КДМ5А

КДМ5А
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2JXJ, 2KGG, 2KGI, 3GL6, 5C11, 5E6H, 5IWF, 5IVV, 5ISL, 5CEH, 5IVB
Идентификаторы
Псевдонимы	KDM5A , RBBP-2, RBBP2, RBP2, JARID1A, лизиндеметилаза 5А
Внешние идентификаторы	Опустить : 180202 ; МГИ : 2136980 ; Гомологен : 3419 ; Генные карты : KDM5A ; ОМА : КДМ5А - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 12 (human)
End	389,320 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 6 (mouse)
End	120,421,535 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	epithelium of colon; ; caput epididymis; ; optic nerve; ; nipple; ; tail of epididymis; ; corpus epididymis; ; saphenous vein; ; trabecular bone; ; pericardium; ; testicle;
	Top expressed in
	Rostral migratory stream; ; genital tubercle; ; Gonadal ridge; ; medullary collecting duct; ; pineal gland; ; tail of embryo; ; left lung lobe; ; lobe of cerebellum; ; internal carotid artery; ; atrioventricular valve;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	DNA binding; transcription coactivator activity; chromatin binding; dioxygenase activity; metal ion binding; protein binding; oxidoreductase activity; chromatin DNA binding; histone demethylase activity; core promoter sequence-specific DNA binding; DNA-binding transcription factor activity; histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity; histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; zinc ion binding; methylated histone binding; histone binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex; nucleoplasm; protein-DNA complex; nucleolus; nucleus; histone methyltransferase complex;
Biological process	male gonad development; regulation of transcription, DNA-templated; rhythmic process; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; transcription by RNA polymerase II; circadian regulation of gene expression; transcription, DNA-templated; positive regulation of transcription, DNA-templated; multicellular organism development; spermatogenesis; negative regulation of histone deacetylase activity; histone H3-K9 demethylation; histone H3-K4 demethylation; histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; regulation of DNA-binding transcription factor activity; chromatin organization; chromatin remodeling;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	5927
	214899
	ENSG00000073614
	ENSMUSG00000030180
	P29375
	Q3UXZ9
	НМ_005056 ; НМ_001042603
	НМ_145997
	НП_001036068
	НП_666109
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Лизин-специфическая деметилаза 5А — это фермент , который у человека кодируется KDM5A геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, представляет собой повсеместно экспрессируемый ядерный белок. Вместе с некоторыми другими белками он напрямую связывается с белком ретинобластомы, который регулирует пролиферацию клеток. Ранее он был известен как белок, связывающий ретинобластому 2 (RBP2). Этот белок также взаимодействует с ромботином-2, который отчетливо действует в эритропоэзе и в Т-клеточном лейкемогенезе. Считается, что ромботин-2 либо напрямую влияет на активность кодируемого белка, либо может косвенно модулировать функции белка ретинобластомы путем связывания с этим белком. Для этого гена были обнаружены альтернативно сплайсированные варианты транскрипта, кодирующие различные изоформы. ^{[ 6 ]}

, которая Было обнаружено, что гомолог дрозофилы, LID, представляет собой деметилазу гистонов H3K4 связывается с c-Myc . ^{[ 7 ]} Недавно он был переименован в лизиндеметилазу 5 (KDM5).

Ферментативно может быть обозначена как триметиллизиндиоксигеназа , которая является членом суперсемейства альфа-кетоглутарат-зависимых гидроксилаз ( EC 1.14.11.8 ).

