РОГ1

РОГ1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	4R2A, 4R2C, 4R2D, 4X9J
Идентификаторы
Псевдонимы	EGR1 , AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, реакция раннего роста 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 128990 ; МГИ : 95295 ; Гомологен : 56394 ; Генные карты : EGR1 ; ОМА : EGR1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 5 (human)
End	138,469,303 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 18 (mouse)
End	34,998,037 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	gastric mucosa; ; left uterine tube; ; gallbladder; ; saphenous vein; ; vena cava; ; skin of thigh; ; nipple; ; periodontal fiber; ; seminal vesicula; ; renal medulla;
	Top expressed in
	granulocyte; ; prefrontal cortex; ; dorsal striatum; ; cingulate gyrus; ; primary motor cortex; ; visual cortex; ; cumulus cell; ; nucleus accumbens; ; primary visual cortex; ; superior frontal gyrus;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; sequence-specific DNA binding; RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; DNA-binding transcription factor activity; DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific; transcription cis-regulatory region binding; metal ion binding; transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding; protein binding; histone acetyltransferase binding; nucleic acid binding; hemi-methylated DNA-binding; double-stranded methylated DNA binding; zinc ion binding; promoter-specific chromatin binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	nucleoplasm; nucleus; cytoplasm;
Biological process	regulation of apoptotic process; cellular response to organic substance; regulation of transcription, DNA-templated; glomerular mesangial cell proliferation; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; response to glucose; transcription by RNA polymerase II; BMP signaling pathway; transcription, DNA-templated; positive regulation of transcription, DNA-templated; response to insulin; interleukin-1-mediated signaling pathway; cellular response to mycophenolic acid; T cell differentiation; type I interferon signaling pathway; positive regulation of glomerular metanephric mesangial cell proliferation; cellular response to gamma radiation; regulation of transcription from RNA polymerase II promoter in response to hypoxia; skeletal muscle cell differentiation; cellular response to heparin; regulation of protein sumoylation; negative regulation of canonical Wnt signaling pathway; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; cellular response to interleukin-8; response to hypoxia; response to ischemia; estrous cycle; positive regulation of hormone biosynthetic process; regulation of progesterone biosynthetic process; regulation of transcription by RNA polymerase II; positive regulation of gene expression; circadian regulation of gene expression; locomotor rhythm; rhythmic process; circadian temperature homeostasis; positive regulation of neuron death; positive regulation of tau-protein kinase activity;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1958
	13653
	ENSG00000120738
	ENSMUSG00000038418
	P18146
	P08046
	НМ_001964
	НМ_007913
	НП_001955
	НП_031939
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

EGR-1 (белок 1 реакции раннего роста), также известный как ZNF268 (белок 268 цинковых пальцев) или NGFI-A (белок А, индуцированный фактором роста нервов), представляет собой белок , который у людей кодируется EGR1 геном .

млекопитающих EGR-1 представляет собой фактор транскрипции . Его также называли Krox-24, TIS8 и ZENK . Первоначально он был обнаружен у мышей .

Функция

Белок, кодируемый этим геном, принадлежит к семейству EGR Cys ₂ His ₂ -типа белков цинковых пальцев . Это ядерный белок , выполняющий функцию регулятора транскрипции. Продукты генов-мишеней, которые он активирует, необходимы для дифференцировки и митогенеза . Исследования показывают, что это ген-супрессор опухолей . ^{[ 5 ]}

Он имеет особый характер экспрессии в мозге, и было показано, что его индукция связана с активностью нейронов. Некоторые исследования предполагают, что он играет роль в пластичности нейронов . ^{[ 6 ]}

