✖


Jump to content

Цинковый палец

(Перенаправлено из белков цинковых пальцев )
«ZFP» перенаправляется сюда. Чтобы узнать о консалтинговой фирме, см. Zuhair Fayez Partnership .
Мультяшное изображение мотива цинкового пальца Cys2His2, состоящего из α-спирали и антипараллельного β-листа . Ион цинка (зеленый) координируется двумя остатками гистидина и двумя остатками цистеина .
Мультяшное изображение белка Zif268 (синий), содержащего три цинковых пальца в комплексе с ДНК (оранжевый). Координирующие аминокислотные остатки и ионы цинка (зеленые) выделены.

Цинковый палец представляет собой небольшой белка структурный мотив , который характеризуется координацией одного или нескольких цинка ионов (Zn 2+ ), который стабилизирует складку. Первоначально он был придуман для описания пальцеобразного внешнего вида предполагаемой структуры африканской шпорцевой лягушки ( Xenopus laevis ) транскрипционного фактора IIIA . Однако было обнаружено, что он охватывает широкий спектр различных белковых структур в эукариотических клетках. [1] Первоначально было продемонстрировано, что Xenopus laevis TFIIIA содержит цинк и требует этого металла для функционирования в 1983 году, что стало первым подобным сообщением о потребности в цинке для белка, регулирующего гены. [2] [3] вскоре после этого появился фактор Круппеля у дрозофилы . [4] Он часто появляется как металл-связывающий домен в многодоменных белках. [3]

Белки, содержащие цинковые пальцы ( белки цинковых пальцев ), подразделяются на несколько различных структурных семейств. В отличие от многих других четко определенных супервторичных структур, таких как греческие ключи или β-шпильки , существует несколько типов цинковых пальцев, каждый из которых имеет уникальную трехмерную архитектуру. Класс конкретного белка цинкового пальца определяется его трехмерной структурой, но его также можно распознать на основе первичной структуры белка или идентичности лигандов, координирующих ион цинка. Однако, несмотря на большое разнообразие этих белков, подавляющее большинство из них обычно функционируют как модули взаимодействия, которые связывают ДНК , РНК , белки или другие небольшие полезные молекулы, а вариации в структуре служат в первую очередь для изменения специфичности связывания конкретного белка. .

С момента своего первоначального открытия и выяснения их структуры эти модули взаимодействия оказались повсеместными в биологическом мире и могут быть обнаружены в 3% генов человеческого генома. [5] Кроме того, цинковые пальцы стали чрезвычайно полезны в различных терапевтических и исследовательских целях. Создание цинковых пальцев для обеспечения сродства к определенной последовательности является областью активных исследований, а нуклеазы цинковых пальцев и факторы транскрипции цинковых пальцев являются двумя наиболее важными применениями этого, которые предстоит реализовать на сегодняшний день.

История

[ редактировать ]

Цинковые пальцы были впервые идентифицированы при исследовании транскрипции у лягушки африканской шпорцевой Xenopus laevis в лаборатории Аарона Клуга . Исследование транскрипции определенной последовательности РНК показало, что сила связывания небольшого фактора транскрипции (фактора транскрипции IIIA; TFIIIA) обусловлена ​​наличием пальцеобразных структур, координирующих цинк. [6] Аминокислотное секвенирование TFIIIA выявило девять тандемных последовательностей из 30 аминокислот, включая две инвариантные пары остатков цистеина и гистидина. Тонкая структура расширенного поглощения рентгеновских лучей подтвердила идентичность лигандов цинка: двух цистеинов и двух гистидинов. [5] Считалось, что ДНК-связывающая петля, образующаяся в результате координации этих лигандов цинком, напоминает пальцы, отсюда и название. [1] Вскоре за этим последовало открытие фактора Круппеля у дрозофилы командой Шу в 1986 году. [4] Более поздние работы по характеристике белков в различных организмах показали важность ионов цинка в стабилизации полипептидов. [7] [8]

Кристаллические структуры комплексов цинковых пальцев с ДНК, решенные в 1991 и 1993 годах, выявили каноническую картину взаимодействия цинковых пальцев с ДНК. [9] [10] Обнаружено, что связывание цинкового пальца отличается от многих других ДНК-связывающих белков, которые связывают ДНК посредством 2-кратной симметрии двойной спирали, вместо этого цинковые пальцы соединяются линейно в тандеме, чтобы связывать последовательности нуклеиновых кислот различной длины. [5] Цинковые пальцы часто связываются с последовательностью ДНК, известной как GC-бокс . [11] Модульная природа мотива цинкового пальца позволяет связывать большое количество комбинаций последовательностей ДНК и РНК с высокой степенью аффинности и специфичности и, следовательно, идеально подходит для создания белка, который может быть нацелен на определенные последовательности ДНК и связываться с ними. В 1994 году было показано, что искусственно созданный трехпалый белок может блокировать экспрессию онкогена в клеточной линии мыши. С тех пор были созданы цинковые пальцы, слитые с различными другими эффекторными доменами, некоторые из которых имеют терапевтическое значение. [5]