Взаимодействия

Было показано, что JARID1A взаимодействует с альфа-рецептором эстрогена . ^{[ 8 ]} ЖМО2 ^{[ 9 ]} и белок ретинобластомы . ^{[ 8 ]}^{[ 10 ]}

JARID1A является основным компонентом циркадных часов, активация которых в конце фазы сна блокирует активность HDAC1. Блокирование активности HDAC1 приводит к усилению регуляции CLOCK и BMAL1 и, как следствие, к усилению регуляции белков PER. PSF (фактор сплайсинга, связанный с белком полипиримидинового тракта) в составе комплекса PER рекрутирует SIN3A, каркас для сборки комплексов, ингибирующих транскрипцию, и ритмично доставляет гистоновые деацетилазы к промотору Per1, которые подавляют транскрипцию Per1. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}

Нокдаун JARID1A способствовал остеогенной дифференцировке стромальных клеток жировой ткани человека in vitro и in vivo и приводил к заметному увеличению экспрессии мРНК генов, связанных с остеогенезом, таких как щелочная фосфатаза (ALP), остеокальцин (OC) и остерикс (OSX). С помощью анализов иммунопреципитации хроматина было показано, что RBP2 занимает промоторы OSX и OC для поддержания уровня метки H3K4me3 . RBP2 также физически и функционально связан с RUNX2, важным фактором транскрипции, который управляет дифференцировкой остеобластов. Нокдаун RUNX2 нарушил репрессивную активность RBP2 при остеогенной дифференцировке стромальных клеток жирового происхождения человека. ^{[ 13 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000073614 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: Ensembl, выпуск 89: ENSMUSG00000030180 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Дефео-Джонс Д., Хуанг П.С., Джонс Р.Э., Хаскелл К.М., Вуоколо Г.А., Ханобик М.Г., Хубер Х.Е., Олифф А. (июль 1991 г.). «Клонирование кДНК клеточных белков, которые связываются с продуктом гена ретинобластомы». Природа . 352 (6332): 251–4. Бибкод : 1991Natur.352..251D . дои : 10.1038/352251a0 . ПМИД 1857421 . S2CID 4357523 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: JARID1A jumonji, AT-богатый интерактивный домен 1A» .
^ Секомб Дж., Ли Л., Карлос Л., Эйзенман Р.Н. (март 2007 г.). «Белок группы Trithorax Lid представляет собой деметилазу триметилгистона H3K4, необходимую для роста клеток, индуцированного dMyc» . Гены и развитие . 21 (5): 537–51. дои : 10.1101/gad.1523007 . ПМК 1820896 . ПМИД 17311883 .
^ Jump up to: ^а ^б Чан С.В., Хонг В. (июль 2001 г.). «Ретинобластома-связывающий белок 2 (Rbp2) усиливает транскрипцию, опосредованную рецептором ядерных гормонов» . Журнал биологической химии . 276 (30): 28402–12. дои : 10.1074/jbc.M100313200 . ПМИД 11358960 .
^ Мао С., Нил Г.А., Гура Р.М. (апрель 1997 г.). «Т-клеточный онкоген ромботин-2 взаимодействует с ретинобластомосвязывающим белком 2» . Онкоген . 14 (13): 1531–9. дои : 10.1038/sj.onc.1200988 . ПМИД 9129143 .
^ Ким Ю.В., Оттерсон Г.А., Крацке Р.А., Коксон А.Б., Кэй Ф.Дж. (ноябрь 1994 г.). «Дифференциальная специфичность связывания белка 2, связывающего ретинобластому, с RB, p107 и ТАТА-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (11): 7256–64. дои : 10.1128/mcb.14.11.7256 . ПМК 359260 . ПМИД 7935440 .
^ ДиТаккио Л., Ле Х.Д., Фоллмерс С., Хатори М., Ведьмак М., Секомб Дж., Панда С. (2011). «Гистон-лизиндеметилаза JARID1a активирует CLOCK-BMAL1 и влияет на циркадные часы» . Наука . 333 (6051): 1881–5. Бибкод : 2011Sci...333.1881D . дои : 10.1126/science.1206022 . ПМК 3204309 . ПМИД 21960634 .
^ Дуонг Х.А., Роблес М.С., Кнутти Д., Вайц К.Дж. (2011). «Молекулярный механизм отрицательной обратной связи циркадных часов» . Наука . 332 (6036): 1436–9. Бибкод : 2011Sci...332.1436D . дои : 10.1126/science.1196766 . ПМЦ 3859310 . ПМИД 21680841 .
^ Гэ В, Ши Л, Чжоу Ю, Лю Ю, Ма ГЭ, Цзян Ю, Сюй Ю, Чжан Х, Фэн Х (2011). «Ингибирование остеогенной дифференцировки стромальных клеток жировой ткани человека путем репрессии ретинобластомосвязывающего белка 2 транскрипции, активируемой RUNX2» . Стволовые клетки . 29 (7): 1112–25. дои : 10.1002/stem.663 . ПМИД 21604327 . S2CID 41977627 .