EGR-1 является важным транскрипционным фактором формирования памяти . Он играет важную роль в головного мозга перепрограммировании нейронов эпигенетическом . EGR-1 рекрутирует белок TET1 , который инициирует путь деметилирования ДНК . ^{[ 7 ]} Удаление меток метилирования ДНК позволяет активировать нижестоящие гены. EGR-1 вместе с TET1 используется для программирования распределения сайтов метилирования в ДНК мозга во время развития мозга, обучения и долгосрочной пластичности нейронов . Также было обнаружено, что EGR-1 регулирует экспрессию VAMP2 (белка, важного для синаптического экзоцитоза ). ^{[ 8 ]}

Помимо его функции в нервной системе, имеются убедительные доказательства того, что EGR-1 вместе с его паралогом EGR-2 индуцируется при фиброзных заболеваниях, выполняет ключевые функции в фибриногенезе и необходим для экспериментально индуцированного фиброза у мышей. ^{[ 9 ]}

Он также может быть вовлечен в функцию яичников. ^{[ 10 ]}

Структура

ДНК-связывающий домен EGR-1 состоит из трех доменов с цинковыми пальцами типа Cys ₂ His ₂ . Аминокислотная структура домена цинкового пальца EGR-1 представлена в этой таблице с использованием однобуквенного аминокислотного кода. Пальцы с 1 по 3 обозначаются f1 – f3. Цифры относятся к остаткам (аминокислотам) альфа-спирали (нуля нет). Остатки, отмеченные знаком «х», не являются частью цинковых пальцев, а служат для соединения их всех вместе.


																				-1	1	2	3	4	5	6	7	8	9			х	х	х	х	х
ф1	М	А	И	И	Р	П	И	А	С	П	V	И	С	С	Д	Р	Р	Ф	С	Р	С	Д	И	л	Т	Р	ЧАС	я	Р	я	ЧАС	Т	Г	вопрос	К	П
f2							Ф	вопрос	С	Р	я	-	-	С	М	Р	Н	Ф	С	Р	С	Д	ЧАС	л	Т	Т	ЧАС	я	Р	Т	ЧАС	Т	Г	И	К	П
f3							Ф	А	С	Д	я	-	-	С	Г	Р	К	Ф	А	Р	С	Д	И	Р	К	Р	ЧАС	Т	К	я	ЧАС	л	Р	вопрос	К	Д

Ключевые аминокислоты: аланин (Ala, A), аргинин (Arg, R), аспарагин (Asn, N), аспарагиновая кислота (Asp, D), цистеин (Cys, C), глутаминовая кислота (Glu, E), глутамин ( Gln, Q), глицин (Gly, G), гистидин (His, H), изолейцин (Ile, I), лейцин (Leu, L), лизин (Lys, K), метионин (Met, M), фенилаланин (Phe, F), пролин (Pro, P), серин (Ser, S), треонин (Thr, T), триптофан (Trp, W), тирозин ( Тир, Ю), Валин (Вал, В)

Кристаллическая структура ДНК, связанной доменом цинкового пальца EGR-1, была расшифрована в 1991 году, что во многом помогло ранним исследованиям ДНК-связывающих доменов цинкового пальца. ^{[ 11 ]}

Белок EGR-1 человека содержит (в непроцессированном виде) 543 аминокислоты с молекулярной массой 57,5 кДа , ген расположен на хромосоме 5 .

Специфичность связывания ДНК

EGR-1 связывает последовательность ДНК 5'-GCG TGG GCG-3' (и подобные последовательности, такие как 5'-GCG GGG GCG-3'). ^{[ 12 ]}^{[ 13 ]} Позиция 6 f1 связывает 5'G (первый счет оснований слева); позиция f1 3 до второй базы (С); позиция f1 -1 связывается с третьей позицией (G); f2 позиция 6 до четвертой базы (Т); и так далее.