Домен

[ редактировать ]

цинкового пальца (Znf) Домены представляют собой относительно небольшие белковые мотивы , которые содержат множество пальцеобразных выступов, которые образуют тандемные контакты со своей молекулой-мишенью. Некоторые из этих доменов связывают цинк, но многие нет, вместо этого связывая другие металлы, такие как железо, или вообще не связывая металл. Например, некоторые члены семьи образуют солевые мостики для стабилизации пальцеобразных складок . Впервые они были идентифицированы как ДНК-связывающий мотив в транскрипционном факторе TFIIIA Xenopus laevis (африканская шпорцевая лягушка), однако теперь известно, что они связывают ДНК, РНК, белковые и/или липидные субстраты . [12] [13] [14] [15] [16] Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности пальцевых доменов и от линкера между пальцами, а также от структур более высокого порядка и количества пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь разную специфичность связывания. Мотивы Znf встречаются в нескольких неродственных суперсемействах белков , различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную универсальность в способах связывания, даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие белки), указывая тем самым, что мотивы Znf представляют собой стабильные каркасы, которые развили специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки участвуют в транскрипции генов , трансляции, транспортировке мРНК, цитоскелета организации эпителия , развитии , клеточной адгезии , сворачивании белков, ремоделировании хроматина и чувствительности к цинку, и это лишь некоторые из них. [17] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры и редко претерпевают конформационные изменения при связывании с мишенью.

Классы

[ редактировать ]

Первоначально термин «цинковый палец» использовался исключительно для описания ДНК-связывающего мотива, обнаруженного у Xenopus laevis ; однако теперь он используется для обозначения любого количества структур, связанных между собой координацией иона цинка. В целом цинковые пальцы координируют ионы цинка с комбинацией остатков цистеина и гистидина . Первоначально количество и порядок этих остатков использовались для классификации различных типов цинковых пальцев (например, Cys 2 His 2 , Cys 4 и Cys 6 ). Совсем недавно вместо этого был использован более систематический метод для классификации белков цинковых пальцев. Этот метод классифицирует белки цинковых пальцев на «группы складок» на основе общей формы белкового остова в свернутом домене. Наиболее распространенными «группами складок» цинковых пальцев являются Cys 2 His 2 -подобный («классический цинковый палец»), скрипичный ключ и цинковая лента. [18]

Следующая таблица [18] показаны различные структуры и их ключевые особенности:

Сложить группу Представительная структура Размещение лиганда
Цис 2 Его 2 Два лиганда от сустава и еще два от c-конца спирали.
Кляп сустава Два лиганда из сустава и еще два из короткой спирали или петли.
Скрипичный ключ Два лиганда от сустава и еще два от N-конца спирали.
Цинковая лента По два лиганда от двух суставов.
Zn 2 /Цис 6 Два лиганда с N-конца спирали и еще два с петли.
Домен ТАЗ2 вроде Два лиганда с концов двух спиралей.

Цис 2 Его 2

[ редактировать ]
Цинковый палец, тип C2H2
Идентификаторы
Символ zf-C2H2
Пфам PF00096
Пфам Клан CL0361
ИнтерПро ИПР007087
PROSITE PS00028
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Группа Cys 2 His 2 -подобных складок (C2H2) на сегодняшний день является наиболее охарактеризованным классом цинковых пальцев и часто встречается в транскрипционных факторах млекопитающих. Такие домены имеют простую складку ββα и имеют мотив аминокислотной последовательности : [19]

Х 2 -Цис-Х 2,4 -Цис-Х 12 -Гис-Х 3,4,5 -Гис

Этот класс цинковых пальцев может выполнять различные функции, такие как связывание РНК и опосредование белок-белковых взаимодействий, но наиболее известен своей ролью в ДНК-связывающих белках, специфичных для последовательности, таких как Zif268 (Egr1). В таких белках отдельные домены цинковых пальцев обычно встречаются в виде тандемных повторов с двумя, тремя или более пальцами, содержащими ДНК-связывающий домен белка. Эти тандемные массивы могут связываться в основной бороздке ДНК и обычно располагаются с интервалом в 3 п.о. α-спираль каждого домена (часто называемая «спиралью узнавания») может устанавливать специфичные для последовательности контакты с основаниями ДНК; остатки одной спирали узнавания могут контактировать с четырьмя или более основаниями, образуя перекрывающуюся структуру контактов с соседними цинковыми пальцами.

Кляп-костяшка

[ редактировать ]
Цинковый сустав
Идентификаторы
Символ zf-CCHC
Пфам PF00098
ИнтерПро ИПР001878
УМНЫЙ SM00343
PROSITE ПС50158
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Эта группа складок определяется двумя короткими β-нитями, соединенными витком (цинковым суставом), за которым следует короткая спираль или петля, и напоминает классический мотив Cys 2 His 2 с усеченной большой частью спирали и β-шпильки.