Дальнейшее чтение

Ким Ю.В., Оттерсон Г.А., Крацке Р.А., Коксон А.Б., Кэй Ф.Дж. (ноябрь 1994 г.). «Дифференциальная специфичность связывания белка 2, связывающего ретинобластому, с RB, p107 и ТАТА-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (11): 7256–64. дои : 10.1128/mcb.14.11.7256 . ПМК 359260 . ПМИД 7935440 .
Маруяма К., Сугано С. (январь 1994 г.). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД 8125298 .
Фаттей А.Р., Хелин К., Дембски М.С., Дайсон Н., Харлоу Э., Вуоколо Г.А., Ханобик М.Г., Хаскелл К.М., Олифф А., Дефео-Джонс Д. (ноябрь 1993 г.). «Характеристика белков, связывающих ретинобластому, RBP1 и RBP2». Онкоген . 8 (11): 3149–56. ПМИД 8414517 .
Баенс М., Аерсенс Дж., ван Занд К., Ван ден Берге Х., Маринен П. (сентябрь 1995 г.). «Выделение и региональное распределение кДНК хромосомы 12p человека». Геномика . 29 (1): 44–52. дои : 10.1006/geno.1995.1213 . ПМИД 8530100 .
Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Дж.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод «двойного адаптера» для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия . 236 (1): 107–13. дои : 10.1006/abio.1996.0138 . ПМИД 8619474 .
Хиллер Л.Д., Леннон Дж., Беккер М., Бональдо М.Ф., Кьяпелли Б., Чиссо С., Дитрих Н., Дюбук Т., Фавелло А., Гиш В., Хокинс М., Хультман М., Кукаба Т., Лейси М., Ле М., Ле Н., Мардис Э. , Мур Б, Моррис М, Парсонс Дж, Прейндж С, Рифкин Л, Ролфинг Т, Шелленберг К, Бенто Соареш М, Тан Ф, Тьерри-Мэг Дж, Треваскис Э, Андервуд К, Уолдман П, Уотерстон Р, Уилсон Р, Марра М (сентябрь 1996 г.). «Создание и анализ 280 000 меток экспрессируемых последовательностей человека» . Геномные исследования . 6 (9): 807–28. дои : 10.1101/гр.6.9.807 . ПМИД 8889549 .
Ю В., Андерссон Б., Уорли К.С., Музный Д.М., Дин Ю., Лю В., Рикафренте Дж.Ю., Вентланд М.А., Леннон Дж., Гиббс Р.А. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК» . Геномные исследования . 7 (4): 353–8. дои : 10.1101/гр.7.4.353 . ПМК 139146 . ПМИД 9110174 .
Мао С., Нил Г.А., Гура Р.М. (апрель 1997 г.). «Т-клеточный онкоген ромботин-2 взаимодействует с ретинобластомосвязывающим белком 2» . Онкоген . 14 (13): 1531–9. дои : 10.1038/sj.onc.1200988 . ПМИД 9129143 .
Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (октябрь 1997 г.). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД 9373149 .
