EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при нейрональной активности. Nat Commun. 2019 29 августа; 10 (1): 3892. doi: 10.1038/s41467-019-11905-3. PMID 31467272
^ Петерсон Д., Тиль Г (август 1996 г.). «Роль белков цинкового пальца SP1 и ZIF268/EGR-1 в регуляции транскрипции гена SynaptObrevin II человека» . Европейский журнал биохимии . 239 (3): 827–34. doi : 10.1111/j.1432-1033.1996.0827u.x . PMID 8774732 .
^ Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (май 2011 г.). «Ранние факторы транскрипции роста: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии» . Матричная биология . 30 (4): 235–42. doi : 10.1016/j.matbio.2011.03.005 . PMC 3135176 . PMID 21511034 .
^ Хан П., Герреро-Нетро Х, Эстенн А, Као Б., Прайс К.А. (октябрь 2017 г.). «Регуляция и действие раннего ответа на рост 1 в клетках бычьей гранулезы» . Размножение . 154 (4): 547–557. doi : 10.1530/rep-17-0243 . PMID 28733346 .
^ Pavletich NP, Pabo Co (май 1991). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса ZIF268-ДНК в 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. doi : 10.1126/science.2028256 . PMID 2028256 . S2CID 38000717 .
^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК индуцируемого фактором роста белка ZIF268» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Bibcode : 1989pnas ... 86.8737c . doi : 10.1073/pnas.86.22.8737 . PMC 298363 . PMID 2510170 .
^ Swirnoff AH, Milbrandt J (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и связанные с ним факторы транскрипции цинкового пальца» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (4): 2275–87. doi : 10.1128/mcb.15.4.2275 . PMC 230455 . PMID 7891721 .
^ Zhang F, Lin M, Abidi P, Thiel G, Liu J (ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие EGR1 и C/ebpbeta приводит к транскрипционной активации гена липопротеина низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 278 (45): 44246–54. doi : 10.1074/jbc.m305564200 . PMID 12947119 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Silverman ES, Du J, Williams AJ, Wadgaonkar R, Drazen JM, Collins T (ноябрь 1998 г.). «Кэмп-ответ-элементо-связывающий белок-связывающий белок (CBP) и P300 являются транскрипционными ко-активаторами раннего фактора реакции-1 (EGR-1)» . Биохимический журнал . 336 (Pt 1) (1): 183–9. doi : 10.1042/bj3360183 . PMC 1219856 . PMID 9806899 .
^ Руссо М.В., Севетсон Б.Р., Милбрандт Дж (июль 1995 г.). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A- и Krox20» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (15): 6873–7. Bibcode : 1995pnas ... 92.6873r . doi : 10.1073/pnas.92.15.6873 . PMC 41432 . PMID 7624335 .
^ Лю Дж., Гроган Л., Нау М.М., Аллегра К.Дж., Чу Е., Райт Дж.Дж. (апрель 2001 г.). «Физическое взаимодействие между p53 и первичным ответом геном Egr-1». Международный журнал онкологии . 18 (4): 863–70. doi : 10.3892/ijo.18.4.863 . PMID 11251186 .
^ Bae MH, Jeong CH, Kim SH, Bae Mk, Jeong JW, Ahn My, et al. (Октябрь 2002). «Регулирование EGR-1 в связи с ассоциацией с компонентом протеасомы C8» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - исследования молекулярных клеток . 1592 (2): 163–7. doi : 10.1016/s0167-4889 (02) 00310-5 . PMID 12379479 .

Дальнейшее чтение

Хит Р.Г. (март 1975 г.). «Функция мозга и поведение. I. эмоция и сенсорные явления у психотических пациентов и у экспериментальных животных». Журнал нервных и психических заболеваний . 160 (3): 159–75. doi : 10.1097/00005053-197503000-00002 . PMID 1090709 . S2CID 23024944 .
Silverman ES, Collins T (март 1999 г.). «Пути Egr-1-опосредованной транскрипции генов в сосудистой биологии» . Американский журнал патологии . 154 (3): 665–70. doi : 10.1016/s0002-9440 (10) 65312-6 . PMC 1866415 . PMID 10079243 .
Adamson ED, Mercola D (2002). «Фактор транскрипции EGR1: множественная роль в росте и выживаемости опухолевых клеток простаты». Опухолевая биология . 23 (2): 93–102. doi : 10.1159/000059711 . PMID 12065847 . S2CID 46795197 .
Blaschke F, Bruemmer D, Law Re (август 2004 г.). «EGR-1 является основным сосудистым патогенным фактором транскрипции при атеросклерозе и рестенозе». Отзывы о эндокринных и метаболических расстройствах . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023/b: remd.0000032413.88756.ee . PMID 15211096 . S2CID 11968305 .
Абдулкадир С.А. (ноябрь 2005 г.). «Механизмы онкогенеза простаты: роли транскрипционных факторов NKX3.1 и EGR1». Анналы нью -йоркской академии наук . 1059 (1): 33–40. Bibcode : 2005nyasa1059 ... 33a . doi : 10.1196/annals.1339.018 . PMID 16382041 . S2CID 6774788 .
Khachigian LM (февраль 2006 г.). «Ранний реагирование на рост-1 в сердечно-сосудистой патобиологии» . Исследование циркуляции . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161/01.res.0000200177.53882.c3 . PMID 16456111 .