Ретровирусный белок нуклеокапсида (NC) ВИЧ и других родственных ретровирусов является примером белков, обладающих этими мотивами. «Цинковый палец» в белке NC ВИЧ является мишенью класса препаратов, известных как ингибиторы «цинковых пальцев» .

Скрипичный ключ

[ редактировать ]

Мотив скрипичного ключа состоит из β-шпильки на N-конце и α-спирали на С-конце, каждая из которых вносит два лиганда для связывания цинка, хотя петля и вторая β-шпилька различной длины и конформации могут присутствовать между N-концевой β-шпилькой и С-концевой α-спиралью. Эти пальцы присутствуют в разнообразной группе белков, которые часто не имеют общей последовательности или функционального сходства друг с другом. Наиболее изученными белками, содержащими цинковые пальцы скрипичного ключа, являются ядерные рецепторы гормонов .

Цинковая лента

[ редактировать ]
ТФИИБ цинксвязывающий
Идентификаторы
Символ TF_Zn_Ribbon
Пфам PF08271
Пфам Клан Zn_Beta_Ribbon
ИнтерПро ИПР013137
PROSITE PS51134
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Складка цинковой ленты характеризуется двумя бета-шпильками, образующими два структурно сходных цинксвязывающих участка.

Zn 2 /Цис 6

[ редактировать ]
Грибной домен биядерного кластера Zn(2)-Cys(6)
Идентификаторы
Символ Zn_clus
Пфам PF00172
ИнтерПро IPR001138
УМНЫЙ ГАЛ4
PROSITE PS00463
CDD cd00067
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Канонические члены этого класса содержат биядерный кластер цинка, в котором два иона цинка связаны шестью остатками цистеина . Эти цинковые пальцы можно найти в нескольких факторах транскрипции, включая дрожжевой белок Gal4 .

zf-C2HC
Структура решения домена cchhc нейронного фактора цинкового пальца-1
Идентификаторы
Символ zf-C2HC
Пфам PF01530
ИнтерПро ИПР002515
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary
zf-C2HC5
Идентификаторы
Символ zf-C2HC5
Пфам PF06221
ИнтерПро ИПР009349
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary

Разнообразный

[ редактировать ]

пальцев Противовирусный белок цинковых ( ZAP ) связывается с сайтом CpG. Он используется у млекопитающих для противовирусной защиты. [20] [21]

Приложения

[ редактировать ]

различные методы белковой инженерии. Для изменения специфичности связывания ДНК цинковых пальцев можно использовать [19] и тандемные повторы таких сконструированных цинковых пальцев можно использовать для нацеливания на желаемые последовательности геномной ДНК. [22] Слияние второго белкового домена, такого как активатор или репрессор транскрипции, с массивом сконструированных цинковых пальцев, которые связываются рядом с промотором данного гена, можно использовать для изменения транскрипции этого гена. [22] Слияния между сконструированными массивами цинковых пальцев и белковыми доменами, которые расщепляют или иным образом модифицируют ДНК, также можно использовать для нацеливания этих действий на желаемые геномные локусы. [22] Наиболее распространенные применения сконструированных массивов цинковых пальцев включают факторы транскрипции цинковых пальцев и нуклеазы цинковых пальцев , но описаны и другие применения. Типичные сконструированные массивы цинковых пальцев имеют от 3 до 6 отдельных мотивов цинковых пальцев и связывают целевые сайты длиной от 9 до 18 пар оснований. Массивы с 6 мотивами цинковых пальцев особенно привлекательны, поскольку они связывают целевой сайт, который достаточно длинный, чтобы иметь хорошие шансы быть уникальным в геноме млекопитающих. [23]

Нуклеазы цинковых пальцев

[ редактировать ]

Сконструированные массивы цинковых пальцев часто сливаются с доменом расщепления ДНК (обычно доменом расщепления FokI ) для создания нуклеаз с цинковыми пальцами . Такие слияния цинковых пальцев и FokI стали полезными реагентами для манипулирования геномами многих высших организмов, включая Drosophila melanogaster , Caenorhabditis elegans , табак , кукурузу , [24] рыбка данио , [25] различные типы клеток млекопитающих, [26] и крысы . [27] Нацеливание двухцепочечного разрыва на желаемый геномный локус можно использовать для введения мутаций со сдвигом рамки в кодирующую последовательность гена из-за склонности к ошибкам природы пути репарации негомологичного ДНК. Если также используется гомологичная «донорская последовательность» ДНК, то геномный локус можно преобразовать в определенную последовательность посредством пути репарации, направленной на гомологию. Продолжающиеся клинические испытания оценивают нуклеазы с цинковыми пальцами , которые разрушают ген CCR5 в CD4. + Т-клетки человека как потенциальное средство лечения ВИЧ /СПИДа . [28]

Методы создания массивов цинковых пальцев

[ редактировать ]