Чан С.В., Хонг В. (июль 2001 г.). «Ретинобластома-связывающий белок 2 (Rbp2) усиливает транскрипцию, опосредованную рецептором ядерных гормонов» . Журнал биологической химии . 276 (30): 28402–12. дои : 10.1074/jbc.M100313200 . ПМИД 11358960 .
Сандрок Б., Эгли Дж. М. (сентябрь 2001 г.). «Дрожжевая четырехгибридная система идентифицирует Cdk-активирующую киназу как регулятор XPD-хеликазы, субъединицы транскрипционного фактора IIH» . Журнал биологической химии . 276 (38): 35328–33. дои : 10.1074/jbc.M105570200 . ПМИД 11445587 .
Босолей С.А., Едриховски М., Шварц Д., Элиас Дж.Э., Виллен Дж., Ли Дж., Кон М.А., Кэнтли Л.К., Гиги С.П. (август 2004 г.). «Крупномасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 101 (33): 12130–5. Бибкод : 2004PNAS..10112130B . дои : 10.1073/pnas.0404720101 . ПМК 514446 . ПМИД 15302935 .
Беневоленская Е.В., Мюррей Х.Л., Брэнтон П., Янг Р.А., Кэлин В.Г. (июнь 2005 г.). «Связывание pRB с белком PHD RBP2 способствует клеточной дифференцировке» . Молекулярная клетка . 18 (6): 623–35. doi : 10.1016/j.molcel.2005.05.012 . ПМИД 15949438 .
Кимура К, Вакамацу А, Судзуки Ю, Ота Т, Нисикава Т, Ямашита Р, Ямамото Дж, Секине М, Цуритани К, Вакагури Х, Исии С, Сугияма Т, Сайто К, Исоно Ю, Ириэ Р, Кушида Н, Ёнеяма Т , Оцука Р., Канда К., Ёкой Т., Кондо Х., Вагацума М., Муракава К., Исида С., Исибаши Т., Такахаши-Фуджи А., Танасе Т., Нагай К., Кикучи Х., Накаи К., Исогай Т., Сугано С. (январь 2006 г.) «Диверсификация транскрипционной модуляции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов человеческих генов» . Геномные исследования . 16 (1): 55–65 . 10.1101 . ПМЦ 1356129 . гр.4039406 /
Чах А., Ленцнер С., Мозер Б., Рейнхардт Р., Челли Дж., Фринс Дж.П., Клифстра Т., Рейно М., Тернер Г., Роперс Х.Х., Кусс А., Дженсен Л.Р. (апрель 2006 г.). «Новые мутации JARID1C/SMCX у пациентов с Х-сцепленной умственной отсталостью» . Человеческая мутация . 27 (4): 389. doi : 10.1002/humu.9420 . ПМИД 16541399 . S2CID 25318561 .
Роеш А., Беккер Б., Шнайдер-Брахерт В., Хаген И., Ландталер М., Фогт Т. (август 2006 г.). «Повторная экспрессия ретинобластомосвязывающего белка 2-гомолога 1 обнаруживает опухолесупрессирующие функции в клетках меланомы с высокой степенью метастатического поражения» . Журнал исследовательской дерматологии . 126 (8): 1850–9. дои : 10.1038/sj.jid.5700324 . ПМИД 16645588 .
Олсен Дж.В., Благоев Б., Гнад Ф., Мачек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях» . Клетка . 127 (3): 635–48. дои : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . ПМИД 17081983 . S2CID 7827573 .