Внешние ссылки

ZIF+268+белок,+человек библиотеки США в Национальной библиотеке Медицинской (Mesh)
ФАКТИЛЬНЫЙ КОМПЛЕКТ EGR-1
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для Uniprot : P18146 (белок от реагирования на ранний рост человека) в PDBE-KB .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P08046 (белок отклика мыши раннего роста) в PDBE-KB .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000120738 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000038418 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[5] «Ген Entrez: EGR1 Ранний рост реакции 1» .

[6] Клапска Е., Качмарек Л (ноябрь 2004 г.). «Ген для нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: ZIF268/EGR-1/NGFI-A/KROX-24/TIS8/ZENK?». Прогресс в нейробиологии . 74 (4): 183–211. doi : 10.1016/j.pneurobio.2004.05.007 . PMID 15556287 . S2CID 39251786 .

[7] Sun Z, Xu X, He J, Murray A, Sun Ma, Wei X, Wang X, McCoig E, Xie E, Jiang X, Li L, Zhu J, Chen J, Morozov A, Pickrell AM, Theus MH, Xie H. EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при нейрональной активности. Nat Commun. 2019 29 августа; 10 (1): 3892. doi: 10.1038/s41467-019-11905-3. PMID 31467272

[8] Петерсон Д., Тиль Г (август 1996 г.). «Роль белков цинкового пальца SP1 и ZIF268/EGR-1 в регуляции транскрипции гена SynaptObrevin II человека» . Европейский журнал биохимии . 239 (3): 827–34. doi : 10.1111/j.1432-1033.1996.0827u.x . PMID 8774732 .

[9] Bhattacharyya S, Wu M, Fang F, Tourtellotte W, Feghali-Bostwick C, Varga J (май 2011 г.). «Ранние факторы транскрипции роста: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии» . Матричная биология . 30 (4): 235–42. doi : 10.1016/j.matbio.2011.03.005 . PMC 3135176 . PMID 21511034 .

[10] Хан П., Герреро-Нетро Х, Эстенн А, Као Б., Прайс К.А. (октябрь 2017 г.). «Регуляция и действие раннего ответа на рост 1 в клетках бычьей гранулезы» . Размножение . 154 (4): 547–557. doi : 10.1530/rep-17-0243 . PMID 28733346 .

[11] Pavletich NP, Pabo Co (май 1991). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса ZIF268-ДНК в 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. doi : 10.1126/science.2028256 . PMID 2028256 . S2CID 38000717 .

[12] Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК индуцируемого фактором роста белка ZIF268» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Bibcode : 1989pnas ... 86.8737c . doi : 10.1073/pnas.86.22.8737 . PMC 298363 . PMID 2510170 .

[13] Swirnoff AH, Milbrandt J (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и связанные с ним факторы транскрипции цинкового пальца» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (4): 2275–87. doi : 10.1128/mcb.15.4.2275 . PMC 230455 . PMID 7891721 .

[pmid12947119-14] Zhang F, Lin M, Abidi P, Thiel G, Liu J (ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие EGR1 и C/ebpbeta приводит к транскрипционной активации гена липопротеина низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 278 (45): 44246–54. doi : 10.1074/jbc.m305564200 . PMID 12947119 .

[pmid9806899-15] Jump up to: ^а ^{беременный} Silverman ES, Du J, Williams AJ, Wadgaonkar R, Drazen JM, Collins T (ноябрь 1998 г.). «Кэмп-ответ-элементо-связывающий белок-связывающий белок (CBP) и P300 являются транскрипционными ко-активаторами раннего фактора реакции-1 (EGR-1)» . Биохимический журнал . 336 (Pt 1) (1): 183–9. doi : 10.1042/bj3360183 . PMC 1219856 . PMID 9806899 .

[pmid7624335-16] Руссо М.В., Севетсон Б.Р., Милбрандт Дж (июль 1995 г.). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A- и Krox20» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (15): 6873–7. Bibcode : 1995pnas ... 92.6873r . doi : 10.1073/pnas.92.15.6873 . PMC 41432 . PMID 7624335 .

[pmid11251186-17] Лю Дж., Гроган Л., Нау М.М., Аллегра К.Дж., Чу Е., Райт Дж.Дж. (апрель 2001 г.). «Физическое взаимодействие между p53 и первичным ответом геном Egr-1». Международный журнал онкологии . 18 (4): 863–70. doi : 10.3892/ijo.18.4.863 . PMID 11251186 .

[pmid12379479-18] Bae MH, Jeong CH, Kim SH, Bae Mk, Jeong JW, Ahn My, et al. (Октябрь 2002). «Регулирование EGR-1 в связи с ассоциацией с компонентом протеасомы C8» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - исследования молекулярных клеток . 1592 (2): 163–7. doi : 10.1016/s0167-4889 (02) 00310-5 . PMID 12379479 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]