Взаимодействия

Было показано, что EGR-1 взаимодействует с:

См. также

Цинковый палец

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000120738 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038418 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ген Энтрез: реакция раннего роста EGR1 1» .
^ Кнапска Э., Качмарек Л. (ноябрь 2004 г.). «Ген нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: Zif268/Egr-1/NGFI-A/Krox-24/TIS8/ZENK?». Прогресс нейробиологии . 74 (4): 183–211. doi : 10.1016/j.pneurobio.2004.05.007 . ПМИД 15556287 . S2CID 39251786 .
^ Сунь Z, Сюй X, Хэ Дж, Мюррей А, Сунь М.А., Вэй X, Ван X, Маккойг Е, Се Е, Цзян X, Ли Л, Чжу Дж, Чен Дж, Морозов А, Пикрелл А.М., Теус М.Х., Се H. EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов. Нац Коммун. 29 августа 2019 г.; 10 (1): 3892. дои: 10.1038/s41467-019-11905-3. ПМИД 31467272
^ Петерсон Д., Тиль Г. (август 1996 г.). «Роль белков цинковых пальцев Sp1 и zif268/egr-1 в регуляции транскрипции гена синаптобревина II человека» . Европейский журнал биохимии . 239 (3): 827–34. дои : 10.1111/j.1432-1033.1996.0827u.x . ПМИД 8774732 .
^ Бхаттачария С., Ву М., Фанг Ф., Туртеллотт В., Фегхали-Боствик К., Варга Дж. (май 2011 г.). «Факторы транскрипции реакции раннего роста: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии» . Матричная биология . 30 (4): 235–42. дои : 10.1016/j.matbio.2011.03.005 . ПМЦ 3135176 . ПМИД 21511034 .
^ Хан П., Герреро-Нетро Х., Этьен А., Цао Б., Прайс Калифорния (октябрь 2017 г.). «Регуляция и действие реакции раннего роста 1 в клетках бычьей гранулезы» . Размножение . 154 (4): 547–557. дои : 10.1530/REP-17-0243 . ПМИД 28733346 .
^ Павлетич Н.П., Пабо Кол. (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. дои : 10.1126/science.2028256 . ПМИД 2028256 . S2CID 38000717 .
^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт ДНК-связывания белка Zif268, индуцируемого фактором роста» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Бибкод : 1989PNAS...86.8737C . дои : 10.1073/pnas.86.22.8737 . ПМК 298363 . ПМИД 2510170 .
^ Свирнофф А.Х., Милбрандт Дж. (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и родственных факторов транскрипции цинковых пальцев» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (4): 2275–87. дои : 10.1128/mcb.15.4.2275 . ПМК 230455 . ПМИД 7891721 .
^ Чжан Ф., Линь М., Абиди П., Тиль Г., Лю Дж. (ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие Egr1 и c/EBPbeta приводит к активации транскрипции гена рецептора липопротеинов низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 278 (45): 44246–54. дои : 10.1074/jbc.M305564200 . ПМИД 12947119 .
^ Jump up to: ^а ^б Сильверман Э.С., Ду Дж., Уильямс А.Дж., Вадгаонкар Р., Дразен Дж.М., Коллинз Т. (ноябрь 1998 г.). «Белок, связывающий белок-связывающий элемент ответа цАМФ (CBP) и p300, являются коактиваторами транскрипции фактора раннего ответа роста-1 (Egr-1)» . Биохимический журнал . 336 (Часть 1) (1): 183–9. дои : 10.1042/bj3360183 . ПМК 1219856 . ПМИД 9806899 .
^ Руссо М.В., Севетсон Б.Р., Милбрандт Дж. (июль 1995 г.). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A и Krox20» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (15): 6873–7. Бибкод : 1995PNAS...92.6873R . дои : 10.1073/pnas.92.15.6873 . ПМЦ 41432 . ПМИД 7624335 .
^ Лю Дж., Гроган Л., Нау М.М., Аллегра С.Дж., Чу Э., Райт Дж.Дж. (апрель 2001 г.). «Физическое взаимодействие между p53 и геном первичного ответа Egr-1». Международный журнал онкологии . 18 (4): 863–70. дои : 10.3892/ijo.18.4.863 . ПМИД 11251186 .
^ Пэ М.Х., Чон Ч., Ким Ш., Пэ М.К., Чон Дж.В., Ан М.И. и др. (октябрь 2002 г.). «Регуляция Egr-1 путем ассоциации с протеасомным компонентом C8» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1592 (2): 163–7. дои : 10.1016/s0167-4889(02)00310-5 . ПМИД 12379479 .