Большинство сконструированных массивов цинковых пальцев основаны на домене цинковых пальцев мышиного фактора транскрипции Zif268, хотя некоторые группы использовали массивы цинковых пальцев на основе человеческого фактора транскрипции SP1. Zif268 имеет три отдельных мотива цинковых пальцев, которые вместе связывают последовательность длиной 9 п.н. с высоким сродством. [29] Структура этого белка, связанного с ДНК, была раскрыта в 1991 году. [9] и стимулировал большое количество исследований в области инженерных матриц из цинковых пальцев. В 1994 и 1995 годах ряд групп использовали фаговый дисплей, чтобы изменить специфичность одного цинкового пальца Zif268. [30] [31] [32] [33] В настоящее время для создания инженерных массивов цинковых пальцев используются два основных метода: модульная сборка и система отбора бактерий, и ведутся споры о том, какой метод лучше всего подходит для большинства применений. [34] [35]

Самый простой метод создания новых массивов цинковых пальцев — это объединение меньших «модулей» цинковых пальцев известной специфичности. Структура белка цинкового пальца Zif268, связанного с ДНК, описанная Павлетичем и Пабо в их публикации 1991 года, была ключевой для большей части этой работы и описывает концепцию получения пальцев для каждого из 64 возможных триплетов пар оснований, а затем их смешивания и сопоставления. пальцы для создания белков с любой желаемой специфичностью последовательности. [9] Наиболее распространенный процесс модульной сборки включает объединение отдельных цинковых пальцев, каждый из которых может распознавать последовательность ДНК из 3 пар оснований, для создания массивов из 3, 4, 5 или 6 пальцев, которые распознают целевые сайты в диапазоне от 9 до 18 пар оснований в длина. Другой метод использует модули с двумя пальцами для создания массивов цинковых пальцев, включающих до шести отдельных цинковых пальцев. [24] Лаборатория Барбаса Исследовательского института Скриппса использовала фаговый дисплей для разработки и характеристики доменов цинковых пальцев, которые распознают большинство триплетных последовательностей ДНК. [36] [37] [38] в то время как другая группа выделила и охарактеризовала отдельные пальцы из человеческого генома. [39] Потенциальным недостатком модульной сборки в целом является то, что особенности отдельных цинковых пальцев могут перекрываться и зависеть от контекста окружающих цинковых пальцев и ДНК. Недавнее исследование показало, что большая часть массивов с цинковыми пальцами с тремя пальцами, созданных с помощью модульной сборки, не может связывать намеченную мишень с достаточным сродством в бактериальном двухгибридном анализе и не может функционировать как нуклеазы с цинковыми пальцами , но уровень успеха был несколько выше, когда целью были сайты формы GNNGNNGNN. [40]

В последующем исследовании использовалась модульная сборка для генерации нуклеаз с цинковыми пальцами как с помощью матриц с 3 пальцами, так и с матрицами с 4 пальцами, и наблюдался гораздо более высокий уровень успеха с матрицами с 4 пальцами. [41] Также сообщалось о варианте модульной сборки, который учитывает контекст соседних пальцев, и этот метод имеет тенденцию давать белки с улучшенными характеристиками по сравнению со стандартной модульной сборкой. [42]

Для создания массивов цинковых пальцев, способных нацеливаться на желаемые последовательности, использовались многочисленные методы селекции. Первоначальные усилия по селекции использовали фаговый дисплей для выбора белков, которые связывают данную ДНК-мишень, из большого пула частично рандомизированных массивов цинковых пальцев. Эту технику сложно использовать более чем с одним цинковым пальцем одновременно, поэтому был разработан многоэтапный процесс, который позволил создать полностью оптимизированный массив из трех пальцев путем добавления и оптимизации одного цинкового пальца за раз. [43] В более поздних работах использовались дрожжевые одногибридные системы, бактериальные одногибридные и двухгибридные системы и клетки млекопитающих. Многообещающий новый метод отбора новых трехпальцевых цинковых пальцев использует бактериальную двухгибридную систему и был назван его создателями «ОТКРЫТЫМ». [44] Эта система объединяет предварительно отобранные пулы отдельных цинковых пальцев, каждый из которых был выбран для связывания данного триплета, а затем использует второй раунд отбора для получения массивов из трех пальцев, способных связывать желаемую последовательность из 9 пар оснований. Эта система была разработана Консорциумом цинковых пальцев в качестве альтернативы коммерческим источникам инженерных массивов цинковых пальцев. Несколько сложно напрямую сравнивать связывающие свойства белков, полученных с помощью этого метода, с белками, полученными путем модульной сборки, поскольку о профилях специфичности белков, полученных с помощью OPEN-метода, никогда не сообщалось.