Внешние ссылки

JARID1A+белок+человек Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000073614 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: Ensembl, выпуск 89: ENSMUSG00000030180 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid1857421-5] Дефео-Джонс Д., Хуанг П.С., Джонс Р.Э., Хаскелл К.М., Вуоколо Г.А., Ханобик М.Г., Хубер Х.Е., Олифф А. (июль 1991 г.). «Клонирование кДНК клеточных белков, которые связываются с продуктом гена ретинобластомы». Природа . 352 (6332): 251–4. Бибкод : 1991Natur.352..251D . дои : 10.1038/352251a0 . ПМИД 1857421 . S2CID 4357523 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: JARID1A jumonji, AT-богатый интерактивный домен 1A» .

[7] Секомб Дж., Ли Л., Карлос Л., Эйзенман Р.Н. (март 2007 г.). «Белок группы Trithorax Lid представляет собой деметилазу триметилгистона H3K4, необходимую для роста клеток, индуцированного dMyc» . Гены и развитие . 21 (5): 537–51. дои : 10.1101/gad.1523007 . ПМК 1820896 . ПМИД 17311883 .

[pmid11358960-8] Jump up to: ^а ^б Чан С.В., Хонг В. (июль 2001 г.). «Ретинобластома-связывающий белок 2 (Rbp2) усиливает транскрипцию, опосредованную рецептором ядерных гормонов» . Журнал биологической химии . 276 (30): 28402–12. дои : 10.1074/jbc.M100313200 . ПМИД 11358960 .

[pmid9129143-9] Мао С., Нил Г.А., Гура Р.М. (апрель 1997 г.). «Т-клеточный онкоген ромботин-2 взаимодействует с ретинобластомосвязывающим белком 2» . Онкоген . 14 (13): 1531–9. дои : 10.1038/sj.onc.1200988 . ПМИД 9129143 .

[pmid7935440-10] Ким Ю.В., Оттерсон Г.А., Крацке Р.А., Коксон А.Б., Кэй Ф.Дж. (ноябрь 1994 г.). «Дифференциальная специфичность связывания белка 2, связывающего ретинобластому, с RB, p107 и ТАТА-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 14 (11): 7256–64. дои : 10.1128/mcb.14.11.7256 . ПМК 359260 . ПМИД 7935440 .

[pmid21960634-11] ДиТаккио Л., Ле Х.Д., Фоллмерс С., Хатори М., Ведьмак М., Секомб Дж., Панда С. (2011). «Гистон-лизиндеметилаза JARID1a активирует CLOCK-BMAL1 и влияет на циркадные часы» . Наука . 333 (6051): 1881–5. Бибкод : 2011Sci...333.1881D . дои : 10.1126/science.1206022 . ПМК 3204309 . ПМИД 21960634 .

[pmid21680841-12] Дуонг Х.А., Роблес М.С., Кнутти Д., Вайц К.Дж. (2011). «Молекулярный механизм отрицательной обратной связи циркадных часов» . Наука . 332 (6036): 1436–9. Бибкод : 2011Sci...332.1436D . дои : 10.1126/science.1196766 . ПМЦ 3859310 . ПМИД 21680841 .

[pmid21604327-13] Гэ В, Ши Л, Чжоу Ю, Лю Ю, Ма ГЭ, Цзян Ю, Сюй Ю, Чжан Х, Фэн Х (2011). «Ингибирование остеогенной дифференцировки стромальных клеток жировой ткани человека путем репрессии ретинобластомосвязывающего белка 2 транскрипции, активируемой RUNX2» . Стволовые клетки . 29 (7): 1112–25. дои : 10.1002/stem.663 . ПМИД 21604327 . S2CID 41977627 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

v т и Оксидоредуктазы : диоксигеназы , включая стероидные гидроксилазы ( EC 1.14)
1.14.11: 2-oxoglutarate	Prolyl hydroxylase HIF prolyl-hydroxylase EGLN1 EGLN2 EGLN3 P4HTM Lysyl hydroxylase AlkB ALKBH1 FTO
1.14.13: NADH or NADPH	Flavin-containing monooxygenase FMO1 FMO2 FMO3 FMO4 FMO5 Nitric oxide synthase NOS1 NOS2 NOS3 Cholesterol 7 alpha-hydroxylase Methane monooxygenase 3A4 14α-demethylase 24-hydroxycholesterol 7α-hydroxylase
1.14.14: reduced flavin or flavoprotein	19A1 2D6 2E1
1.14.15: reduced iron–sulfur protein	11B1 11B2 11A1
1.14.16: reduced pteridine (BH4 dependent)	Phenylalanine hydroxylase Tyrosine hydroxylase Tryptophan hydroxylase
1.14.17: reduced ascorbate	Dopamine beta-hydroxylase
1.14.18-19: other	Tyrosinase Stearoyl-CoA desaturase-1
1.14.99 - miscellaneous	Cyclooxygenase Heme oxygenase (HMOX1) Squalene monooxygenase 17A1 21A2 Ecdysone 20-monooxygenase Deoxyhypusine monooxygenase

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)