Дальнейшее чтение

Хит Р.Г. (март 1975 г.). «Функция мозга и поведение. I. Эмоции и сенсорные явления у психотических пациентов и у экспериментальных животных». Журнал нервных и психических заболеваний . 160 (3): 159–75. дои : 10.1097/00005053-197503000-00002 . ПМИД 1090709 . S2CID 23024944 .
Сильверман Э.С., Коллинз Т. (март 1999 г.). «Пути транскрипции гена, опосредованной Egr-1, в сосудистой биологии» . Американский журнал патологии . 154 (3): 665–70. дои : 10.1016/S0002-9440(10)65312-6 . ПМК 1866415 . ПМИД 10079243 .
Адамсон ЭД, Меркола Д. (2002). «Фактор транскрипции Egr1: многочисленные роли в росте и выживании опухолевых клеток простаты». Биология опухолей . 23 (2): 93–102. дои : 10.1159/000059711 . ПМИД 12065847 . S2CID 46795197 .
Блашке Ф., Брюммер Д., Ло Р.Э. (август 2004 г.). «Egr-1 является основным сосудистым патогенным транскрипционным фактором при атеросклерозе и рестенозе». Обзоры по эндокринным и метаболическим расстройствам . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023/B:REMD.0000032413.88756.ee . ПМИД 15211096 . S2CID 11968305 .
Абдулкадир С.А. (ноябрь 2005 г.). «Механизмы онкогенеза простаты: роль факторов транскрипции Nkx3.1 и Egr1». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1059 (1): 33–40. Бибкод : 2005NYASA1059...33A . дои : 10.1196/анналы.1339.018 . ПМИД 16382041 . S2CID 6774788 .
Хачигян Л.М. (февраль 2006 г.). «Ранняя реакция роста-1 в сердечно-сосудистой патобиологии» . Исследование кровообращения . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161/01.RES.0000200177.53882.c3 . ПМИД 16456111 .

Внешние ссылки

Zif+268+белок,+человек в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
ФакторБук Егр-1
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P18146 (белок 1 реакции раннего роста человека) на PDBe-KB .
Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P08046 (белок 1 реакции раннего роста мыши) на PDBe-KB .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000120738 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000038418 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[5] «Ген Энтрез: реакция раннего роста EGR1 1» .

[6] Кнапска Э., Качмарек Л. (ноябрь 2004 г.). «Ген нейрональной пластичности в мозге млекопитающих: Zif268/Egr-1/NGFI-A/Krox-24/TIS8/ZENK?». Прогресс нейробиологии . 74 (4): 183–211. doi : 10.1016/j.pneurobio.2004.05.007 . ПМИД 15556287 . S2CID 39251786 .

[7] Сунь Z, Сюй X, Хэ Дж, Мюррей А, Сунь М.А., Вэй X, Ван X, Маккойг Е, Се Е, Цзян X, Ли Л, Чжу Дж, Чен Дж, Морозов А, Пикрелл А.М., Теус М.Х., Се H. EGR1 рекрутирует TET1 для формирования метилома мозга во время развития и при активности нейронов. Нац Коммун. 29 августа 2019 г.; 10 (1): 3892. дои: 10.1038/s41467-019-11905-3. ПМИД 31467272

[8] Петерсон Д., Тиль Г. (август 1996 г.). «Роль белков цинковых пальцев Sp1 и zif268/egr-1 в регуляции транскрипции гена синаптобревина II человека» . Европейский журнал биохимии . 239 (3): 827–34. дои : 10.1111/j.1432-1033.1996.0827u.x . ПМИД 8774732 .