Примеры

[ редактировать ]

Эта запись представляет домен цинкового пальца типа CysCysHisCys (C2HC), обнаруженный у эукариот . Белки, содержащие эти домены, включают:

См. также

[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Перейти обратно: а б Клуг А., Роудс Д. (1987). «Цинковые пальцы: новая белковая складка для распознавания нуклеиновых кислот». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии . 52 : 473–82. дои : 10.1101/sqb.1987.052.01.054 . ПМИД   3135979 .
  2. ^ Ханас Дж.С., Хазуда DJ, Богенхаген Д.Ф., Ву Ф.Ю., Ву CW (декабрь 1983 г.). «Фактор транскрипции A Xenopus требует цинка для связывания с геном 5S РНК» . Журнал биологической химии . 258 (23): 14120–5. дои : 10.1016/S0021-9258(17)43831-2 . ПМИД   6196359 .
  3. ^ Перейти обратно: а б Берг Дж. М. (апрель 1990 г.). «Цинковые пальцы и другие металлосвязывающие домены. Элементы взаимодействия между макромолекулами» . Журнал биологической химии . 265 (12): 6513–6. дои : 10.1016/S0021-9258(19)39172-0 . ПМИД   2108957 .
  4. ^ Перейти обратно: а б Бруно М., Махгуб М., Макфарлан Т.С. (декабрь 2019 г.). «Гонка вооружений между белками KRAB-цинковых пальцев и эндогенными ретроэлементами и ее влияние на млекопитающих». Ежегодный обзор генетики . 53 (1). Годовые обзоры : 393–416. doi : 10.1146/annurev-genet-112618-043717 . ПМИД   31518518 . S2CID   202572327 .
  5. ^ Перейти обратно: а б с д Клюг А (2010). «Открытие цинковых пальцев и их применение в регуляции генов и манипулировании геномом». Ежегодный обзор биохимии . 79 : 213–31. doi : 10.1146/annurev-biochem-010909-095056 . ПМИД   20192761 . – через Ежегодные обзоры (требуется подписка)
  6. ^ Миллер Дж., Маклахлан А.Д., Клуг А. (июнь 1985 г.). «Повторяющиеся цинк-связывающие домены в белковом факторе транскрипции IIIA из ооцитов Xenopus» . Журнал ЭМБО . 4 (6): 1609–14. дои : 10.1002/j.1460-2075.1985.tb03825.x . ПМК   554390 . ПМИД   4040853 .
  7. ^ Миллер Ю., Ма Б., Нусинов Р. (май 2010 г.). «Ионы цинка способствуют агрегации Альцгеймера-Абеты за счет сдвига популяции полиморфных состояний» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 107 (21): 9490–5. Бибкод : 2010PNAS..107.9490M . дои : 10.1073/pnas.0913114107 . ПМЦ   2906839 . ПМИД   20448202 .
  8. ^ Лоу Л.И., Эрнандес Х., Робинсон К.В., О'Брайен Р., Гроссманн Дж.Г., Ледбери Дж.Э., Луизи Б. (май 2002 г.). «Металл-зависимое сворачивание и стабильность ДНК-связывающих доменов рецепторов ядерных гормонов». Журнал молекулярной биологии . 319 (1): 87–106. дои : 10.1016/S0022-2836(02)00236-X . ПМИД   12051939 .
  9. ^ Перейти обратно: а б с Павлетич Н.П., Пабо Кол. (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука . 252 (5007): 809–17. Бибкод : 1991Sci...252..809P . дои : 10.1126/science.2028256 . ПМИД   2028256 . S2CID   38000717 .
  10. ^ Фэйролл Л., Швабе Дж.В., Чепмен Л., Финч Дж.Т., Роудс Д. (декабрь 1993 г.). «Кристаллическая структура пептида с двумя цинковыми пальцами открывает расширение правил распознавания цинковых пальцев/ДНК». Природа . 366 (6454): 483–7. Бибкод : 1993Natur.366..483F . дои : 10.1038/366483a0 . ПМИД   8247159 . S2CID   4371511 .
  11. ^ Лундин М., Нелин Дж.О., Ронне Х. (март 1994 г.). «Важность фланкирующей AT-богатой области в распознавании целевого сайта GC-бокс-связывающим белком цинкового пальца MIG1» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (3): 1979–85. дои : 10.1128/MCB.14.3.1979 . ПМЦ   358557 . ПМИД   8114729 .
  12. ^ Клуг А (октябрь 1999 г.). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Журнал молекулярной биологии . 293 (2): 215–8. дои : 10.1006/jmbi.1999.3007 . ПМИД   10529348 .
  13. ^ Холл ТМ (июнь 2005 г.). «Множественные способы распознавания РНК белками цинковых пальцев» . Современное мнение в области структурной биологии . 15 (3): 367–73. дои : 10.1016/j.sbi.2005.04.004 . ПМИД   15963892 .
  14. ^ Браун Р.С. (февраль 2005 г.). «Белки с цинковыми пальцами: контроль над РНК». Современное мнение в области структурной биологии . 15 (1): 94–8. дои : 10.1016/j.sbi.2005.01.006 . ПМИД   15718139 .
  15. ^ Гамсьегер Р., Лью К.К., Лафлин Ф.Е., Кроссли М., Маккей Дж.П. (февраль 2007 г.). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотив распознавания белков». Тенденции биохимических наук . 32 (2): 63–70. дои : 10.1016/j.tibs.2006.12.007 . ПМИД   17210253 .
  16. ^ Мэтьюз Дж. М., Сунде М. (декабрь 2002 г.). «Цинковые пальцы — складки на многие случаи жизни» . ИУБМБ Жизнь . 54 (6): 351–5. дои : 10.1080/15216540216035 . ПМИД   12665246 . S2CID   22109146 .
  17. ^ Лэйти Дж. Х., Ли Б. М., Райт П. Е. (февраль 2001 г.). «Белки цинковых пальцев: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Современное мнение в области структурной биологии . 11 (1): 39–46. дои : 10.1016/S0959-440X(00)00167-6 . ПМИД   11179890 .
  18. ^ Перейти обратно: а б Кришна С.С., Маджумдар I, Гришин Н.В. (январь 2003 г.). «Структурная классификация цинковых пальцев: обзор и заключение» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (2): 532–50. дои : 10.1093/нар/gkg161 . ПМК   140525 . ПМИД   12527760 .
  19. ^ Перейти обратно: а б Пабо К.О., Пейзах Э., Грант Р.А. (2001). «Разработка и выбор новых белков цинковых пальцев Cys2His2». Ежегодный обзор биохимии . 70 : 313–40. doi : 10.1146/annurev.biochem.70.1.313 . ПМИД   11395410 .
  20. ^ Сюхуа Ся: Крайний дефицит геномного CpG при SARS-CoV-2 и уклонение от противовирусной защиты хозяина . В: Молекулярная биология и эволюция, Academic Press, 14 апреля 2020 г., doi:10.1093/molbev/msaa094.
  21. ^ Доказательства того, что бродячие собаки могут стать причиной пандемии COVID-19 . На: SciTechDaily, 14 апреля 2020 г. Источник: Университет Оттавы.
  22. ^ Перейти обратно: а б с Джеймисон AC, Миллер JC, Пабо CO (май 2003 г.). «Открытие лекарств с использованием белков с цинковыми пальцами». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 2 (5): 361–8. дои : 10.1038/nrd1087 . ПМИД   12750739 . S2CID   6417869 .
  23. ^ Лю Кью, Сигал DJ, Гиара Дж.Б., Барбас К.Ф. (май 1997 г.). «Разработка полидактильных белков с цинковыми пальцами для уникальной адресации в сложных геномах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (11): 5525–30. Бибкод : 1997PNAS...94.5525L . дои : 10.1073/pnas.94.11.5525 . ПМК   20811 . ПМИД   9159105 .
  24. ^ Перейти обратно: а б Шукла В.К., Дойон Ю., Миллер Дж.К., ДеКелвер Р.К., Мёле Э.А., Уорден С.Э., Митчелл Дж.С., Арнольд Н.Л., Гопалан С., Мэн Х, Чой В.М., Рок Дж.М., Ву Ю., Катиба Г.Е., Чжифан Г., Маккаскилл Д., Симпсон М.А. , Блейксли Б., Гринвалт С.А., Батлер Х.Дж., Хинкли С.Дж., Чжан Л., Ребар Э.Дж., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д. (май 2009 г.). «Точная модификация генома сельскохозяйственных культур Zea mays с использованием нуклеаз с цинковыми пальцами». Природа . 459 (7245): 437–41. Бибкод : 2009Natur.459..437S . дои : 10.1038/nature07992 . ПМИД   19404259 . S2CID   4323298 .
  25. ^ Рейнольдс И.Дж., Миллер Р.Дж. (декабрь 1988 г.). «Связывание [3H] MK801 с рецептором N-метил-D-аспартата обнаруживает взаимодействие лекарственного средства с сайтами связывания цинка и магния». Журнал фармакологии и экспериментальной терапии . 247 (3): 1025–31. ПМИД   2849655 .
  26. ^ Кэрролл Д. (ноябрь 2008 г.). «Прогресс и перспективы: нуклеазы цинковых пальцев как агенты генной терапии» . Генная терапия . 15 (22): 1463–8. дои : 10.1038/gt.2008.145 . ПМЦ   2747807 . ПМИД   18784746 .