[9] Бхаттачария С., Ву М., Фанг Ф., Туртеллотт В., Фегхали-Боствик К., Варга Дж. (май 2011 г.). «Факторы транскрипции реакции раннего роста: ключевые медиаторы фиброза и новые мишени для антифиброзной терапии» . Матричная биология . 30 (4): 235–42. дои : 10.1016/j.matbio.2011.03.005 . ПМЦ 3135176 . ПМИД 21511034 .

[10] Хан П., Герреро-Нетро Х., Этьен А., Цао Б., Прайс Калифорния (октябрь 2017 г.). «Регуляция и действие реакции раннего роста 1 в клетках бычьей гранулезы» . Размножение . 154 (4): 547–557. дои : 10.1530/REP-17-0243 . ПМИД 28733346 .

[11] Павлетич Н.П., Пабо Кол. (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. дои : 10.1126/science.2028256 . ПМИД 2028256 . S2CID 38000717 .

[12] Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт ДНК-связывания белка Zif268, индуцируемого фактором роста» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Бибкод : 1989PNAS...86.8737C . дои : 10.1073/pnas.86.22.8737 . ПМК 298363 . ПМИД 2510170 .

[13] Свирнофф А.Х., Милбрандт Дж. (апрель 1995 г.). «ДНК-связывающая специфичность NGFI-A и родственных факторов транскрипции цинковых пальцев» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (4): 2275–87. дои : 10.1128/mcb.15.4.2275 . ПМК 230455 . ПМИД 7891721 .

[pmid12947119-14] Чжан Ф., Линь М., Абиди П., Тиль Г., Лю Дж. (ноябрь 2003 г.). «Специфическое взаимодействие Egr1 и c/EBPbeta приводит к активации транскрипции гена рецептора липопротеинов низкой плотности человека» . Журнал биологической химии . 278 (45): 44246–54. дои : 10.1074/jbc.M305564200 . ПМИД 12947119 .

[pmid9806899-15] Jump up to: ^а ^б Сильверман Э.С., Ду Дж., Уильямс А.Дж., Вадгаонкар Р., Дразен Дж.М., Коллинз Т. (ноябрь 1998 г.). «Белок, связывающий белок-связывающий элемент ответа цАМФ (CBP) и p300, являются коактиваторами транскрипции фактора раннего ответа роста-1 (Egr-1)» . Биохимический журнал . 336 (Часть 1) (1): 183–9. дои : 10.1042/bj3360183 . ПМК 1219856 . ПМИД 9806899 .

[pmid7624335-16] Руссо М.В., Севетсон Б.Р., Милбрандт Дж. (июль 1995 г.). «Идентификация NAB1, репрессора транскрипции, опосредованной NGFI-A и Krox20» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (15): 6873–7. Бибкод : 1995PNAS...92.6873R . дои : 10.1073/pnas.92.15.6873 . ПМЦ 41432 . ПМИД 7624335 .

[pmid11251186-17] Лю Дж., Гроган Л., Нау М.М., Аллегра С.Дж., Чу Э., Райт Дж.Дж. (апрель 2001 г.). «Физическое взаимодействие между p53 и геном первичного ответа Egr-1». Международный журнал онкологии . 18 (4): 863–70. дои : 10.3892/ijo.18.4.863 . ПМИД 11251186 .

[pmid12379479-18] Пэ М.Х., Чон Ч., Ким Ш., Пэ М.К., Чон Дж.В., Ан М.И. и др. (октябрь 2002 г.). «Регуляция Egr-1 путем ассоциации с протеасомным компонентом C8» . Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Исследования молекулярных клеток . 1592 (2): 163–7. дои : 10.1016/s0167-4889(02)00310-5 . ПМИД 12379479 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]