  27. ^ Гертс А.М., Кост Г.Дж., Фрейверт Ю., Зейтлер Б., Миллер Дж.К., Чой В.М., Дженкинс С.С., Вуд А., Цуй Х, Менг Х., Винсент А., Лам С., Михалкевич М., Шиллинг Р., Фоклер Дж., Каллоуэй С., Вейлер Х. , Меноре С., Анегон И., Дэвис Г.Д., Чжан Л., Ребар Э.Дж., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д., Джейкоб Х.Дж., Бюлов Р. (июль 2009 г.). «Нокаут крыс посредством микроинъекции эмбрионам нуклеаз с цинковыми пальцами» . Наука . 325 (5939): 433. Бибкод : 2009Sci...325..433G . дои : 10.1126/science.1172447 . ПМЦ   2831805 . ПМИД   19628861 .
  28. ^ Тебас П., Штейн Д. (2009). «Аутологичные Т-клетки, генетически модифицированные по гену CCR5 нуклеазой цинковых пальцев SB-728 для ВИЧ» . ClinicalTrials.gov.
  29. ^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт ДНК-связывания белка Zif268, индуцируемого фактором роста» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 86 (22): 8737–41. Бибкод : 1989PNAS...86.8737C . дои : 10.1073/pnas.86.22.8737 . ПМК   298363 . ПМИД   2510170 .
  30. ^ Ребар Э.Дж., Пабо, Колорадо (февраль 1994 г.). «Фаг цинковых пальцев: аффинный отбор пальцев с новыми специфичностями связывания ДНК». Наука . 263 (5147): 671–3. Бибкод : 1994Sci...263..671R . дои : 10.1126/science.8303274 . ПМИД   8303274 .
  31. ^ Джеймисон AC, Ким Ш., Уэллс Дж. А. (май 1994 г.). «Отбор цинковых пальцев in vitro с измененной специфичностью связывания ДНК». Биохимия . 33 (19): 5689–95. дои : 10.1021/bi00185a004 . ПМИД   8180194 .
  32. ^ Чу Ю, Клуг А (ноябрь 1994 г.). «К коду взаимодействия цинковых пальцев с ДНК: выбор рандомизированных пальцев, отображаемых на фаге» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 91 (23): 11163–7. Бибкод : 1994PNAS...9111163C . дои : 10.1073/pnas.91.23.11163 . ПМК   45187 . ПМИД   7972027 .
  33. ^ Ву Х, Ян В.П., Барбас К.Ф. (январь 1995 г.). «Создание цинковых пальцев путем отбора: к терапевтическому применению» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (2): 344–8. Бибкод : 1995PNAS...92..344W . дои : 10.1073/pnas.92.2.344 . ПМК   42736 . ПМИД   7831288 .
  34. ^ Ким Дж.С., Ли Х.Дж., Кэрролл Д. (февраль 2010 г.). «Редактирование генома с помощью модульно собранных нуклеаз с цинковыми пальцами» . Природные методы . 7 (2): 91, ответ автора 91–2. дои : 10.1038/nmeth0210-91a . ПМЦ   2987589 . ПМИД   20111032 .
  35. ^ Йонг Дж.К., Войтас Д.Ф., Катомен Т. (февраль 2010 г.). «Ответ на «Редактирование генома с помощью модульно собранных нуклеаз с цинковыми пальцами» » . Нат. Методы . 7 (2): 91–2. дои : 10.1038/nmeth0210-91b . ПМЦ   2987589 .
  36. ^ Сигал DJ, Драйер Б., Бирли Р.Р., Барбас К.Ф. (март 1999 г.). «На пути к произвольному контролю экспрессии генов: отбор и создание доменов цинковых пальцев, распознающих каждую из целевых последовательностей ДНК 5'-GNN-3'» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (6): 2758–63. Бибкод : 1999PNAS...96.2758S . дои : 10.1073/pnas.96.6.2758 . ПМК   15842 . ПМИД   10077584 .
  37. ^ Драйер Б., Фуллер Р.П., Сигал DJ, Лунд К.В., Бланкафорт П., Хубер А., Кокш Б., Барбас К.Ф. (октябрь 2005 г.). «Разработка доменов цинковых пальцев для распознавания последовательностей ДНК семейства 5'-CNN-3' и их использование в создании искусственных факторов транскрипции» . Журнал биологической химии . 280 (42): 35588–97. дои : 10.1074/jbc.M506654200 . ПМИД   16107335 .
  38. ^ Драйер Б., Берли Р.Р., Сигал DJ, Флиппин Дж.Д., Барбас К.Ф. (август 2001 г.). «Разработка доменов цинковых пальцев для распознавания последовательностей ДНК семейства 5'-ANN-3' и их использование в создании искусственных факторов транскрипции» . Журнал биологической химии . 276 (31): 29466–78. дои : 10.1074/jbc.M102604200 . ПМИД   11340073 .
  39. ^ Пэ К.Х., Квон Ю.Д., Шин Х.К., Хван М.С., Рю Э.Х., Пак КС, Ян ХИ, Ли Д.К., Ли Ю, Пак Дж., Квон Х.С., Ким Х.В., Йе Би, Ли Х.В., Сон Ш., Юн Дж., Соль В. , Ким Дж.С. (март 2003 г.). «Цинковые пальцы человека как строительные блоки в построении искусственных факторов транскрипции». Природная биотехнология . 21 (3): 275–80. дои : 10.1038/nbt796 . ПМИД   12592413 . S2CID   29575555 .
  40. ^ Рамирес КЛ, Фоли Дж.Э., Райт Д.А., Мюллер-Лерх Ф, Рахман Ш., Корну Т.И., Уинфри Р.Дж., Сандер Дж.Д., Фу Ф., Таунсенд Дж.А., Катомен Т., Войтас Д.Ф., Йонг Дж.К. (май 2008 г.). «Неожиданная частота отказов при модульной сборке цинковых пальцев» . Природные методы . 5 (5): 374–5. дои : 10.1038/nmeth0508-374 . ПМЦ   7880305 . ПМИД   18446154 . S2CID   30677821 .
  41. ^ Ким Х.Дж., Ли Х.Дж., Ким Х., Чо С.В., Ким Дж.С. (июль 2009 г.). «Направленное редактирование генома в клетках человека с помощью нуклеаз с цинковыми пальцами, созданных посредством модульной сборки» . Геномные исследования . 19 (7): 1279–88. дои : 10.1101/гр.089417.108 . ПМК   2704428 . ПМИД   19470664 .
  42. ^ Сандер Дж.Д., Дальборг Э.Дж., Гудвин М.Дж., Кейд Л., Чжан Ф., Сифуэнтес Д., Кертин С.Дж., Блэкберн Дж.С., Тибодо-Беганни С., Ци Ю, Пирик С.Дж., Хоффман Е., Мэдер М.Л., Хайтер С., Рейон Д., Доббс Д., Лангенау Д.М., Ступар Р.М., Хиральдез А.Дж., Войтас Д.Ф., Петерсон Р.Т., Йех Дж.Р., Йонг Дж.К. (январь 2011 г.). «Инженерия нуклеаз с цинковыми пальцами без отбора путем контекстно-зависимой сборки (CoDA)» . Природные методы . 8 (1): 67–9. дои : 10.1038/nmeth.1542 . ПМК   3018472 . ПМИД   21151135 .
  43. ^ Грейсман Х.А., Пабо Колорадо (январь 1997 г.). «Общая стратегия выбора белков с высоким сродством к цинковым пальцам для различных участков-мишеней ДНК». Наука . 275 (5300): 657–61. дои : 10.1126/science.275.5300.657 . ПМИД   9005850 . S2CID   46237752 .
  44. ^ Мэдер М.Л., Тибодо-Беганни С., Осиак А., Райт Д.А., Энтони Р.М., Эйхтингер М., Цзян Т., Фоли Дж.Э., Уинфри Р.Дж., Таунсенд Дж.А., Унгер-Уоллес Е., Сандер Дж.Д., Мюллер-Лерх Ф., Фу Ф., Перлберг Дж. , Гёбель С., Дэсси Дж.П., Пруэтт-Миллер С.М., Портеус М.Х., Сгрой Д.К., Иафрат А.Дж., Доббс Д., МакКрэй П.Б., Катомен Т., Войтас Д.Ф., Йонг Дж.К. (июль 2008 г.). «Быстрая разработка с открытым исходным кодом индивидуальных нуклеаз с цинковыми пальцами для высокоэффективной модификации генов» . Молекулярная клетка . 31 (2): 294–301. doi : 10.1016/j.molcel.2008.06.016 . ПМЦ   2535758 . ПМИД   18657511 .
  45. ^ Смит А.Т., Такер-Самарас С.Д., Фэрламб А.Х., Салливан У.Дж. (декабрь 2005 г.). «Гистон-ацетилтрансферазы семейства MYST у простейших паразитов Toxoplasma gondii» . Эукариотическая клетка . 4 (12): 2057–65. doi : 10.1128/EC.4.12.2057-2065.2005 . ПМЦ   1317489 . ПМИД   16339723 .
  46. ^ Ахтар А., Беккер П.Б. (февраль 2001 г.). «Ацетилтрансфераза гистона H4 MOF использует цинковый палец C2HC для распознавания субстрата» . Отчеты ЭМБО . 2 (2): 113–8. doi : 10.1093/embo-reports/kve022 . ПМЦ   1083818 . ПМИД   11258702 .
  47. ^ Ким Дж.Г., Армстронг Р.К., против Агостона Д., Робински А., Визе К., Нэгла Дж., Хадсона Л.Д. (октябрь 1997 г.). «Миелиновый фактор транскрипции 1 (Myt1) линии олигодендроцитов, наряду с близкородственным цинковым пальцем CCHC, экспрессируется в развивающихся нейронах центральной нервной системы млекопитающих» . Журнал нейробиологических исследований . 50 (2): 272–90. doi : 10.1002/(SICI)1097-4547(19971015)50:2<272::AID-JNR16>3.0.CO;2-A . ПМИД   9373037 . S2CID   37120295 .
  48. ^ Яндриг Б., Зейтц С., Хинцманн Б., Арнольд В., Мишель Б., Кельбле К., Зиберт Р., Шварц А., Рюкер К., Шлаг П.М., Шернек С., Розенталь А. (декабрь 2004 г.). «ST18 представляет собой ген-супрессор опухоли рака молочной железы на хромосоме 8q11.2 человека» . Онкоген . 23 (57): 9295–302. дои : 10.1038/sj.onc.1208131 . ПМИД   15489893 .
[ редактировать ]
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Zinc_finger&oldid=1238010366"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 07dd42ca1eed56cbd05140b7ea5fcb6d__1722519900
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/07/6d/07dd42ca1eed56cbd05140b7ea5fcb6d.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Zinc finger - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)